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  1. Feb 2025
    1. Queda también como tarea difundir las aproximaciones y métodos usados aquí de la forma más amplia posible para que puedan ser iterados y mejorados por otros, o para que yo mismo pueda revisitarlos y darles nuevos sentidos y alcances.

      En ese sentido, el diálogo con las comunidades que trabajan metaherramientas e investigación y publicación reproducibles (como la de Grafoscopio, de la cual participo), podría arrojar interesantes polinizaciones cruzadas que permitan abordar los temas de difusión y alfabetismos críticos alrededor de este tipo de publicaciones híbridas y orientadas a la web, en lugar de al impreso.

    1. Magicbook ha sido utilizado en algunos proyectos de una naturaleza similar que han servido como inspiración para esta disertación, especialmente, el libro/sitio web de The Nature of code por Daniel Shiffman, en el que, repito, se explican distintos principios para creación de simulaciones físicas a través de código, y Programming Design Systems de Rune Madsen que hace un recorrido por los fundamentos del diseño gráfico y web y explica cómo pueden crearse sistemas de diseño que den cuenta de tales principios.

      Ahora entiendo mejor la elección de Magicbook sobre otros sistemas más ampliamente usados como Pandoc o Quarto que también están enfocados en publicación con salida multiformato a partir de un código fuente único. Se trata más bien de un "accidente histórico" en el sentido que se siguió el camino de un autor conocido en lugar de explorar alternativas que dicho autor no había tomado (algo totalmente válido e incluso habitual).

      En mis intentos de lectura hipermedial/infraestructural de esta tesis, intenté tomar el código fuente en Markdown y pasarle Pandoc para la producción de sitios estáticos, pero rápidamente me encontré con problemas de replicabilidad, imagino asociados a la forma particular en que MagicBook construye sus piezas interactivas, como el primer interactivo del mapa de búsqueda de los términos asociados a humanidades digitales en español y portugues (no recuerdo si inglés también).

      Sin embargo, el uso de otras infraestructuras para procurar replicabilidad, me permitió ver los supuestos de las acá usadas y me pregunté si , por ejemplo el mapa no podría hacer más portable con snippets autocontenidos de código y datos que produzcan los interactivos exportados desde otros formatos.

      Una inquietud para pensar a futuro y que tendría que ver con la exploración en anchura (mas que en profundidad) de alternativas e infraestructuras generosas, mostrando maneras quizás más sencillas de lograr replicabilidad

    2. Netart latino database o en los compilados de literatura digital en América Latina —como la Cartografía de la literatura digital latinoamericana, la Antología Lit-e-Lat o el Atlas da literatura digital brasileira—.

      ¿Cómo se podrían indicar fechas acá? ¿Desde el primer commit hasta el último, como creaciones sostenidas durante todo ese tiempo? ¿Hay repositorios de código que permitan cierta resiliencia de las publicaciones incluso aunque ya no estén más activas en la wb?

    1. pero, por otra, en su interior el desarrollo de este libro está plagado de parches, hackeos, y traducciones del sistema original que tuve que hacer sobre la marcha, viviendo la diglosia cultural y readaptándolo para mis propias necesidades de formas recursivas.

      Es raro. Pandoc me ha servido para propósitos similares y también hemos tenidos que adaptarlo con hacks, pero estos son soportados por el sistema para que ocurran de modo relativamente sofisticado, vía filtros en Lua. Me pregunto qué hace de Magicbook un sistema tan inflexible y no logré ubicarlo en el capítulo 10, donde hice comentarios más extensos entre dichas alternativas de publicación reproducible y abierta.

    2. y para cuestionar las formas de circulación y validación del conocimiento convencional (el artículo o la monografía).39

      Allí se ubican investigaciones y materialidades argumentativas por fuera de ese circuito, que, desde mi historia personal, iniciaron en 2011, con mi doctorado, dando cuenta de inquietudes resonantes con este punto y con este escrito.

    1. Una de las finalidades de esta disertación es justamente introducir memoria para propiciar la deriva.

      Si bien esta por fuera de los alcances, vale la pena también pensar en cómo trabajos como este conectan memoria, particularmente en la revisión de antecedentes no sólo sobre las temáticas, sino sobre las materialidades que soportan estas publicaciones híbridas y lo que se ha hecho con tesis de doctorado como la mía (2010 - 2019) o el trabajo de publicación reproducible realizado en pregrado por Felipe Vera y publicado este año en el repositorio institucional.

    1. carencias de autorreflexididad, en el sentido de falta de documentación de los procesos investigativos para su replicación o verificación76Ibid..
    2. La obsolesencia de Flash ha traído consigo muchas dificultades para poder ver e interactuar en el presente con piezas creadas con este software37Anna Mladentseva, «Responding to Obsolescence in Flash-Based Net Art: A Case Study on Migrating Sinae Kim's Genesis», Journal of the Institute of Conservation 45, n.º 1 (2 de enero de 2022): 52-68, https://doi.org/10.1080/19455224.2021.2007412.. Tanto es así que hoy en día es más fácil leer una representación digital de un libro de hace cientos de años que una pieza de la década del 2000.

      En ese sentido son interesantes las prácticas de investigación y publicación reproducibles popularizadas desde el Norte Global, pero practicadas acá incluso antes (de su popularización norteña). También sistemas como Smalltalk en los 70's que en la figura de la imagen incluían todo lo necesario para que un sistema se ejecutara (ventaja que he experimentado en primera persona al poder acceder aún hoy a mis simulaciones de la tesis de maestría presentada en 2007, dejadas en el mismo estado en que las dejé durante la sustentación) y que inspiraron luego sistemas como Docker (aunque como es habitual con toda la complejidad incidental que no incluye Smalltalk). Hoy en día sistemas reproducibles y declarativos como Nix parecen brindar una garantía respecto a la reproducibilidad y acceso futuro de creaciones digitales.

    1. necesariamente pasan por una hibridación de medios análogos y digitales de registro de información y de ritualidad comunitaria. Estas formas de memoria tienen materialidades, modalidades, modos de transformación y formas de circulación particulares que deben ser estudiados en su especificidad83Richard L. MacDonald, Nick Couldry, y Luke Dickens, «Digitization and Materiality: Researching Community Memory Practice Today», The Sociological Review 63, n.º 1 (febrero de 2015): 102-20, https://doi.org/10.1111/1467-954X.12215.. También sería imposible estudiar las democracias en el presente sin pensar en las formas de circulación de la información en internet, la vigilancia estatal y corporativa, o las formas de autoregistro de la personalidad y la ideología en redes sociales84Nick Couldry, «Surveillance-Democracy», Journal of Information Technology & Politics 14, n.º 2 (3 de abril de 2017): 182-88, https://doi.org/10.1080/19331681.2017.1309310..

      Esto me recuerda los proyectos como los que hacemos de memoria viva para la revitalización lingüística en el Amazonas o para auditar el discurso en Twitter de los candidatos a la presidencia en Colombia que entrarían en esas otras formas de ciudadanía y de mezcla entre la memoria análoga y la digital en nuestros tiempos y que fueron concebidos en diálogo con la academia, pero con tecnologías y prácticas desarrolladas por fuera.

    1. Tomando prestada la metáfora que usa el biólogo Enrico Coen7Enrico Coen, De las células a las civilizaciones: los principios de cambio que conforman la vida (Barcelona: Crítica, 2013). para hablar de la diversidad genética en el periplo evolutivo, podemos pensar en un cielo en el que las nubes se mueven en direcciones diversas de acuerdo con el viento. Si las especies de seres vivos se mueven así, como nubes, durante millones de años, las posturas con respecto a las humanidades digitales también lo hacen, cambiando de forma, fusionándose, chocando y separándose de acuerdo a las dinámicas de sus envolventes. El interactivo 2 es la representación metafórica de este movimiento del campo en un plano multidimensional.

      ¿Cuál sería la forma de que los interactivos se puedan reproducir sin estar fuertemente ligados a la plataforma de publicación específica? Es decir, dado que se trata de trozos de JavaScript embebidos dentro del código Markdown, ¿podrían estos pasarse por conversores como Pandoc y aún así lograr páginas relativamente autónomas y transportables?

    1. El mapa a continuación (Interactivo 1) muestra los lugares que presentan mayor interés de búsqueda de los términos humanidades digitales, humanidades digitais, y digital humanities en Google Trends. Es decir, las traducciones del término en español, portugués e inglés, respectivamente. Como se observa allí, el término en inglés tiene un amplio alcance en el globo.

      Sería bueno que el mapa incluya algún tipo de convención de calor que indique no sólo el idioma de la búsqueda por color sino la cantidad de items buscados. De igual manera en enlace a Google Trends aparece roto y tiene fechas relativas al día de la búsqueda (today -5) en lugar de abosolutas con las fechas exactas.

  2. Sep 2024
    1. If you give the programmer a long list of inputs and actions, and they fire up their own copy of the program and nothing goes wrong, then you haven't given them enough information.
  3. Jun 2024
    1. En este estudio, se destaca la importancia de la investigación reproducible y la narrativa de datos para garantizar la transparencia, verificabilidad y validez de los hallazgos. La reproducibilidad permite a otros investigadores verificar y validar los resultados, fortaleciendo la credibilidad de los estudios. La narrativa de datos proporciona un marco coherente para interpretar los resultados y comunicarlos efectivamente.

      Acá vale la pena ampliar un poco el párrafo y al menos agregar una referencia bibliográfica que sustente lo dicho. Las dos cosas se pueden resolver incorporando elementos de:

      http://www.practicereproducibleresearch.org/

      Por ejemplo de los capítulos de prefacio, introducción, así como el significado más preciso de replicabilidad y reproduciblidad computacional del capítulo de lecciones aprendidas

  4. Aug 2023
    1. Auto-update aside, you might also have found it hard to find a Chrome binary with a specific version. Google intentionally doesn’t make versioned Chrome downloads available, since users shouldn’t have to care about version numbers—they should always get updated to the latest version as soon as possible. This is great for users, but painful for developers needing to reproduce a bug report in an older Chrome version.
  5. Nov 2022
    1. When we are collecting new data to address a research question addressed in another context, it can be near impossible to re-create ex-act contexts with participants; researchers simply do not have that sort of control over any research context. This suggests that reproduction, rather than replication, may be a more useful goal.

      reproduction rather than replication may be a more useful goal for research work setting.

  6. Jan 2022
  7. Dec 2021
  8. Nov 2021
  9. Oct 2021
    1. The analysis that I present is applicable to all branches of science whose models are based on continuous mathematics, such as algebraic, differential, or integral equations.

      I wonder if this could be applied also to the problem of reproducibility in the context of journalism and/or (h)ac(k)tivism. My approch has been to use relatively simple and self-contained connected infrastructures/tools and maybe pair them with functional package managers. The approach here could be complementary to it (still it's to early in the text to say)

  10. May 2021
  11. Mar 2021
    1. An example app is an application that is designed to reproduce a bug or demonstrate an issue.
    2. Before a bug can be fixed, it has to be understood and reproduced. For every issue, a maintainer gets, they have to decipher what was supposed to happen and then spend minutes or hours piecing together their reproduction. Usually, they can’t get it right, so they have to ask for clarification. This back-and-forth process takes lots of energy and wastes everyone’s time. Instead, it’s better to provide an example app from the beginning. At the end of the day, would you rather maintainers spend their time making example apps or fixing issues?
  12. Feb 2021
  13. Jan 2021
    1. Also as an aside, your REPL is far, far too complicated. You've got a much better chance of us being able to see your issue and fix it if you boil it down to just the minimum required code in order to reproduce the issue.
  14. Nov 2020
    1. Now that Rails has a dependency on Webpack, it then has a dependency on Node.js and Yarn, surprise! Which means we also need to ensure the versions used for those binaries are specific.
  15. Oct 2020
    1. Omitted details change everything here. There won't be circular dependency because unused import is skipped. Consider providing stackoverflow.com/help/mcve .
  16. Sep 2020
    1. If you can't understand where it's coming from in the stack traces, please post screenshots or create reproducing sandboxes and we'll try to help. Most of these are probably coming from a few libraries, so the most productive thing to do is to reduce these cases and then file issues with those libraries.
  17. Jun 2020
  18. Feb 2020
  19. Jul 2018
    1. We used the program STRUCTURE v2.3.4 [16]

      Cited reference is open access and describes the method

    2. NA extractions were attempted for all taxa for which recent and sufficient tissues were available. Of the samples that were successfully extracted, at least two individuals for each taxon were included when available. This yielded 44 Malagasy Canarium accessions, to which we added an additional four Southeast Asian Canarium species to serve as outgroups. Genomic libraries were prepared for genotyping-by-sequencing (GBS) following the protocol described by Escudero et al. [14], but with the addition of a size selection step. After restriction digestion, fragment sizes were visualized on an Agilent 2100 Bioanalyzer and selected in the range of 300–800 bp using a Pippin Prep system. The final library containing 48 barcoded individuals was sequenced on two lanes of an Illumina HiSeq 2500 at Yale University’s Center for Genome Analysis to generate 75 bp single-end reads.

      Protocol not fully open. Based on closed access paper. Extension to method is clearly described.

    3. Fully reproducible code is available in the form of jupyter notebooks (https://jupyter.org) with instructions to install all necessary software, download sequence data, assemble it, and run genomic analyses (https://github.com/dereneaton/Canarium-GBS) (DOI 10.5281/zenodo.1273357). For all genomic analyses in this study we used the ipyrad Python API and the ipyrad-analysis toolkit (https://github.com/dereneaton/ipyrad) which provides a set of wrappers around common genomic analysis tools to run highly parallelized analyses using simple Python scripts.

      Well-described dry lab notebooks with open code, and Python analysis toolkit is open source.

  20. May 2018
    1. En total, se analizaron los datos de 18.662 estudiantes de pregrado en el período 1530 y de 18.989 en el período 1610.

      ¿Estos datos podrían estar disponibles como datos anonimizados, para hacer otro tipo de inferencias estadísticas o hallazgos?

  21. Apr 2016
  22. Dec 2015
    1. Similarly, in science there exists substantial expertise making brilliant connectionsbetween concepts, but it is being conveyed in silos of English prose known as journalarticles. Every scientific journal article has a methods section, but it is almost impossibleto read a methods section and subsequently repeat the experiment—the English languageis inadequate to precisely and concisely convey what is being done.

      This issue of reproducible science is starting to be tackled but I do believe formal methods and abstractions would go along way to making sure we adhere these ideas. It is a bit like writing a program with global state vs a functionally defined program, but even worse, since you may forget to write down one little thing you did to the global state.