Faktor geologi berupa endapan alluvial yang memiliki permeabilitas umumnya rendah dan berada pada topografi landai hingga datar menyebabkan terjadinya intrusi air laut terhadap airtanah dangkal.
Penyebab intrusi air laut disebabkan oleh jenis material dan juga adanya pengaruh topografi. Sehingga dalam penentuan daerah intrusi air laut hal yang perlu diperhatikan terlebih dahulu ialah apakah material di daerah tersebut memiliki parameter aquifer yang mendukung adanya transport air laut kedaratan, seperti permeabiltas dan porositas.