from phasic import Graph
ModuleNotFoundError Traceback (most recent call last) Cell In[1], line 1 ----> 1 from phasic.utils import draw_coalescent_tree 2 import matplotlib.pyplot as plt 4 draw_coalescent_tree('GGTTTGGGA')
ModuleNotFoundError: No module named 'phasic'
'pmap' Distribute particles across devices (multiple CPUs/GPUs) 'vmap' Vectorize particles on a single device
Hvornår er vmap bedre end pmap i praksis?
init_parallel()
Hvornår skal man bruge PTDALG_CPUS frem for init_parallel(cpus=...)?
two approaches
Hvornår skal man vælge den ene tilgang frem for den anden?
[128, 1024].
Hvorfor er den automatiske precision clamped til [128, 1024]?
AUX
Jeg er ikke helt sikker på jeg forstår AUX
Note that the indices in the matrix representation do not correspond to vertex indices in the graph.
Hvornår bør man vælge matrix interface frem for graf interface?
Figure 2:
Hvorfor stopper processen, når vi ender i staten (0, 0, 0, 1) det kan ikke stoppe ved (1,0,0,0)?
property values
Vil man kunne tilføje flere properties, altså f.eks. et tredje locus?
AUX
Jeg er ikke helt sikker på jeg forstår AUX
cdf
Jeg forstår ikke helt forskellen ved cdf(x) med og uden discrete=True, er det kun fortolkningen, eller ændre man selve beregningen?
discretize
Når vi bruger discretize, er det rigtigt forstået, at man skifter fra tid til antal hændelser.
0
Svare dette til S (starting) state, fordi var dette ikke (4,0,0,0)?
Branching Processes
Er det rigtigt forstået, at valget af path er stokastisk, men ventetiden på hver path er eksponentiel?
Erlang distribution.
Er forskellen mellem dette og den simple eksponentielle model kun antallet af states?
graph.expected_waiting_time()[0]
Er [0] altid tiden til absorption, eller afhænger det af rewards?
Figure 1: The coalescent process with four samples. The S (starting) state just signifies that the process begins in state (4,0,0,0). Edges are annotated with the coalescence rates that, in this model represents the transition rates of the model
Hvorfor stopper processen, når vi ender i staten [0, 0, 0, 1]?