7 Matching Annotations
  1. Jun 2024
    1. In EEG and MEG, this is used for source reconstruction, i.e., mapping the measured channel-level activity onto the brain. Sharing the complete raw data from a study that uses these methods combined with MRI also needs to share the anatomical MRI

      در این قسمت گفته که برای بدست اوردن source در EEG,MEG از تصاویر خام MRI استفاده میشه فقط و فقط در اینجا این قضیه موضوعیت داره.

    2. Anatomical MRI data is the most identifiable, as it literally is an image of the research participant, including facial details that can be matched to photo databases (Prior et al., 2009; Schwarz et al., 2019)

      دو تا رفرنس داده و گفته که تصاویر MRI چون ساختار صورت رو دارن میتونن باهاشون از روی پایگاه داده تصویر صورت رو ئیدا کرد. بنظر این مهتمرین موضوع هست. بنظرم مشکل اصلی این هست که در MEG برای داشتن head model ما تصویر کامل MRI رو باید داشته باشیم.

    3. Taken together, this demonstrates that the results obtained by MEG source reconstruction can be preserved with the warped templates, whereas the anatomical and morphological fingerprint is sufficiently altered to protect the anonymity of research participants. In cases where participants consent to sharing anatomical MRI data, it remains preferable to share the original defaced data with an appropriate data use agreement. In cases where participants did not consent to share their MRIs, the individualised warped MRI template offers a good compromise in sharing data for reuse while retaining anonymity for research participants.

      گفته که در نهایت با تمپلیت میشه source reconstruction را حفظ کرد و همینطور ناشناس بودن شرکت کنندگان رو رقم زد. در مواردی که شرکت کننده راضی به پابلیک بودن تصویر T1w هست تصویر اصلی را به اشتراک بذارید و وقتی راضی نیستند از تمپلیت استفاده کنید.

    4. We also compared the morphological features of the warped template to those of the original MRI. These showed a high similarity in grey matter volume and surface area, but a low similarity in the average cortical thickness and the mean folding index within cortical parcels.

      مورفولوژی تمپلیت و تصویر اصلی را مقایسه کردند که نشان داد شباهت زیادی در grey matter volume and surface area وجود دارد اما شباهت کمی در average cortical thickness and the mean folding index وجود دارد.

    5. First, we demonstrate how the individualised template warping can be implemented with one of the leading open-source neuroimaging analysis toolboxes. Second, we compare results from four different MEG source reconstruction methods performed with an individualised warped template to those using the participant's original MRI. While the source reconstruction results are not numerically identical, there is a high similarity between the results for single dipole fits, dynamic imaging of coherent sources beamforming, and atlas-based virtual channel beamforming. There is a moderate similarity between minimum-norm estimates, as anticipated due to this method being anatomically constrained and dependent on the exact morphological features of the cortical sheet.

      در ابتدا توضیح میده که چطور با یک نرم افزار این individualised template warping درست میشه. در مرحله ی دوم مقایسه میکنه نتایج source reconstruction با این تمپلیت و تصویر اصلی T1w رو در چهار متد مختلف در بدست اوردن source reconstruction. در اخر هم گفته که نتایج به صورت numerically یکسان نیستند اما در single dipole fits, dynamic imaging of coherent sources beamforming, and atlas-based virtual channel beamforming بسیار شبیه هستند. و در minimum-norm estimates شباهت متوسط هست و ان قابل پیشبینی بود چرا که ان به شکل دقیق مورفولوژی مغز بستگی دارد و در توپلیت ان تغییر کرده.

    6. Sharing individualised template MRI data for MEG source reconstruction: A solution for open data while keeping subject confidentiality

      از کلمه ی dilemma استفاده کرده و نشون میده که لزومن چیز اشتباهی وجود نداره و نسبی هست اما شرایط راضی کننده نیست. به همین دلیل بنظرم اجباری در ان نیست.

    7. The increasing requirements for adoption of FAIR data management and sharing original research data from neuroimaging studies can be at odds with protecting the anonymity of the research participants due to the person-identifiable anatomical features in the data. We propose a solution to this dilemma for anatomical MRIs used in MEG source analysis. In MEG analysis, the channel-level data is reconstructed to the source-level using models derived from anatomical MRIs. Sharing data, therefore, requires sharing the anatomical MRI to replicate the analysis. The suggested solution is to replace the individual anatomical MRIs with individualised warped templates that can be used to carry out the MEG source analysis and that provide sufficient geometrical similarity to the original participants’ MRIs.

      میگه برای تکرارپذیری انالیزها مجبور هستیم که دیتاهای T1w رو در اختیار بقیه بذاریم اما این با مخفی بودن هویت افراد منافات داره چرا ساختار اناتومی میتونه هویت افراد رو فاش کنه. برای حل این مساله میشه بجای فرستادن دیتای T1w افراد, template تصویر T1w رو که به صورت warp تهیه شده ارسال کرد که ویژگی های لازم برای انالیز MEG رو هم داشته باشه و غیرقابل شناسایی بشه.