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RISC-V چیه؟

RISC-V (ریسک فایو) یک معماری مجموعه دستورالعمل (Instruction Set Architecture – ISA) برای پردازنده‌هاست. یعنی همون چیزی که مشخص می‌کنه یک CPU چه دستوراتی رو می‌تونه اجرا کنه (مثل جمع، ضرب، پرش، load/store و …).

نکات مهم:

1. RISC = Reduced Instruction Set Computer

2. یعنی مجموعه دستورالعمل‌هاش ساده و بهینه طراحی شده تا اجرای دستورات سریع‌تر باشه.

3. V = Version 5

4. عدد ۵ به نسل طراحی RISC برمی‌گرده، نه اینکه فقط ۵ دستور داشته باشه 🙂.

5. Open Source بودن

6. بزرگ‌ترین فرقش با معماری‌های معروف مثل x86 (اینتل/AMD) یا ARM (پردازنده‌های موبایل) اینه که RISC-V متن‌بازه.

7. یعنی هر کسی می‌تونه بدون پرداخت لایسنس، پردازنده بر اساس RISC-V طراحی کنه.

8. کاربردها

9. از میکروکنترلرهای خیلی کوچک (مثل Arduino)

10. تا سرورها و حتی سوپرکامپیوترها
11. چون انعطاف‌پذیره و می‌شه دستورالعمل‌های خاص رو بهش اضافه کرد.

مقایسه خیلی ساده:

• x86 (Intel/AMD): بسته، پیچیده، ولی خیلی قدرتمند.
• ARM: کم‌مصرف و محبوب در موبایل و تبلت، ولی نیاز به لایسنس داره.
• RISC-V: ساده، متن‌باز، قابل توسعه، و در حال رشد سریع در دنیا.

The kinds of bots we've used so far seem pretty simple. It's telling a computer to send a post to social media. But nowadays, we have an overwhelming amount of bots, to the point that a decent chunk of the content I see online is reposted stuff on a clear bot page that I just have to scroll through. Even though we as a class are a bot farm, it's obviously way less consequential. It gets really crazy when you think about the creators who have their content stolen, and reposted across dozens of different burner accounts, just to amass a following on at least one. I think nowadays it's gone too far.

After reading this, it helps reassure me that asking for help when needed is okay. It shows my professors and me that I want to be successful in my college journey. Using the resources around me will help support me to be a successful student and create a successful experience throughout college.

This part of the passage stands out to me because it is very true. There are times when we get overwhelmed with work that it ends up being stressful, and we can get that feeling of helplessness. I can say that I relate to this passage as I have experienced that feeling of being overwhelmed. When I felt this way, I also felt like no one would be able to help me, which ended up being, as it says in the passage, "a recipe for getting stressed out."

Dossier d'Information : La Méthode Réconciliations

Résumé

La méthode "Réconciliations" est une approche pédagogique innovante, conçue par Jérémie Fontanieu, professeur de sciences économiques et sociales (SES), et son ancien collègue David Benoit, professeur de mathématiques au lycée de Drancy.

Née en 2012 du constat de la démotivation des élèves, de l'épuisement des enseignants et de la rupture de communication entre l'école et les familles, cette méthode repose sur un principe fondamental : la création d'une alliance solide et proactive entre les professeurs et les parents.

Le protocole s'articule autour de deux piliers : un appel téléphonique à chaque famille avant même la rentrée scolaire pour établir un contact de confiance, suivi de l'envoi d'un SMS individualisé et hebdomadaire pour maintenir un dialogue constant tout au long de l'année.

En transformant les parents en "alliés indéfectibles", la méthode change la dynamique de la classe.

Les élèves, conscients de cette communication permanente, deviennent plus engagés et responsables, ce qui enclenche un cercle vertueux de progrès, d'encouragements et de réussite.

Les résultats sont probants : la classe de Jérémie Fontanieu affiche 100% de réussite au baccalauréat depuis l'année scolaire 2017-2018.

Au-delà des performances académiques, la méthode réduit considérablement le temps consacré à la discipline, diminue le sentiment d'isolement des professeurs et réconcilie les enseignants avec leur métier.

Développée de manière indépendante, sans soutien institutionnel, la méthode se diffuse via un collectif d'enseignants qui comptait 350 membres pour l'année 2023/2024, avec un objectif de 1000 participants.

Flexible, elle est appliquée avec succès de l'école primaire au lycée, dans des contextes socio-économiques variés, des zones prioritaires aux centres-villes et zones rurales.

1. Genèse et Contexte de la Méthode

La méthode Réconciliations est née d'une série de constats alarmants sur l'état du système éducatif, particulièrement exacerbés dans des contextes socio-économiques difficiles comme la Seine-Saint-Denis.

A. Les constats initiaux

Jérémie Fontanieu identifie plusieurs sources de frustration et d'échec qui ont motivé le développement de son approche :

• L'épuisement et le désespoir des enseignants : Particulièrement chez les plus jeunes, un sentiment d'abandon par l'institution face à la "violence de ce métier" et une impuissance face à des adolescents qui "gâchent leur potentiel".

Les professeurs se sentent seuls à porter toutes les responsabilités.

• La démotivation des élèves : Souvent "accros aux écrans et aux réseaux sociaux", les élèves manquent d'implication dans leur scolarité, ce qui accroît la frustration de leurs professeurs.

Ils ont "la flemme" ou manquent de confiance en eux.

• La rupture entre parents et enseignants : Une distance, voire une confrontation, entre ces deux pôles éducatifs, marquée par des "quiproquos et des failles" que les élèves exploitent.

Les parents, souvent tenus à l'écart, reçoivent des informations partielles de leurs enfants.

Les appels de l'école sont quasi systématiquement perçus comme des annonces de mauvaises nouvelles.

• Le sentiment d'abandon généralisé : En Seine-Saint-Denis, élèves et parents se sentent délaissés par l'Éducation nationale et la République, percevant l'école comme une "machine à broyer" incapable de les intégrer.

Ce sentiment est également partagé par les enseignants face à la pénurie structurelle, les faibles salaires et la dégradation des conditions de travail.

B. La déconstruction du "Mythe du prof héros"

Jérémie Fontanieu, dans son livre Le Mythe du prof héros, analyse une construction culturelle qu'il juge toxique.

Ce mythe, hérité des "hussards noirs de la République" du XIXe siècle, place l'enseignant sur un piédestal et lui attribue des capacités extraordinaires.

• Un mythe à double tranchant : Si l'idée de valoriser les professeurs est belle en apparence, elle conduit les parents à se décharger entièrement sur l'enseignant ("les laisser gérer").

• Une source de culpabilité : Pour les professeurs, cette attente irréaliste engendre un "sentiment de culpabilité de ne pas réussir à être à la hauteur du mythe".

• Un frein à l'implication parentale : Ce mythe dissuade les parents de s'impliquer, alors même qu'ils ont un rôle crucial à jouer.

Fontanieu insiste sur le fait que l'implication parentale n'est pas forcément intellectuelle mais relève de "l'attention morale", du soutien aux valeurs d'honnêteté et de courage, communes à l'éducation parentale et scolaire.

2. Principes Fondamentaux et Mécanisme Opérationnel

La méthode Réconciliations repose sur une stratégie de co-éducation proactive, simple et structurée, visant à faire des parents des partenaires centraux du processus éducatif.

A. Le socle : l'alliance parents-professeurs

L'idée centrale est de "nouer le dialogue" entre professeurs et parents pour créer un binôme solide.

En informant systématiquement les parents, l'enseignant change de statut aux yeux des élèves.

Ces derniers, réalisant que leurs parents et professeurs "sont devenus des amis", ne peuvent plus exploiter le manque de communication.

B. Le mécanisme en deux temps

La méthode s'appuie sur deux actions clés, mises en œuvre dès le début de l'année scolaire.

Étape

Description

Objectifs

1. L'appel téléphonique initial

L'enseignant contacte chaque famille personnellement "le 31 août ou le 1er septembre", avant même qu'un problème ne survienne.

• - Établir la confiance : Les parents, "positivement surpris", apprécient cette attention et deviennent rapidement des alliés.<br>\
• • Présenter la démarche : L'enseignant explique sa méthode et son intention de collaborer.<br>\
• • Dédramatiser la communication : L'appel n'est pas lié à une sanction, ce qui change la perception de l'école.

2. Les SMS hebdomadaires

Chaque semaine, un SMS individualisé est envoyé à chaque famille pour l'informer du comportement et du travail de l'enfant, "y compris lorsqu’il n’y a pas de problème".

• - Maintenir un dialogue constant : Assurer un suivi régulier et éviter les ruptures de communication.<br>
• - Valoriser et encourager : Les SMS permettent de féliciter les efforts et les progrès, renforçant la motivation.<br>\
• • Assurer la cohésion : Le fait que tous les élèves soient concernés, qu'ils soient en difficulté ou non, évite la stigmatisation et favorise la solidarité.

Jérémie Fontanieu souligne que cette approche est "contre-intuitive" car elle demande un investissement de travail supplémentaire en début d'année, mais que ce temps est "largement rentabilisé" par la suite.

3. Impacts et Résultats Observés

La mise en place de la méthode Réconciliations génère des effets positifs et mesurables sur l'ensemble des acteurs du système éducatif : élèves, enseignants et parents.

A. Sur les élèves

• Engagement accru : Constatant l'alliance entre parents et professeurs, les élèves deviennent "moins passifs et plus engagés" et prennent leurs responsabilités.

• Cercle vertueux de la réussite : L'investissement croissant des élèves entraîne des progrès, qui sont salués par les adultes (parents et professeurs).

Ces encouragements renforcent à leur tour l'implication, créant "une dynamique de réussite, de confiance et d'espoir pour tous".

• Amélioration des résultats scolaires : Depuis l'année scolaire 2017-2018, la classe de terminale de Jérémie Fontanieu affiche un taux de 100% de réussite au baccalauréat.

Les élèves terminent le programme en avance, ce qui leur laisse "beaucoup de temps pour réviser".

• Gain de confiance : La méthode permet aux élèves de réussir "là où ils pensaient ne pas en être capable", ce qui les encourage à poursuivre des études supérieures.

B. Sur les enseignants

• Réduction de la charge disciplinaire : Le partenariat avec les parents diminue les comportements perturbateurs. C'est "de l'énergie dépenser en moins à faire sa discipline".

• Fin de l'isolement : Les professeurs ne se sentent plus seuls à tout porter sur leurs épaules.

Ils trouvent un soutien précieux chez les parents, qui deviennent des "alliés indéfectibles" les protégeant des "violences du métier".

• Réconciliation avec le métier : La méthode permet aux enseignants de se consacrer à leur cœur de métier : l'enseignement. Jérémie Fontanieu évoque "une réconciliation entre nous, enseignants, et notre métier".

• Gestion du temps optimisée : Bien que l'approche puisse sembler chronophage, elle fait en réalité gagner "beaucoup de temps" en réduisant les conflits et en augmentant l'implication des élèves.

C. Sur les parents

• Partenaires actifs : Les parents deviennent des "acteurs clés" et des partenaires fiables, intégrés au processus éducatif.

• Influence positive : Ils réalisent l'influence qu'ils peuvent avoir, même sans compétences académiques spécifiques. Leur rôle est un levier d'attention morale et de soutien.

• Relation apaisée avec l'école : La communication régulière et positive transforme la relation, qui n'est plus basée sur la crainte des mauvaises nouvelles.

4. Le Collectif "Réconciliations" : Diffusion et Organisation

La méthode, initialement expérimentale, est aujourd'hui portée par un collectif d'enseignants en pleine croissance, qui fonctionne sur un modèle horizontal et indépendant.

A. Historique et croissance

• Développement : La méthode a été développée à partir de 2012 au lycée Eugène Delacroix de Drancy.

• Création du collectif : Après avoir constaté des résultats "suffisamment forts", le collectif est créé en 2021 pour partager la méthode.

• Expansion rapide : Le collectif est passé de 200 enseignants à 350 pour l'année 2023-2024, avec des projections autour de 500 pour 2024-2025.

• Objectif : Atteindre une masse critique de 1000 enseignants pour passer à une phase de diffusion à plus grande échelle via un site internet et un manuel.

B. Philosophie et indépendance

Le collectif revendique une indépendance totale et refuse "aucun soutien institutionnel". Jérémie Fontanieu explique ce choix : "Nous utilisons notre liberté pédagogique.

Nous sommes indépendants, et nous sommes très attachés à la diffusion horizontale de cette méthode, de professeur à professeur.

Nous grandissons plus lentement sans l’aide de l’État, mais de manière plus saine". La diffusion se fait principalement par le bouche-à-oreille.

C. Portée et applicabilité

La méthode Réconciliations démontre une grande flexibilité et s'adapte à divers contextes :

• Niveaux scolaires : Elle est appliquée de l'école primaire (CM2) jusqu'au lycée.

• Contextes géographiques et sociaux : Si elle est née en "quartier populaire", environ la moitié des enseignants qui l'utilisent travaillent en zones rurales ou dans des établissements de centre-ville, prouvant sa pertinence au-delà des zones d'éducation prioritaire.

5. Accès à la Méthode et Ressources Disponibles

Pour préserver la qualité de l'accompagnement, l'accès à la méthode est actuellement contrôlé par son fondateur en attendant que le collectif atteigne sa taille cible.

• Comment participer : Les enseignants intéressés doivent contacter directement Jérémie Fontanieu par email à l'adresse projet.reconciliations@gmail.com.

Les détails de la méthode restent "assez secrets" et ne sont pas communiqués publiquement pour le moment.

• Outils de soutien pour les membres : Les professeurs qui rejoignent le collectif ont accès à un ensemble d'outils pratiques :

• ◦ Vidéos et tutoriels (notamment pour la rédaction des SMS).   
• ◦ Groupes de discussion en ligne.   
• ◦ Visioconférences hebdomadaires.   
• ◦ Une rencontre annuelle pour un suivi et une formation continue.

• Ressources publiques : Pour en savoir plus sur la philosophie de la méthode, le public peut consulter :

• ◦ Le livre de Jérémie Fontanieu, "Le Mythe du prof héros".   
• ◦ Le film documentaire "Le Monde est à eux", sorti au cinéma en mars 2024.   
• ◦ Un deuxième documentaire disponible en ligne, montrant l'application de la méthode en écoles primaires et au collège.

So finding argument?

do they mean finding a good reason?

Are we proving what right or wrong?

What do they mean by this?

we are finding information about arguments

This statement is so important because it allows us to see why diversity is so important to be taught even if the people are not necessarily diverse themselves. It shows that even though most students in professor's class are white, it doesn't mean that there is no reason to teach diversity. How can one be open to multiculturalism and diversity if they are not taught about it? Learning about diversity shouldn't be seen as an optional subject and doesn't open up the space for inclusivity.

This text shows that clearly one of the issues why multicultural education is not being implemented is because teacher's do not have the information and training they need to implement it into their routines. This issue makes it almost impossible for multicultural aspects to be seen in the classroom because the teacher has no knowledge about it as talked about in the text. Higher up departments should be held accountable to put these trainings into place and to implement these concepts into schools for there to be an actual change.

This reading already starts off stating this fact that education is still not diverse. There is a concern that multicultural education is only seen as a concept and is not acutally being imbedded into schools. This becomes an issue because there needs to be actual change and steps foward in order to create a diverse education system that allows for all students to thrive in their environment.

These were not identified in your initial analysis of the 44 lysosomal enzyme genes and the CEU AD patients or in the proteomic analysis with the 3 late-stage patients, or both?

INÍCIO DA BLACK FRIDAY HACKONE PRO: 3 DE NOVEMBRO ÀS 19H

What is considered doing too little? - It probably depends on which area it's done on.

h is Planck's constant,

Works Cited entry

This is huge.

Santé Mentale et Handicap : Synthèse de l'Audition de la Défenseure des droits

Résumé Exécutif

Ce document de synthèse présente les constats et analyses clés issus de l'audition de Claire Hédon, Défenseure des droits, devant la commission d'enquête sur les défaillances des politiques publiques en matière de santé mentale et de handicap. L'audition révèle une divergence critique entre les droits proclamés par la loi et leur application effective sur le terrain. Le handicap demeure le premier motif de saisine pour discrimination, signalant des failles systémiques dans des domaines essentiels tels que l'éducation, l'emploi et l'accessibilité. La situation de la santé mentale est jugée particulièrement alarmante, avec un système de soins insuffisant et cloisonné pour les adultes, et des conditions critiques pour les mineurs marqués par des délais d'attente insoutenables et des pratiques d'hospitalisation inadaptées. La Défenseure des droits soutient que le non-respect des droits fondamentaux, loin d'être une économie, engendre un coût social et financier élevé à long terme. La collecte de données fiables, l'application rigoureuse des textes existants et une approche décloisonnée sont identifiées comme des leviers indispensables pour remédier à ces défaillances.

1. Le Défenseur des droits : Un Observatoire des Défaillances Systémiques

L'institution du Défenseur des droits, par ses cinq domaines de compétence (droits des usagers des services publics, lutte contre les discriminations, droits de l'enfant, déontologie de la sécurité, protection des lanceurs d'alerte), constitue un observateur privilégié des carences des politiques publiques relatives au handicap et à la santé mentale.

Le Handicap comme Premier Motif de Discrimination

Claire Hédon souligne que le handicap est, depuis plusieurs années, le premier motif de saisine en matière de discrimination, ce qui témoigne de difficultés persistantes et généralisées.

• Statistiques Clés (2024) :

◦ Total des saisines pour discrimination : 5 679    ◦ Part concernant le handicap : 22 % (soit 1 249 réclamations)

Ces discriminations s'exercent dans de multiples domaines : emploi, scolarisation, accès à la santé, à la justice, aux loisirs, au sport et à la culture.

Le Coût du Non-Respect des Droits

La Défenseure des droits conteste l'idée selon laquelle l'application des droits fondamentaux représenterait un coût financier excessif. Elle affirme sa conviction que "c'est le non-respect des droits fondamentaux qui entraînera à terme un coût élevé pour la société". L'approche de l'institution se concentre sur "l'écart entre le droit annoncé et son effectivité", soulignant que les défaillances actuelles génèrent un coût social majeur.

2. La Santé Mentale : Une Crise des Droits Fondamentaux

L'audition met en lumière une crise profonde dans la prise en charge de la santé mentale en France, exacerbée par la crise sanitaire du Covid-19. Les politiques publiques sont jugées insuffisantes tant en quantité qu'en organisation.

2.1. Prise en Charge des Adultes : Un Système Insuffisant et Cloisonné

Le système de soins pour adultes souffre de faiblesses structurelles majeures :

• Offre de soins : Des offres trop faibles, des capacités d'hospitalisation limitées et des déserts médicaux.

• Organisation : Un système mal organisé et cloisonné entre les secteurs sanitaire et médico-social.

• Ressources : Des moyens qui stagnent alors que les besoins augmentent, rendant les conditions d'exercice indignes pour les soignants et les patients.

Conséquences pour les patients :

• Délais d'attente excessifs.

• Ruptures de soins fréquentes et errance sanitaire.

• Inégalités territoriales criantes, pénalisant particulièrement les personnes précaires.

Focus : La Situation Critique des Personnes Détenues

La santé mentale des personnes détenues est une préoccupation majeure, avec une surreprésentation des pathologies et troubles mentaux en milieu carcéral.

• Appels à la plateforme (3141) de juillet 2024 à juillet 2025 :

◦ 7,6 % des appels concernaient des difficultés d'accès aux soins (1 065 appels).    ◦ 106 appels portaient spécifiquement sur un risque suicidaire.

Causes identifiées :

1. La politique de désinstitutionnalisation : Menée sans un développement suffisant des services de proximité pour prendre le relais des services hospitaliers psychiatriques.

2. La diminution des déclarations d'irresponsabilité pénale : Conduisant au maintien en détention de personnes dont l'état de santé nécessiterait une prise en charge dans une structure de soins.

La Cour européenne des droits de l'homme (arrêt GC c. France, 2012) a qualifié cette situation de "traitement inhumain". Le manque de continuité des soins à la sortie de prison augmente par ailleurs le risque de récidive.

2.2. Santé Mentale des Mineurs : Une Situation Alarmante

Les données concernant la santé mentale des jeunes sont particulièrement inquiétantes. Une étude de 2025 (Institut Montaigne, Mutualité française, Institut Terram) révèle que 25 % des jeunes de 15 à 29 ans souffrent de dépression, un chiffre atteignant 39 % en outre-mer.

Carences Structurelles de la Pédopsychiatrie

• Absence de données fiables : Le manque de données agrégées sur le nombre d'enfants en attente de prise en charge "fragilise le pilotage de nos politiques publiques". Le rapport 2023 de la Cour des comptes estime que sur 1,6 million d'enfants souffrant d'un trouble psychique, seuls 50 à 53 % bénéficient de soins.

• Pénurie de médecins et inégalités territoriales : Malgré des infrastructures dans la moyenne européenne, le secteur est saturé. Les Centres Médico-Psychologiques (CMP) sont inégalement répartis, et les délais pour obtenir un premier rendez-vous dépassent souvent un an.

Pratiques Inadaptées et Atteintes aux Libertés

Des pratiques préoccupantes sont régulièrement signalées :

• Hospitalisation en services pour adultes : Des enfants et adolescents sont hospitalisés dans des services de psychiatrie adulte, une situation qui "ne fait que s'aggraver".

• Maintien par défaut : Des jeunes en situation de handicap sont maintenus en structure psychiatrique faute de places dans le secteur médico-social ou en protection de l'enfance.

• Recours à l'isolement et à la contention : Ces mesures de dernier recours sont utilisées de manière trop fréquente, souvent motivées par un manque de personnel. Pour les mineurs hospitalisés en "soins libres" (à la demande des parents mais sans leur propre consentement), il n'existe aucun contrôle systématique par un juge des libertés et de la détention (JLD), contrairement aux adultes.

Exemple emblématique : Une adolescente de 15 ans, atteinte d'autisme sévère, a été hospitalisée pendant plus de deux ans dans un service psychiatrique pour adultes, sans justification médicale. Elle était confinée dans une chambre d'isolement "plus de 20 heures par jour", déscolarisée et privée de soins somatiques essentiels.

3. Politiques du Handicap : Des Droits Proclamés mais Non Effectifs

Vingt ans après la loi de 2005, son application reste partielle et les obstacles à l'inclusion demeurent nombreux.

3.1. Éducation : Une Inclusion Inachevée

Bien que la loi de 2005 ait permis une augmentation du nombre d'enfants handicapés scolarisés, l'accès à une éducation de qualité reste difficile.

Catégorie de réclamation (2024)

Chiffres et pourcentages

Discrimination liée à l'éducation/formation

7 % des 5 679 saisines

Droits de l'enfant (majorité liée à la scolarisation)

30 % des 3 073 saisines

Obstacles persistants :

• Manque d'AESH : Malgré les créations de postes, les besoins ne sont pas couverts.

• Pause méridienne : La loi du 27 mai 2024 prévoyant la prise en charge par l'État de l'accompagnement sur le temps de la pause méridienne est "très loin d'être effective" en raison de blocages administratifs.

• Aménagement des examens : Une augmentation inquiétante des refus d'aménagement pour des élèves ou étudiants handicapés, parfois sous le prétexte paradoxal que "leurs résultats étaient bons".

3.2. Emploi : Premier Domaine de Discrimination

L'emploi est le principal secteur où s'exercent les discriminations liées au handicap. Sur les réclamations pour handicap en 2024, 21 % concernent l'emploi privé et 24 % l'emploi public. L'obligation d'emploi de 6 % ne suffit pas à garantir l'égalité de traitement.

Difficultés récurrentes :

• Aménagement tardif du poste de travail.

• Non-respect des préconisations du médecin du travail.

• Difficultés accrues dans le maintien dans l'emploi pour les personnes dont le handicap ou la maladie survient en cours de carrière.

3.3. Accessibilité : Un Retard Persistant

L'accessibilité, condition essentielle à la participation sociale, reste un point faible majeur.

• Transports : L'objectif de mise en accessibilité n'est pas atteint, la loi s'étant limitée aux "points d'arrêt prioritaires".

• Logement : Inquiétude face à l'assouplissement des règles d'accessibilité (loi ELAN).

• Numérique : La dématérialisation produit des effets ambivalents. Selon l'ARCOM, peu de sites publics atteignent 50 % d'accessibilité et seulement 5 % sont totalement conformes.

3.4. Aides à l'autonomie : Une Compensation Insuffisante et Inégale

Le droit à la compensation instauré par la loi de 2005 présente des limites flagrantes.

• La barrière des 60 ans : Une différence de traitement persiste selon que le handicap survient avant ou après 60 ans, la fusion des régimes prévue pour 2010 n'ayant jamais eu lieu.

• Limites de la PCH (Prestation de Compensation du Handicap) :

◦ L'aide humaine est limitée aux besoins essentiels.    ◦ Les aides techniques sont sous-financées.    ◦ La PCH parentalité est critiquée pour ses critères restrictifs.

4. Recommandations et Perspectives

L'audition se conclut sur plusieurs axes d'action prioritaires pour remédier aux défaillances constatées.

• Application des textes : L'urgence est "l'application pure et simple des textes votés par le Parlement", dont beaucoup sont en attente de décrets d'application.

• Données statistiques : Il est impératif de disposer de données fiables et agrégées (ex : nombre d'heures de scolarisation effectives, nombre de places manquantes en IME) pour piloter les politiques publiques.

• Décloisonnement : Renforcer la coordination entre les secteurs sanitaire, médico-social, éducatif et judiciaire est crucial pour assurer la fluidité des parcours.

• Priorité à la jeunesse : La santé mentale des jeunes, érigée en grande cause nationale 2025, nécessite une "véritable prise de conscience collective" et des moyens financiers adéquats, notamment pour les CMP.

• Formation : L'amélioration de la formation des professionnels (enseignants, AESH, employeurs, soignants) est essentielle pour faire évoluer les pratiques et les cultures professionnelles.

• Lutte contre la complexité administrative : Le "mille-feuille" des dispositifs doit être simplifié pour améliorer la lisibilité et l'accès aux droits pour les familles.

To me this formula looks like word salad and is incomprehensible at a quick glance. Which leads me to wonder if it is possible to rewrite the formula so that it is more easily read and understood. Or if it is possible to compress some of the terms to make it easier to understand.

need a human's eyes on these things

Reviewer #2 (Public review):

Summary:

The authors quantify human fMRI BOLD responses in pulvinar and mediodorsal thalamic nuclei during a fear conditioning and extinction task across two days, in a large sample size (hundreds of participants). They show that the BOLD responses in these areas differentiate the conditioned (CS+) and safety (CS-) stimuli. Additionally, this changes with repeated trials, which could be a neural correlate of fear learning. They show that the anterior pulvinar is most correlated with the MD, and that this is not due to anatomical proximity. They perform graph analysis on the pulvinar subnuclei, which suggests that the medial pulvinar is a hub between the sensory (lateral/inferior) and associative (anterior) pulvinar. They show different patterns of thalamic activity across conditioning, extinction, recall, and renewal.

Strengths:

The data has a large sample size (n=293 in some measures, n=412 in others). This is a validated human fear conditioning/extinction task that Dr Milad's group has been working with for several years. Few labs have investigated the thalamus activity during fear conditioning and extinction, particularly with a large sample size. There is an independent replication of the pulvinar network structure (Figure 3), which suggests that the processing in the more sensory-related inferior and lateral pulvinar is relayed to the anterior pulvinar (and possibly thereby to more action-related prefrontal areas) via an intermediate step in the medial pulvinar - potentially a novel discovery, but that needs more validation.

Weaknesses:

(1) The authors cannot make causal claims about their results based on correlational neuroimaging evidence. Causal claims should be pared back. E.g., sentence 1 in the Results section: "The anterior pulvinar and MD contribute to early associative threat learning, as evidenced by increased functional activation in response to CS+ compared to CS- at the block level (Fig. 1b-c)." needs to be reworded to something like "The anterior pulvinar and MD have increased functional activation... This suggests that these areas may contribute to early associate threat learning."

(2) Figure 1: The fact that the difference in BOLD activity between CS+ and CS- goes away on the third trial is not addressed. This is a very large effect in the data.

(3) Figure 3: Could the observed network structure be due to anatomical proximity? Perhaps the authors should do an analogous analysis to what they did in Figure 2 for this intra-pulvinar analysis. This analysis doesn't take into account the indirect connections through corticothalamic and thalamocortical connections with the visual cortex and the pulvinar. There is an implicit assumption that there are interconnections between the pulvinar subnuclei, but there are few strong excitatory projections between these subnuclei to my knowledge. If visual areas are included in the graph, it would make things more complex, but would probably dramatically change the story. In this way, the message is somewhat constructed or arbitrary.

(3) In the results section describing Figures 4-7, there are no statistics supporting the claims made. There needs to be a set of graphs comparing the results across the study sessions and days, with statistical comparisons between the different experiments to confirm differences.

(4) Figure 7 does not include the major corticothalamic and thalamocortical projections from early, mid-level, and higher visual cortex to the different pulvinar nuclei. I doubt that there are strong direct projections between the pulvinar nuclei; rather, the functional connections are probably mediated through interconnections with cortical visual areas.

(5) Stylistic: There are a lot of hypotheses and interpretations presented in this primary literature paper, which may be better suited for a review or perspective piece.

(6) In the discussion, there is an assumption that the fMRI BOLD responses to CS+ and CS- need to be different to indicate that an area is processing these distinctly, but the BOLD signal can only detect large-scale changes in overall activity. It's easy to imagine that an area could be involved in processing these two stimuli distinctly without showing an overall difference in the gross amount of activity.

(7) There is strong evidence that the BOLD responses to the threat-related and safety-related stimuli are different, modest evidence for their claims of learning/plasticity in these pathways, and circumstantial evidence supporting their hypothesized graph network models. Overall, most of the claims made in the discussion are better considered possible interpretations rather than proven findings - this is not a criticism, as these experiments and subject matter are extremely complex.

This study continues to validate the power and utility of this in human fear conditioning/extinction paradigm, and extends this paradigm to investigating fear learning beyond the traditional limbic system pathways. It's possible that their models for the pulvinar nuclei interconnections could guide future neuromodulation or DBS studies that could provide more causal evidence for their hypotheses.

Reviewer #3 (Public review):

Summary:

The present work was aimed at investigating the specific contributions of thalamic nuclei to associative threat learning and extinction. Using fMRI, they examined activation patterns across pulvinar divisions, the lateral geniculate nucleus (LGN), and the mediodorsal thalamus (MD) during threat acquisition, extinction, and recall. Their goal was to uncover whether distinct thalamic systems support different modes of learning-automatic survival mechanisms versus more deliberate processes - and to propose a hierarchical pulvinar model of fear conditioning. They also try to refine current neuroanatomical models of threat learning and memory, highlighting the role of thalamic nuclei in it.

Strengths:

(1) Valuable theoretical elaboration and modeling regarding the differential role of pulvinar subdivisions on feedforward (inferior, lateral) and higher-order integration (anterior), and their functional interplay with other relevant subcortical and cortical structures in associative threat and extinction learning.

(2) Large sample sizes and multipronged analytical approaches were used for hypothesis testing.

(3) Exhaustive literature review in the field of associative threat, as well as regarding the role of thalamic nuclei and other brain structures in it.

Weaknesses:

(1) Several weaknesses should be pointed out regarding how fMRI data were collected, as well as decisions regarding how the fMRI data were preprocessed and analyzed:

a) fMRI data have low resolution (3 cubic mm), which certainly limits the examination of small nuclei such as the ones investigated here, and especially the examination of the LGN and inferior pulvinar.

b) fMRI was normalized to standard space. Analyzing the data in individual-subject space would have given you the options of avoiding altering every participant's brain and of using a probabilistic thalamic atlas that better adapts to each subject's brain and thalamic nuclei (see, for instance, Iglesias et al., 2018). This would have been ideal and would have given the authors more precision, especially considering the low resolution of the fMRI data and the size of the thalamic nuclei of interest.

c) On top of the two previous points, the authors decided to smooth the data to 6mm, which means that every single voxel within these small nuclei was blurred/mixed with the 2 immediately contiguous voxels (if they followed the standard SPM12 normalization resampling default which resamples, or upsamples the data in this case, to 2 x 2 x 2mm). Given the strong changes in structural connectivity and function that can occur, especially in the thalamus, on voxels of this size, this and the previous 2 decisions do not favor anatomical precision.

d) Motion during scanning was poorly controlled in the preprocessing. Including the motion parameters as covariates of no interest in the GLM does not fully guarantee that motion is not influencing the results, and that motion is not differentially influencing some experimental conditions more than others.

(2) It is not clearly indicated in the manuscript how many subjects and how many trials went into each of the analyses. It would be important to indicate this in the text and/or the figures.

(3) It is not clear either, why, given the large sample size, some of the results were not conducted using reproducibility strategies such as dividing the sample into 2 or 3 groups or using further cross-validation strategies.

(4) Limited testing of alternative hypotheses. The results clearly seem to be a selection of the findings supporting the hypotheses that the authors sought to confirm. (just one example: in the analysis reported in Figures 1-2; are there other correlations between the activation of the anterior pulvinar and MD with other pulvinar nuclei? only the MD-anterior Puv is reported).

(5) The manuscript does not contain a limitations subsection. Practically every study has limitations, and this one is not an exception. Better to tell the limitations to the readers upfront so they can factor them into their evaluation of the relevance of the manuscript and reported evidence.

(6) Data should be made available to the scientific community. Code too. Even if you just used standard fMRI toolboxes, any code used to run analyses will be helpful to the community, or if someone decides to try to replicate your findings.

Despite these weaknesses and what can be derived from them, this manuscript constitutes a valuable contribution to the field to start characterizing and conceptualizing the involvement of thalamic nuclei and their interactions with other brain regions in the associative threat learning circuitries. It also paves the road for further testing of the functional dynamics among these regions and circuitries, and modeling testing.

Document d'information : Enjeux et Défis de la Santé Mentale en France

Synthèse

L'audition devant la commission d'enquête de l'Assemblée nationale met en lumière une crise profonde et multidimensionnelle du système de santé mentale en France.

Les analyses des experts révèlent un fardeau économique et social colossal, estimé à 163 milliards d'euros, plaçant les maladies mentales au premier rang des dépenses de l'Assurance Maladie.

Ce coût est principalement tiré par les hospitalisations, qui représentent jusqu'à 85 % des dépenses directes pour des pathologies comme la schizophrénie, tandis que les coûts des médicaments, majoritairement génériqués, restent faibles.

Le système de soins psychiatriques est caractérisé par des défaillances systémiques majeures. La prévention est quasi inexistante, entraînant des retards de diagnostic dramatiques (plus de 10 ans pour les troubles bipolaires).

L'organisation des soins, jugée obsolète, reste hospitalo-centrée, inégalitaire sur le territoire et cloisonnée, notamment entre les soins somatiques et psychiatriques.

Ce cloisonnement a des conséquences mortelles, réduisant l'espérance de vie des patients de 15 à 20 ans, principalement à cause de maladies cardiovasculaires et de cancers non ou mal soignés.

Malgré ce tableau sombre, des innovations organisationnelles et technologiques ont prouvé leur efficacité.

Les "Centres Experts", par des bilans complets, réduisent significativement les hospitalisations et améliorent le pronostic des patients.

De même, des projets pilotes utilisant des outils numériques (expérimentation "Article 51") ont divisé par deux les tentatives de suicide et généré des économies substantielles.

Cependant, ces innovations peinent à être déployées à grande échelle en raison de freins structurels, d'un manque de vision stratégique et d'un sous-investissement chronique dans la recherche et le développement.

La psychiatrie souffre en parallèle d'une grave crise d'attractivité, exacerbant les pénuries de personnel et la saturation du système.

Enfin, la recherche et le pilotage des politiques publiques sont handicapés par un manque criant de données structurées, notamment sur le volet du handicap.

1. Le Fardeau Économique et Social des Maladies Mentales

L'analyse économique présentée par Isabelle Duranzaleski, professeur de médecine et docteur en économie, révèle l'empreinte considérable des pathologies psychiatriques sur la société française.

L'étude, qui reproduit des méthodologies internationales pour permettre les comparaisons, agrège plusieurs types de coûts pour obtenir un chiffre global.

1.1. Une Estimation Globale de 163 Milliards d'Euros

En combinant l'ensemble des coûts, l'étude arrive à un total de 163 milliards d'euros.

Ce chiffre, bien que sujet à des risques de double compte, a pour objectif principal d'alerter les décideurs publics sur l'ampleur du fardeau.

Il se décompose en quatre catégories principales :

1. Dépenses de l'Assurance Maladie : Les coûts directs des soins médicaux, qui placent les maladies mentales comme le premier ou deuxième poste de dépense avec le cancer.

2. Dépenses du secteur médico-social : Les coûts réels engagés pour l'accompagnement.

3. Pertes de production : Le "manque à gagner" pour la société lié à la morbidité et à la mortalité prématurée.

4. Perte de santé valorisée : Une estimation monétaire de la perte d'années de vie en bonne santé, calculée selon des standards internationaux.

1.2. La Prépondérance des Coûts d'Hospitalisation

Une analyse détaillée des dépenses directes pour les patients atteints de schizophrénie et de troubles bipolaires, menée via les Centres Experts, démontre que l'hospitalisation constitue la source principale des coûts.

• Pour la schizophrénie, 85 % des coûts directs sont liés aux hospitalisations.

• Pour les troubles bipolaires, ce chiffre s'élève à 78 %.

En comparaison, la part des médicaments est très faible, en raison de l'accès quasi-exclusif à des traitements génériqués et du manque d'accès aux innovations thérapeutiques.

Pathologie

Part des Hospitalisations

Part des Médicaments

Part des Consultations

Schizophrénie

85 %

9 %

6-7 %

Troubles Bipolaires

78 %

18 %

6-7 %

1.3. Le Coût Spécifique du Suicide

Une étude distincte, utilisant la même méthodologie, a évalué le coût du suicide et des tentatives de suicide, en incluant les coûts directs des soins, la perte de production et la perte d'années de vie valorisée.

• Coût du suicide : 18 milliards d'euros.

• Coût des tentatives de suicide : 5 milliards d'euros.

2. Défaillances Systémiques et Organisation des Soins

Les experts s'accordent sur un constat sévère : l'organisation actuelle des soins psychiatriques en France est en échec. Elle est marquée par un retard structurel, une inégalité d'accès et un cloisonnement préjudiciable.

2.1. L'Échec de la Prévention

Selon Marion Leboyer, professeur de psychiatrie, et Coralie Gandré, maîtresse de recherche à l'IRDES, le système de soins français présente des défaillances majeures aux trois niveaux de la prévention.

• Prévention primaire : Elle est quasi-inexistante, marquée par une méconnaissance profonde des maladies mentales dans la société et une méfiance envers la psychiatrie, ce qui entraîne une perte de chance considérable.

La France accuse un retard de 20 ans par rapport aux pays anglo-saxons dans la mise en place de mesures de prévention et de lutte contre la stigmatisation.

• Prévention secondaire : Elle se traduit par un retard au diagnostic catastrophique.

◦ Troubles bipolaires : Plus de 10 ans en moyenne entre les premiers symptômes et le diagnostic.    ◦ Schizophrénie : Une "durée de psychose non traitée" de 2 à 5 ans, alors que les cinq premières années sont cruciales pour la réponse au traitement.

Ce retard est attribué à un déficit de formation des médecins de première ligne et à un manque d'information du grand public.

• Prévention tertiaire : L'arrivée tardive dans le soin se fait majoritairement par les urgences, qui sont engorgées par des patients de plus en plus sévères, chroniques et polypathologiques.

Un patient sur quatre hospitalisé en psychiatrie y entre via les urgences, un indicateur international de mauvaise qualité de l'accès aux soins.

2.2. Un Modèle de Soins Obsolète, Inégal et Cloisonné

Le système français est décrit comme :

• Hospitalo-centré : L'approche reste centrée sur l'hôpital, malgré un virage ambulatoire précoce (80 % des prises en charge).

Un quart des lits en psychiatrie est occupé au long cours sans indication thérapeutique, souvent par défaut d'offre d'hébergement non médicalisé.

• Inégalitaire sur le territoire : L'accès aux soins varie considérablement d'une région à l'autre.

La prévalence de la schizophrénie et des troubles bipolaires est deux fois plus élevée dans les villes, suggérant la nécessité de politiques de soins adaptées aux facteurs de risque environnementaux (urbanicité, pollution, stress).

• Peu lisible et insuffisamment spécialisé : L'offre de soins est confuse pour les usagers et manque de spécialisation par pathologie, contrairement aux pratiques internationales.

• Manquant de vision stratégique : Les experts déplorent une absence de stratégie claire et de politique d'évaluation de l'organisation des soins.

2.3. La Fracture entre Soins Somatiques et Psychiatriques

Un des points les plus critiques soulevés est le cloisonnement total entre la psychiatrie et les autres spécialités médicales.

Les conséquences pour les patients sont dramatiques :

• Surmortalité massive : La première cause de mortalité n'est pas le suicide, mais les maladies cardiovasculaires et les cancers.

L'espérance de vie est réduite de 20 ans pour les femmes et 15 ans pour les hommes (données de M. Leboyer) ou de 13 ans pour les femmes et 16 ans pour les hommes (étude IRDES).

Le taux de mortalité est 2 à 3 fois supérieur à celui de la population générale.

• Sous-dépistage des comorbidités : Des pathologies comme le syndrome métabolique (hypertension, obésité, etc.) sont très fréquentes (24 % pour la schizophrénie, 38 % pour la dépression résistante, contre 10 % en population générale), mais 70 % à 90 % des patients ne sont ni dépistés, ni soignés.

• Moindre recours aux soins préventifs : Les patients ont moins accès au dépistage des cancers, à la vaccination, aux dentistes, ophtalmologues ou gynécologues.

• Retard au diagnostic pour le cancer : Les patients atteints de troubles psychiques sont diagnostiqués plus tardivement pour les cancers, reçoivent des prises en charge plus invasives mais moins intensives, ce qui augmente les pertes de chance.

3. Innovations et Levier d'Amélioration : Un Potentiel Sous-exploité

Face à ces défaillances, des innovations organisationnelles, numériques et thérapeutiques ont démontré leur efficacité, mais leur déploiement reste limité par de nombreux freins.

3.1. Les Centres Experts : Un Modèle d'Évaluation Efficace

Inspirés des modèles existants pour le cancer ou les maladies rares, les Centres Experts proposent un bilan complet (psychiatrique, cognitif, social, somatique) sur une journée en hôpital de jour.

• Impact démontré : Les études menées avant et après passage dans ces centres montrent une diminution significative du nombre de journées d'hospitalisation, une amélioration du pronostic, une meilleure adhérence au traitement et un meilleur dépistage des comorbidités somatiques.

• Objectif : L'objectif est de déployer ce dispositif sur tout le territoire national et de l'inscrire dans la liste des activités spécifiques nationales pour garantir un accès équitable à tous les patients.

3.2. Le Numérique au Service du Suivi (Expérimentation Article 51)

Un projet pilote a testé une innovation organisationnelle combinant un suivi par une infirmière de pratique avancée ("case manager") et des outils digitaux pour des patients bipolaires.

• Résultats positifs : L'évaluation par le ministère de la Santé a montré :

• ◦ Tentatives de suicide divisées par deux (de 7,6 % à 3,9 %).  
• ◦ Journées d'hospitalisation réduites (de 42 % à 24 %).  
• ◦ Impact économique démontré : un gain estimé à 3 500 € par patient et par an, grâce à la baisse des hospitalisations.

• Déploiement en attente : Malgré ces résultats, la décision de généraliser le dispositif est toujours en attente, suscitant l'inquiétude des patients et des soignants.

3.3. Freins à l'Innovation et à la Recherche

Plusieurs obstacles entravent la modernisation de la psychiatrie :

• Sous-investissement dans la recherche : La France ne consacre que 2 à 4 % de son budget de recherche biomédicale à la psychiatrie, l'un des taux les plus faibles des pays développés.

• Faible translation des découvertes : De nombreuses innovations (biomarqueurs sanguins, imagerie cérébrale, outils numériques) issues de la recherche peinent à être appliquées dans les soins courants.

• Accès limité aux nouvelles thérapies : Les patients français ont un accès moindre aux innovations thérapeutiques, qu'elles soient médicamenteuses (ex: antipsychotiques de 2e génération disponibles ailleurs en Europe mais pas en France) ou psychosociales.

4. Enjeux Transversaux et Difficultés Spécifiques

4.1. Crise d'Attractivité et Pénurie de Personnel

La psychiatrie fait face à une crise d'attractivité majeure, constituant un frein structurel à toute amélioration.

• Désaffection des jeunes médecins : La psychiatrie est choisie parmi les dernières disciplines par les internes, contrairement à des pays comme le Canada où elle est devenue un premier choix suite à des investissements massifs.

• Pénurie de personnel : La FHF (Fédération Hospitalière de France) estime qu'un quart des postes de psychiatres sont vacants dans plus de la moitié des établissements publics.

• Conséquences directes : Cette pénurie entraîne une fermeture massive de lits d'hospitalisation et une saturation de l'ensemble du système de soins (CMP surchargés, urgences engorgées).

4.2. Les Pratiques Coercitives et les Droits des Patients

La France se distingue par un recours élevé à des pratiques restrictives de liberté, avec des variations très importantes entre établissements qui interrogent l'équité des prises en charge.

• Soins sans consentement : Près de 100 000 personnes par an (soit 5% de la file active).

• Isolement : Près de 30 000 personnes par an.

• Contention mécanique : Près de 10 000 personnes par an. Ces chiffres placent la France dans une situation défavorable par rapport aux autres pays développés, avec une tendance à l'augmentation.

4.3. Le Manque Crucial de Données sur le Handicap

Maude Espagiac, spécialiste du handicap, souligne une difficulté majeure pour la recherche et le pilotage des politiques : l'accès aux données.

• Cloisonnement des données : Les systèmes d'information des secteurs médical, social et médico-social ne communiquent pas, ce qui empêche d'avoir une vision complète des parcours et des coûts.

• Identification des personnes : Il est très difficile d'identifier les personnes en situation de handicap dans les bases de données de santé existantes, et de mesurer les coûts non publics (reste à charge pour les familles, les aidants).

• Perspective d'amélioration : L'intégration annoncée des données des MDPH (Maisons Départementales des Personnes Handicapées) dans le Système National des Données de Santé (SNDS) d'ici 2026 est une avancée attendue depuis une décennie.

Joint Public Review:

This manuscript puts forward the provocative idea that a posttranslational feedback loop regulates daily and ultradian rhythms in neuronal excitability. The authors used in vivo long-term tip recordings of the long trichoid sensilla of male hawkmoths to analyze spontaneous spiking activity indicative of the ORNs' endogenous membrane potential oscillations. This firing pattern was disrupted by pharmacological blockade of the Orco receptor. They then use these recordings together with computational modeling to predict that Orco receptor neuron (ORN) activity is required for circadian, not ultradian, firing patterns. Orco did not show a circadian expression pattern in a qPCR experiment, and its conductance was proposed to be regulated by cyclic nucleotide levels. This evidence led the authors to conclude that a post-translational feedback loop (PTFL) clockwork, associated with the ORN plasma membrane, allows for temporal control of pheromone detection via the generation of multi-scale endogenous membrane potential oscillations. The findings will interest researchers in neurophysiology, circadian rhythms, and sensory biology. However, the manuscript has limited experimental evidence to support its central hypothesis and is undermined by several questionable assumptions that underlie their data analysis and model builds, as well as insufficient biological data, including critical controls to validate and/or fully justify the model the authors are proposing.

Strengths:

The study is notable for its combination of long-term in vivo tip recordings with computational modeling, which is technically challenging and adds weight to the authors' claims. The link between Orco, cyclic nucleotides, and circadian regulation is potentially important for sensory neuroscience, and the modeling framework itself - a stochastic Hodgkin-Huxley formulation that explicitly incorporates channel noise - is a solid and forward-looking contribution. Together, these elements make the study conceptually bold and of clear interest to circadian and olfactory biologists.

Major weaknesses:

At the same time, several limitations temper the conclusions. The pharmacological evidence relies on a single antagonist and concentration, without key controls. The circadian analysis is based on relatively small numbers of neurons, with rhythms detected only in subsets, and the alignment procedure used in constant darkness raises concerns of bias. The molecular evidence is sparse, with only three qPCR timepoints, and the model, while creative, rests on assumptions that are not yet fully supported by in vivo data.

Detailed comments are provided below:

(1) The role for Orco proposed in the authors' model largely stems from the effects seen following the administration of (a single dose) of the Orco antagonist, OLC15. However, this hypothesis is undercut by the lack of adequate pharmacological controls, including a basic multipoint OLC15 dose-response series in addition to the administration of blockers for the other channels that are embedded in their model, but which were ruled out as being involved in the modulation of biological rhythms. In addition, these studies would (ideally) also benefit from the inclusion of the same concentration (series) of an inactive OLC15 analog to better control for off-target effects.

(2) The expression pattern of Orco was assessed using qPCR at only three timepoints. Rhythmic transcripts can easily be missed with such sparse sampling (Hughes et al., 2017). A minimum of six evenly spaced timepoints across a 24-hour cycle would be required to confidently rule out circadian transcriptional regulation. In addition, the use of the timeless mRNA control from another study is not acceptable. Furthermore, qPCR analysis measures transcript abundance, not transcription, as the authors repeatedly state. Transcriptional studies would require nuclear run-off or, more recently, can be done with snRNAseq analysis. Taken together, these concerns undermine the authors' desire to rule out TTFL-based control that directly led them to implicate a PTTF-based model.

(3) The modelling presented is based on Orco as a ZT-dependent conductance tied to the cAMP oscillations that were reported by this group in the cockroach and from the presence and functionality in Manduca of homomeric Orco complexes that are devoid of tuning ORs. While these complexes have been generated in cell culture and other heterologous expression systems, as well as presumably exist in vivo in the Drosophila empty neuron and other tuning OR mutants, there is no evidence that these complexes exist in wild-type Manduca ORNs. While this doesn't necessarily undermine every aspect of their models, the authors should note the presence of Orco/OR complexes rather than Orco homomeric complexes.

(4) Some aspects of the authors' models, most notably the decision to phase align/optimize their DD and OLC15 recordings, are likely to bias their interpretations.

(5) The tip recordings from long trichoid sensilla are critical aspects of this study. These recordings were carried out on upper sensillar tips located on the distal-most second annulus. Since there are approximately 80 annuli on the Manduca antennae, it is unclear whether the recordings are representative of the antennal response.

(6) The authors do not provide any data in support of their cAMP/cGMP-based Orco gating, and the PTTF model proposed is somewhat disappointing. The model seems to be influenced by their long-held proposal that insect olfactory signaling has a critical metabotropic component involving cyclic nucleotides, PKC, etc, a view that may be influenced by the use of Orco homomeric complexes generated in HEK cells. Nevertheless, structural studies on Orco do not support a cyclic nucleotide binding site, although PKC-based phosphorylation has been implicated in the fine-tuning/adaptation of olfactory signaling.

(7) Because only 5/11 LD and 7/10 DD animals showed daily rhythms, with averages lacking clear daily modulation, the methods are not sufficiently reliable enough to reveal novel underlying mechanisms of circadian rhythm generation. The reported results are therefore not yet reliable or quantifiable. To quantify their results, the authors should apply tests for circadian rhythmicity using methods such as RAIN, JTK CYCLE, MetaCycle, or Echo. The use of FFT and Wavelet is applauded, but these methods do not have tests of significance for rhythms and can be biased when analyzing data in which there could only be 1-3 circadian cycles. Because the conclusions appear to be based on 11-12 neurons that were recorded for 2-4 days, the reader is concerned that the methods are not yet perfected to provide strong evidence for circadian regulation of spontaneous firing of ORNs. The average data (e.g., Figure 3Bii and 3Cii) highlight the apparent lack of daily rhythms. In summary, the results would be more compelling if more than 50% of the recordings had significant circadian amplitudes and with similar periods and phases.

(8) The statement that circadian patterns of ORN firing are lost with the Orco antagonist (OLC15) is not strongly supported. The manuscript should be revised to quantify how Orco changed circadian amplitude in the 12 recorded neurons. Measures of circadian amplitude can avoid confusing/vague statements like Line 394 "low and high frequency bands appeared to merge during the activity phase around ZT 0 in the animals that showed clear circadian rhythms (N = 5 of 11 in LD)". The conclusion that Orco blocks circadian firing appears to be contradicted by Figure 6, which indicates that ~6 of these neurons had circadian periods detected by wavelet. The manuscript would be strengthened with details about the specificity and reproducibility of the Orco antagonist. The authors quantify the gradual decrease in firing with the slope of a linear fit to estimate how the "effectiveness [of OLC15] increased over time." They conclude that the drug "obliterated circadian rhythms and attenuated the spontaneous activity in several, but not all experiments (N = 8 of 12)." The report would be greatly strengthened with corroborating data from additional Orco antagonists and additional doses of OLC15 (the authors use only 50 uM OLC15).

(9) The manuscript includes several statements that are more speculation than conclusion. For example, there is no evidence for tuning or plasticity in this report. Statements like the following should be removed or addressed with experiments that show changes in odor response specificity or sensitivity: "ORN signalosomes are highly plastic endogenous PTFL clocks comprising receptors for circadian and ultradian Zeitgebers that allow to tune into internal physiological and external environmental rhythms as basis for active sensing." (Discussion Line 622). The paper concludes that (line 380) "mean frequency of spontaneous spiking and the frequency of bursting expressed daily modulation, and are both most likely controlled via a circadian clock that targets the leak channel Orco." This is too bold given the available results.

(10) Because Orco conductance is modulated by cyclic nucleotides, it remains highly plausible that circadian regulation occurs upstream at the level of signaling pathways (e.g., calcium, calcium-binding proteins, GPCRs, cyclases, phosphodiesterases). The possibility that circadian oscillations of cyclic nucleotides are generated by the canonical TTFL mechanism has not been excluded. In fact, extensive work in Drosophila has demonstrated that the TTFL-based molecular clock proteins are required for circadian rhythms in olfaction.

(11) A defining feature of circadian oscillators is the feedback mechanism that generates a time delay (e.g., PERIOD/TIMELESS repressing their own transcription). While the authors describe how cyclic nucleotides can regulate Orco conductance, they do not provide a convincing explanation of how Orco activity could, in turn, feed back into the proposed PTFL to sustain oscillations. For these reasons, the authors should consider:

(a) Providing a broader discussion of non-TTFL models of circadian rhythms (e.g., redox cycles, post-translational modifications).

(b) Reassessing Orco expression using a higher-resolution temporal sampling ({greater than or equal to}6 timepoints per 24 h).

(c) Clarifying or revising the PTFL model to explicitly address how feedback would be achieved. Alternatively, the data may be more consistent with Orco conductance rhythms being regulated by post-translational mechanisms downstream of the canonical TTFL oscillator, as suggested by the Drosophila olfactory system literature.

Minor weaknesses:

(1) The authors should compare the firing patterns of ORN neurons to the bursts, clusters, and packets of retinal efferent spikes reported in Liu JS and Passaglia CL (2011; JBR). By comparing measures in moths to measures in Limulus, the authors might be able to address the question: Is the daily firing pattern of ORN neurons likely a conserved feature of circadian control of sensory sensitivity?

(2) The methods need further details. For example, it is unclear if or how single neuron activity was discriminated and whether the results were compromised by the relatively large environmental fluctuations in temperature (21-27oC), humidity (35-60%), or other cues known to modulate spontaneous firing.

Author response:

Joint Public Review

This manuscript puts forward the provocative idea that a posttranslational feedback loop regulates daily and ultradian rhythms in neuronal excitability. The authors used in vivo long-term tip recordings of the long trichoid sensilla of male hawkmoths to analyze spontaneous spiking activity indicative of the ORNs' endogenous membrane potential oscillations. This firing pattern was disrupted by pharmacological blockade of the Orco receptor. They then use these recordings together with computational modeling to predict that Orco receptor neuron (ORN) activity is required for circadian, not ultradian, firing patterns. Orco did not show a circadian expression pattern in a qPCR experiment, and its conductance was proposed to be regulated by cyclic nucleotide levels. This evidence led the authors to conclude that a post-translational feedback loop (PTFL) clockwork, associated with the ORN plasma membrane, allows for temporal control of pheromone detection via the generation of multi-scale endogenous membrane potential oscillations. The findings will interest researchers in neurophysiology, circadian rhythms, and sensory biology. However, the manuscript has limited experimental evidence to support its central hypothesis and is undermined by several questionable assumptions that underlie their data analysis and model builds, as well as insufficient biological data, including critical controls to validate and/or fully justify the model the authors are proposing.

We thank the reviewers for their thorough and thoughtful comments and believe that the manuscript will be much stronger once we incorporate the requested changes.

Please note that we used ORN as acronym for “olfactory receptor neuron” throughout the manuscript. ORNs contain odorant receptors (ORs), and in insects these ORs have to associate with the olfactory receptor co-receptor (Orco) in the cilium of the neuron to form functional OR-Orco complexes for odorant detection. Besides this chaperone function, Orco can form homomers with the potential to act as ionic pacemaker channels; a role which we explore in this study.

Strengths:

The study is notable for its combination of long-term in vivo tip recordings with computational modeling, which is technically challenging and adds weight to the authors' claims. The link between Orco, cyclic nucleotides, and circadian regulation is potentially important for sensory neuroscience, and the modeling framework itself - a stochastic Hodgkin-Huxley formulation that explicitly incorporates channel noise - is a solid and forward-looking contribution. Together, these elements make the study conceptually bold and of clear interest to circadian and olfactory biologists.

Major weaknesses:

At the same time, several limitations temper the conclusions. The pharmacological evidence relies on a single antagonist and concentration, without key controls. The circadian analysis is based on relatively small numbers of neurons, with rhythms detected only in subsets, and the alignment procedure used in constant darkness raises concerns of bias. The molecular evidence is sparse, with only three qPCR timepoints, and the model, while creative, rests on assumptions that are not yet fully supported by in vivo data.

Please see our responses to the detailed comments.

Detailed comments are provided below:

(1) The role for Orco proposed in the authors' model largely stems from the effects seen following the administration of (a single dose) of the Orco antagonist, OLC15. However, this hypothesis is undercut by the lack of adequate pharmacological controls, including a basic multipoint OLC15 dose-response series in addition to the administration of blockers for the other channels that are embedded in their model, but which were ruled out as being involved in the modulation of biological rhythms. In addition, these studies would (ideally) also benefit from the inclusion of the same concentration (series) of an inactive OLC15 analog to better control for off-target effects.

The Orco agonist VUAA1 (Jones et al., 2011) binds directly to Orco and increases the channel open time probability. In M. sexta hawkmoths, we have already published that VUAA 1 increases the low spontaneous activity of ORNs in a dose-dependent fashion (Nolte et al., 2016). Chen and Luetje (2012) systematically varied the chemical structure of VUAA1 to identify new Orco ligands and discovered 22 Orco Ligand Candidates (OLC) that either activated or inhibited Orco. In their heterologous expression system, Orco was most sensitive to inhibition by OLC15. Based on these results, we published a dose-response curve of OLC15 inhibition (1-100 µM) using in vivo tip recordings of pheromone-sensitive long trichoid sensilla of M. sexta (Nolte et al., 2016). In that study, we could also demonstrate that OLC15 antagonizes the VUAA1 activation of Orco.

Furthermore, we tested other published Orco antagonists in in vivo assays in intact hawkmoths, focusing on amiloride-derived antagonists, because we previously identified an amiloride-sensitive cation channel in hawkmoth ORNs. We found that, in contrast to OLC15, the amilorides HMA and MIA were not Orco-specific but instead affected different targets depending on time-of-day (Nolte et al., 2016). Based on those experiments and the dose-response curves we determined that the Orco agonist VUAA1 (Jones et al., 2011) and the Orco antagonist OLC15 (Chen and Luetje, 2012) worked best in hawkmoth ORNs to target Orco pharmacologically. Based on comparative tests with other published Orco antagonists we settled since then in all further experiments on a dose of 50 µM OLC15.

We will clarify the Methods section accordingly.

(2) The expression pattern of Orco was assessed using qPCR at only three timepoints. Rhythmic transcripts can easily be missed with such sparse sampling (Hughes et al., 2017). A minimum of six evenly spaced timepoints across a 24-hour cycle would be required to confidently rule out circadian transcriptional regulation. In addition, the use of the timeless mRNA control from another study is not acceptable. Furthermore, qPCR analysis measures transcript abundance, not transcription, as the authors repeatedly state. Transcriptional studies would require nuclear run-off or, more recently, can be done with snRNAseq analysis. Taken together, these concerns undermine the authors' desire to rule out TTFL-based control that directly led them to implicate a PTTF-based model.

We agree with the referees that more time points and a direct comparison between timeless and Orco mRNA levels should be included in this manuscript. We will include these additional qPCR experiments and edit the manuscript to make clear that we measure transcript abundance, but we will not perform snRNAseq analysis due to time- and financial constraints. We are currently working on the transcriptional control of Orco, both during ontogeny and throughout the day but this work in progress is beyond the scope of this manuscript.

(3) The modelling presented is based on Orco as a ZT-dependent conductance tied to the cAMP oscillations that were reported by this group in the cockroach and from the presence and functionality in Manduca of homomeric Orco complexes that are devoid of tuning ORs. While these complexes have been generated in cell culture and other heterologous expression systems, as well as presumably exist in vivo in the Drosophila empty neuron and other tuning OR mutants, there is no evidence that these complexes exist in wild-type Manduca ORNs. While this doesn't necessarily undermine every aspect of their models, the authors should note the presence of Orco/OR complexes rather than Orco homomeric complexes.

Our ELISAs found circadian oscillations in cAMP levels not only in antennae of the Madeira cockroach (Schendzielorz et al., 2014, 2012), but also in hawkmoth antennae (Schendzielorz et al., 2015). We will add the 2015 citation to the Modeling chapter in the Methods section to clarify this.

We agree with the referees that we cannot distinguish between Orco homo- and heteromers in the different compartments of our hawkmoth ORNs. Thus, as the referee suggests, we will add text regarding the presence and localization of OR-Orco heteromers. However, we have indications that Orco homomers could indeed be present in the hawkmoth ORNs. In a heterologous expression system, MsexOrco expression alone was sufficient to increase intracellular Ca²⁺ levels in response to VUAA1 application (Nolte et al., 2013). In differentiating primary cell cultures of hawkmoth antennae, Orco expression started during a developmental time window where ORNs did not yet express pheromone receptors, and Orco affected spontaneous activity (Nolte et al., 2016). Thus, Orco homomers are present in developing hawkmoth ORNs during a time window where ORNs already express spontaneous activity but cannot heteromerize with pheromone receptors. However, we do not know whether and in what ratio homo- and heteromers of Orco and ORs are present in the respective sensillum compartments of adult hawkmoths (Nolte et al., 2013; Stengl, 1994; Stengl and Hildebrand, 1990).

We will clarify our manuscript accordingly.

(4) Some aspects of the authors' models, most notably the decision to phase align/optimize their DD and OLC15 recordings, are likely to bias their interpretations.

It is consensus that insects display daily and circadian rhythms in pheromone-dependent mating, odor-gated feeding, and egg-laying behavior that phase-locks to environmental rhythms, corresponding with daily/circadian rhythms of sensory neuron physiology (e.g., Merlin et al., 2007; Rymer et al., 2007; Schendzielorz et al., 2015, 2012). However, circadian rhythms can be easily masked by stress, like the disturbances during a very challenging long-term recording experiment over several days. In addition, we observed in our animal raising facility that in LD 17:7 light-dark cycles the originally nocturnal hawkmoths M. sexta distribute their activity patterns over the course of the day, finding nocturnal as well as diurnal hawkmoths. Thus, light-dark cycles were not enough to ensure phase-synchronized behavioral rhythms, and it is very likely that the nocturnal hawkmoths rely heavily on pheromone/odor dependent synchronization as also found in other moth species (Ghosh et al., 2024). Here, we used isolated males that were never exposed to the female pheromones so that their circadian activity patterns readily disperse. Therefore, it became necessary in free-running conditions to first determine the respective behavioral rhythm for each animal, and then to phase-align their activity patterns to allow for statistical analysis. Otherwise, circadian differences would average out in a free-running population. As requested by the referees in point (7), we will use additional tests for rhythmicity in each of our recordings and revise the manuscript accordingly.

Assuming that hawkmoths need pheromone presence as additional Zeitgeber, we are currently working on a new set of experiments where we attempt to improve synchronization by exposure to LD cycles and pheromone before DD and OLC15 recordings. We will add these experiments to the manuscript.

(5) The tip recordings from long trichoid sensilla are critical aspects of this study. These recordings were carried out on upper sensillar tips located on the distal-most second annulus. Since there are approximately 80 annuli on the Manduca antennae, it is unclear whether the recordings are representative of the antennal response.

We think the reviewers might have misinterpreted our description of the recording site. In the Methods, we state that we clip off the 20 most distal annuli (leaving a stump of about 60 annuli) and insert the reference electrode into the flagellum up to the second annulus from the cut end, i.e., the recording site is located at 2/3 – 3/4 of the antenna length as seen from the head of the animal. We will make this more clear in the Methods section.

In addition, our lab did show with antibody stainings against Orco that apparently all ORNs that innervate long and short trichoid sensilla along the whole flagellum express the same staining pattern (Nolte et al., 2016). Furthermore, our patch clamp recordings of primary cell cultures of whole male antennae found largely overlapping ion channel populations across ORNs. This would indicate that all ORNs, whether they express pheromone- or general odorant receptors, could potentially share the same Orco-dependent spontaneous activity rhythms. In our lab, different experimenters from different years that recorded from long trichoid sensilla on different annuli did not detect obvious differences in neither the spontaneous activity nor the pheromone responses (c.f., Dolzer et al., 2003; Gawalek and Stengl, 2018; Schneider et al., 2025). Thus, it is very likely that we are reporting a general encoding mechanism that is not locally restricted along the antennal flagellum.

(5.1) The authors do not provide any data in support of their cAMP/cGMP-based Orco gating…

There are publications supporting cyclic nucleotide gating of Orco in Drosophila, but only after previous phosphorylation via protein kinase C (PKC; review: (Wicher and Miazzi, 2021)). Since Orco is very conserved among insect species, it is likely that these PKC and cGMP/cAMP-dependent regulations are present in other insect species. We are currently running thorough tip-recording experiments on the regulation of Orco gating, which are beyond the scope of this manuscript. However, we will add a set of experiments to this manuscript that demonstrates cAMP gating of Orco.

(5.2)… and the PTTF model proposed is somewhat disappointing.

For a detailed introduction of our PTFL membrane clock hypothesis please see our opinion paper (Stengl and Schneider, 2024).

(5.3) The model seems to be influenced by their long-held proposal that insect olfactory signaling has a critical metabotropic component involving cyclic nucleotides, PKC, etc, a view that may be influenced by the use of Orco homomeric complexes generated in HEK cells.

Indeed, we propose a metabotropic pheromone-transduction cascade, which in moths and cockroaches is based on G-protein-mediated activation of phospholipase C but not on adenylyl cyclase activation. Our hypothesis is not influenced by HEK cell heterologous expression studies of Orco but is supported by our own work comparing in vivo tip recordings of intact hawkmoths with patch clamp experiments on hawkmoth primary cell cultures of olfactory receptor neurons, which are able to respond to their species-specific pheromones in vitro ((Schneider et al., 2025; Stengl, 2010; Stengl and Funk, 2013; Wicher and Miazzi, 2021). In addition, a multitude of publications by other laboratories with in vivo and in vitro studies using physiological, genetic, and immunocytochemical assays all support a metabotropic signal transduction cascade in insect olfaction (reviews: Stengl, 2010; Stengl and Funk, 2013; Wicher and Miazzi, 2021). In contrast, the hypothesis suggesting a solely ionotropic pheromone- and general odor-dependent transduction cascade for all insect species is based on very sparse experimental evidence, based primarily on heterologous expression studies such as HEK cells that lack the insect’s WT molecular surroundings, and thus, cannot predict OR-Orco function in vivo. Furthermore, the ionotropic hypothesis is heavily based upon the argument that an inverse 7TM receptor cannot couple to G-proteins, which lacks careful backup via biochemical and structural studies. In addition, the ionotropic hypothesis lacks support via carefully performed physiological in vivo studies in different insect species that paid attention to analysis of the distinct kinetic components of ORN´s odor/pheromone responses and that employ physiological concentrations and durations of odor/pheromone stimuli (please see our most recent publication by Schneider et al. (2025)).

(5.4) Nevertheless, structural studies on Orco do not support a cyclic nucleotide binding site, although PKC-based phosphorylation has been implicated in the fine-tuning/adaptation of olfactory signaling.

While structural studies did not find evidence for conserved known cyclic nucleotide binding sites on Orco, this does not exclude the presence of so far unknown binding sites, or via sites that fold out only after a specific sequence of previous phosphorylations of the many phosphorylation sites on Orco. Indeed, physiological studies in Drosophila presented evidence for cyclic nucleotide dependence of Orco after previous PKC-dependent phosphorylation (Getahun et al., 2013). Our ongoing in vivo experiments in hawkmoths further corroborate a PKC- and cAMP-dependent modulation of Orco. These studies will be published in a follow-up publication.

(6) Because only 5/11 LD and 7/10 DD animals showed daily rhythms, with averages lacking clear daily modulation, the methods are not sufficiently reliable enough to reveal novel underlying mechanisms of circadian rhythm generation. The reported results are therefore not yet reliable or quantifiable. To quantify their results, the authors should apply tests for circadian rhythmicity using methods such as RAIN, JTK CYCLE, MetaCycle, or Echo. The use of FFT and Wavelet is applauded, but these methods do not have tests of significance for rhythms and can be biased when analyzing data in which there could only be 1-3 circadian cycles. Because the conclusions appear to be based on 11-12 neurons that were recorded for 2-4 days, the reader is concerned that the methods are not yet perfected to provide strong evidence for circadian regulation of spontaneous firing of ORNs. The average data (e.g., Figure 3Bii and 3Cii) highlight the apparent lack of daily rhythms. In summary, the results would be more compelling if more than 50% of the recordings had significant circadian amplitudes and with similar periods and phases.

The long-term tip-recordings of intact hawkmoths are very challenging and take a very long time to accomplish, thus, we are very happy that we succeeded in obtaining so many of them (N=34). Since 5/11 LD recordings and 7/10 DD recordings revealed daily/circadian rhythmicity and since many other physiological recordings at different ZTs of different members of our laboratory all revealed ZT-dependent pheromone-transduction we can be certain that the physiology of hawkmoth antennae is under strict circadian control. Please see also our response to (4) above commenting the phase-dispersal of activity rhythms observed in our experiments, as well as in the behavior of hawkmoth males in the mating cage.

Nevertheless, we will follow the advice of the referees to apply additional tests for significance of rhythms in spontaneous activity, and we are thankful for the tests suggested that we were not aware of.

(7) The statement that circadian patterns of ORN firing are lost with the Orco antagonist (OLC15) is not strongly supported. The manuscript should be revised to quantify how Orco changed circadian amplitude in the 12 recorded neurons. Measures of circadian amplitude can avoid confusing/vague statements like Line 394 “low and high frequency bands appeared to merge during the activity phase around ZT 0 in the animals that showed clear circadian rhythms (N = 5 of 11 in LD)”. The conclusion that Orco blocks circadian firing appears to be contradicted by Figure 6, which indicates that ~6 of these neurons had circadian periods detected by wavelet. The manuscript would be strengthened with details about the specificity and reproducibility of the Orco antagonist. The authors quantify the gradual decrease in firing with the slope of a linear fit to estimate how the “effectiveness [of OLC15] increased over time.” They conclude that the drug “obliterated circadian rhythms and attenuated the spontaneous activity in several, but not all experiments (N = 8 of 12).” The report would be greatly strengthened with corroborating data from additional Orco antagonists and additional doses of OLC15 (the authors use only 50 uM OLC15).

We will revise our data analysis, according to the valuable suggestions of the referees.

However, based upon our previous studies with other Orco antagonists and different doses of OLC15 (Nolte et al., 2016) we found that 50 µM OLC15 is the best Orco antagonist dose in M. sexta to target Orco-dependent modulation of spontaneous action potential activity of hawkmoth olfactory receptor neurons. Please see also our response to (1).

(8) The manuscript includes several statements that are more speculation than conclusion. For example, there is no evidence for tuning or plasticity in this report. Statements like the following should be removed or addressed with experiments that show changes in odor response specificity or sensitivity: "ORN signalosomes are highly plastic endogenous PTFL clocks comprising receptors for circadian and ultradian Zeitgebers that allow to tune into internal physiological and external environmental rhythms as basis for active sensing." (Discussion Line 622). The paper concludes that (line 380) "mean frequency of spontaneous spiking and the frequency of bursting expressed daily modulation, and are both most likely controlled via a circadian clock that targets the leak channel Orco." This is too bold given the available results.

We will revise the discussion accordingly and clarify which statements are supported via published evidence and which are predictions based upon our novel hypothesis published in our opinion paper (Stengl and Schneider, 2024).

(9.1) Because Orco conductance is modulated by cyclic nucleotides, it remains highly plausible that circadian regulation occurs upstream at the level of signaling pathways (e.g., calcium, calcium-binding proteins, GPCRs, cyclases, phosphodiesterases).

We agree with the referees that it is very likely that there are multiple layers of interconnected feedback cycles that control Orco localization and activity. Our novel hypothesis suggests interlocked TTFL and PTFL control of physiological circadian rhythms, not strictly hierarchical TTFL control, which would require a daily turnover of membrane proteins and transcriptional control via the established TTFL clock in insect ORNs. We currently search for TTFL control at all levels of odor/pheromone transduction using ZT-dependent transcriptomics in combination with qPCR and single nuclear transcriptomics, involving also all the molecules suggested by the referees. These studies are ongoing, are very time- and money-consuming, and are beyond the scope of this manuscript.

(9.2) The possibility that circadian oscillations of cyclic nucleotides are generated by the canonical TTFL mechanism has not been excluded. In fact, extensive work in Drosophila has demonstrated that the TTFL-based molecular clock proteins are required for circadian rhythms in olfaction.

Our experiments that test circadian TTFL control at different levels of the cAMP transduction cascade in hawkmoth antennae are on the way and are part of another publication. We will revise our discussion accordingly.

The experiments published for TTFL dependent control of Drosophila olfaction that we are aware of (Krishnan et al., 1999; Tanoue et al., 2004) do not exclude interlinked PTFL and TTFL clocks. Krishnan et al. (1999) demonstrate that the TTFL clock in antennal olfactory receptor neurons correlates with circadian rhythms in odor responses measured in electroantennogram (EAG) recordings, not in single sensillum recordings as in our experiments. EAG recordings comprise not only voltage responses of the olfactory sensory neurons but also voltage changes generated in non-neuronal antennal cells such as trichogen and tormogen cells that built the transepithelial potential gradient via vATPases that generates the high K⁺ concentration in the sensillum lymph (Jain et al., 2024; Klein, 1992; Thurm and Küppers, 1980). In addition, EAG recordings most likely contain responses of afferent neurons originating from somata in the brain that maintain central control of the antennae. Thus, EAG recordings are difficult to interpret.

(11) A defining feature of circadian oscillators is the feedback mechanism that generates a time delay (e.g., PERIOD/TIMELESS repressing their own transcription). While the authors describe how cyclic nucleotides can regulate Orco conductance, they do not provide a convincing explanation of how Orco activity could, in turn, feed back into the proposed PTFL to sustain oscillations. For these reasons, the authors should consider:

a) Providing a broader discussion of non-TTFL models of circadian rhythms (e.g., redox cycles, post-translational modifications).

We will revise the discussion accordingly.

b) Reassessing Orco expression using a higher-resolution temporal sampling ({greater than or equal to}6 timepoints per 24 h).

We will add those experiments to the revised version of the manuscript (see our response to (2)).

c) Clarifying or revising the PTFL model to explicitly address how feedback would be achieved. Alternatively, the data may be more consistent with Orco conductance rhythms being regulated by post-translational mechanisms downstream of the canonical TTFL oscillator, as suggested by the Drosophila olfactory system literature.

We will revise the manuscript accordingly.

Minor weaknesses:

(1) The authors should compare the firing patterns of ORN neurons to the bursts, clusters, and packets of retinal efferent spikes reported in Liu JS and Passaglia CL (2011; JBR). By comparing measures in moths to measures in Limulus, the authors might be able to address the question: Is the daily firing pattern of ORN neurons likely a conserved feature of circadian control of sensory sensitivity?

We will revise the discussion accordingly.

(2) The methods need further details. For example, it is unclear if or how single neuron activity was discriminated and whether the results were compromised by the relatively large environmental fluctuations in temperature (21-27oC), humidity (35-60%), or other cues known to modulate spontaneous firing.

We will clarify the Methods section.

References

Chen S, Luetje CW. 2012. Identification of New Agonists and Antagonists of the Insect Odorant Receptor Co-Receptor Subunit. PLOS ONE 7:e36784. doi:10.1371/journal.pone.0036784

Dolzer J, Fischer K, Stengl M. 2003. Adaptation in pheromone-sensitive trichoid sensilla of the hawkmoth Manduca sexta. J Exp Biol 206:1575–1588. doi:10.1242/jeb.00302

Gawalek P, Stengl M. 2018. The Diacylglycerol Analogs OAG and DOG Differentially Affect Primary Events of Pheromone Transduction in the Hawkmoth Manduca sexta in a Zeitgebertime-Dependent Manner Apparently Targeting TRP Channels. Front Cell Neurosci 12:218. doi:10.3389/fncel.2018.00218

Getahun MN, Olsson SB, Lavista-Llanos S, Hansson BS, Wicher D. 2013. Insect Odorant Response Sensitivity Is Tuned by Metabotropically Autoregulated Olfactory Receptors. PLOS ONE 8:e58889. doi:10.1371/journal.pone.0058889

Ghosh S, Suray C, Bozzolan F, Palazzo A, Monsempès C, Lecouvreur F, Chatterjee A. 2024. Pheromone-mediated command from the female to male clock induces and synchronizes circadian rhythms of the moth Spodoptera littoralis. Curr Biol 34:1414-1425.e5. doi:10.1016/j.cub.2024.02.042

Jain K, Prelic S, Hansson BS, Wicher D. 2024. Expression of Drosophila melanogaster V-ATPases in Olfactory Sensillum Support Cells. Insects 15:1016. doi:10.3390/insects15121016

Jones PL, Pask GM, Rinker DC, Zwiebel LJ. 2011. Functional agonism of insect odorant receptor ion channels. Proc Natl Acad Sci 108:8821–8825. doi:10.1073/pnas.1102425108

Klein U. 1992. The insect V-ATPase, a plasma membrane proton pump energizing secondary active transport: immunological evidence for the occurrence of a V-ATPase in insect ion-transporting epithelia. J Exp Biol 172:345–354. doi:10.1242/jeb.172.1.345

Krishnan B, Dryer SE, Hardin PE. 1999. Circadian rhythms in olfactory responses of Drosophila melanogaster. Nature 400:375–378. doi:10.1038/22566

Merlin C, Lucas P, Rochat D, François M-C, Maïbèche-Coisne M, Jacquin-Joly E. 2007. An Antennal Circadian Clock and Circadian Rhythms in Peripheral Pheromone Reception in the Moth Spodoptera littoralis. J Biol Rhythms 22:502–514. doi:10.1177/0748730407307737

Nolte A, Funk NW, Mukunda L, Gawalek P, Werckenthin A, Hansson BS, Wicher D, Stengl M. 2013. In situ Tip-Recordings Found No Evidence for an Orco-Based Ionotropic Mechanism of Pheromone-Transduction in Manduca sexta. PLOS ONE 8:e62648. doi:10.1371/journal.pone.0062648

Nolte A, Gawalek P, Koerte S, Wei H, Schumann R, Werckenthin A, Krieger J, Stengl M. 2016. No Evidence for Ionotropic Pheromone Transduction in the Hawkmoth Manduca sexta. PLOS ONE 11:e0166060. doi:10.1371/journal.pone.0166060

Rymer J, Bauernfeind AL, Brown S, Page TL. 2007. Circadian rhythms in the mating behavior of the cockroach, Leucophaea maderae. J Biol Rhythms 22:43–57. doi:10.1177/0748730406295462

Schendzielorz J, Schendzielorz T, Arendt A, Stengl M. 2014. Bimodal Oscillations of Cyclic Nucleotide Concentrations in the Circadian System of the Madeira Cockroach Rhyparobia maderae. J Biol Rhythms 29:318–331. doi:10.1177/0748730414546133

Schendzielorz T, Peters W, Boekhoff I, Stengl M. 2012. Time of Day Changes in Cyclic Nucleotides Are Modified via Octopamine and Pheromone in Antennae of the Madeira Cockroach. J Biol Rhythms 27:388–397. doi:10.1177/0748730412456265

Schendzielorz T, Schirmer K, Stolte P, Stengl M. 2015. Octopamine Regulates Antennal Sensory Neurons via Daytime-Dependent Changes in cAMP and IP3 Levels in the Hawkmoth Manduca sexta. PLOS ONE 10:e0121230. doi:10.1371/journal.pone.0121230

Schneider AC, Schröder K, Chang Y, Nolte A, Gawalek P, Stengl M. 2025. Hawkmoth Pheromone Transduction Involves G-Protein–Dependent Phospholipase Cβ Signaling. eNeuro 12:ENEURO.0376-24.2024. doi:10.1523/ENEURO.0376-24.2024

Stengl M. 2010. Pheromone Transduction in Moths. Front Cell Neurosci 4:133. doi:10.3389/fncel.2010.00133

Stengl M. 1994. Inositol-trisphosphate-dependent calcium currents precede cation currents in insect olfactory receptor neurons in vitro. J Comp Physiol A 174:187–194. doi:10.1007/BF00193785

Stengl M, Funk NW. 2013. The role of the coreceptor Orco in insect olfactory transduction. J Comp Physiol A 199:897–909. doi:10.1007/s00359-013-0837-3

Stengl M, Hildebrand JG. 1990. Insect olfactory neurons in vitro: morphological and immunocytochemical characterization of male-specific antennal receptor cells from developing antennae of male Manduca sexta. J Neurosci 10:837–847. doi:10.1523/JNEUROSCI.10-03-00837.1990

Stengl M, Schneider AC. 2024. Contribution of membrane-associated oscillators to biological timing at different timescales. Front Physiol 14:1243455. doi:10.3389/fphys.2023.1243455

Tanoue S, Krishnan P, Krishnan B, Dryer SE, Hardin PE. 2004. Circadian Clocks in Antennal Neurons Are Necessary and Sufficient for Olfaction Rhythms in Drosophila. Curr Biol 14:638–649. doi:10.1016/j.cub.2004.04.009

Thurm U, Küppers J. 1980. Epithelial physiology of insect sensilla In: Locke M, Smith DS, editors. Insect Biology in the Future. Academic Press. pp. 735–763. doi:10.1016/B978-0-12-454340-9.50039-2

Wicher D, Miazzi F. 2021. Functional properties of insect olfactory receptors: ionotropic receptors and odorant receptors. Cell Tissue Res 383:7–19. doi:10.1007/s00441-020-03363-x

Synthèse de l'Audition sur l'État de la Santé Mentale en France

Résuméf

L'audition à la commission d'enquête de l'Assemblée nationale a mis en lumière un consensus alarmant sur l'état désastreux de la psychiatrie en France, particulièrement en pédopsychiatrie, qualifiée de "désastre absolu".

Les experts, un pédopsychiatre-épidémiologiste et un psychanalyste-chercheur, s'accordent sur plusieurs points critiques : une dégradation continue du bien-être psychique de la population depuis 20 ans, une inversion préoccupante de la tendance à la baisse des suicides chez les jeunes depuis 2017, et une offre de soins totalement inadaptée face à une demande croissante, créant un "effet ciseau" dévastateur.

Les défaillances du système sont jugées systémiques et profondes, impliquant une responsabilité partagée entre les psychiatres (pour leurs certitudes passées), les administrations ("il nous flingue"), les directeurs d'hôpitaux (gestion par "tableau Excel") et des politiques publiques inadaptées.

La critique vise particulièrement le "New Public Management", qui applique des logiques de rentabilité au soin, et l'hégémonie d'une approche "scientiste" de l'Evidence-Based Medicine, jugée inefficace et inconsistante dans le champ de la santé mentale de l'enfant.

Des dispositifs comme "Mon Soutien Psy" sont cités comme des exemples de "leviers qu'il ne fallait pas activer".

Face à ce constat, les experts appellent à une réorientation radicale. Les leviers d'action prioritaires incluent la prévention, notamment la lutte contre la maltraitance infantile qui explique 50% des troubles futurs, et le renforcement des dispositifs institutionnels existants (CMP, CMPP, hôpitaux) plutôt que la création de nouvelles structures complexes.

La formation de thérapeutes qualifiés et la revalorisation des pratiques cliniques pluridisciplinaires sont essentielles.

Enfin, bien que le coût de l'inaction se chiffre en milliards d'euros, les experts soulignent que la solution n'est pas uniquement budgétaire mais réside dans une meilleure organisation des ressources existantes et dans des choix politiques courageux qui replacent la relation humaine et la complexité clinique au cœur du système de soin.

1. État des Lieux : Un Constat Alarmant

Les deux intervenants dressent un tableau extrêmement sombre de la situation psychiatrique en France, soulignant la nécessité de distinguer le "vécu anxio-dépressif" des pathologies cliniques et de se méfier des chiffres de prévalence bruts qui, pour des troubles dimensionnels comme la dépression, "ne veulent rien dire".

1.1. Tendances Épidémiologiques Inquiétantes

Le professeur Falissard, épidémiologiste, identifie une "quadruple interaction entre le temps, l'âge, le genre et la pathologie".

• Suicide et tentatives de suicide : Si la tendance globale sur 30 ans est à l'amélioration, une rupture nette est observée depuis 2017 chez les jeunes.

• ◦ L'amélioration s'est stoppée pour les suicides chez les jeunes.  
• ◦ Les suicides augmentent légèrement chez les jeunes filles.  
• ◦ Les tentatives de suicide montent de "façon spectaculaire" chez les jeunes filles depuis 2017.

• Vécu anxio-dépressif : Le ressenti subclinique mesuré par Santé publique France se dégrade "de façon homogène" depuis 20 ans, touchant toutes les tranches d'âge et tous les genres.

• Pédopsychiatrie : La situation est décrite comme un "désastre absolu". Certains départements n'ont plus de pédopsychiatres, rendant la permanence des soins impossible.

1.2. L'Effet Ciseau : Une Offre de Soins Débordée

M. Tonou met en évidence l'écart croissant entre l'augmentation de la demande et le déficit de l'offre de soins, créant un "effet ciseau" aux conséquences désastreuses.

• Délais d'attente : Les délais pour une consultation spécialisée sont "insupportables", allant de 6 à 18 mois.

À l'échelle d'un enfant de 3 à 6 ans, cela équivaut à un délai de 5 à 10 ans pour un adulte.

• Conséquences cliniques :

◦ Augmentation des hospitalisations en urgence.    ◦ Augmentation des passages à l'acte suicidaire.     ◦ Consommation accrue de psychotropes en pédiatrie, souvent hors autorisation de mise sur le marché (AMM).     ◦ Substitution des psychothérapies recommandées par le seul médicament, faute de moyens.

Selon les estimations, 13% de la population française serait concernée par un trouble mental, soit 1,5 million d'enfants et 9 millions de personnes au total.

2. Défaillances Systémiques et Critiques de la Gouvernance

Les experts s'accordent sur le fait que la crise actuelle est le résultat d'une série de défaillances à tous les niveaux du système. La responsabilité est "partagée" et les erreurs stratégiques des pouvoirs publics sont pointées du doigt.

2.1. Une Responsabilité Partagée

Le professeur Falissard insiste : "tout le monde est responsable du fait qu'aujourd'hui c'est une catastrophe".

Acteur

Critique

Les psychiatres

Ont eu le tort au 20e siècle de croire détenir une vérité unique (la psychanalyse), ce qui a nui aux patients, notamment dans l'autisme. Ce n'est plus le cas pour 90% des praticiens aujourd'hui.

L'Administration et la Tutelle

"Il ne nous aide pas, il nous flingue". Des réglementations absurdes (ex: conventions pour les orthophonistes en CMP) bloquent concrètement la prise en charge des enfants.

Le Délégué Interministériel (TND)

Est qualifié d'"antipsychiatre", accusé d'empêcher la construction de soins avec une "lubie scientiste" et une recherche de solutions simplistes à des problèmes complexes.

Les Directeurs d'Hôpitaux

Privilégient une gestion comptable ("Le tableau Excel il est bien rempli") au détriment de la qualité des soins, menant à des catastrophes (ex: aide-soignant d'orthopédie remplaçant une infirmière psy, conduisant à des abus sexuels).

Les Parents

Sont souvent "partie du problème", plaçant les soignants dans une situation complexe entre le devoir de protection de l'enfant et l'impératif d'inclure les parents dans le soin.

2.2. Erreurs Stratégiques de Gouvernance

M. Tonou identifie deux phénomènes majeurs qui ont sapé les fondements du soin psychique :

1. Le New Public Management : La gestion des structures publiques comme des entreprises, substituant "la rentabilité et le profit au principe fondateur des missions de services publics".

2. L'Evidence-Based Medicine (EBM) : Son déploiement pour évaluer la psychiatrie s'est révélé "tout à fait inconsistant dans le domaine de la santé mentale de l'enfant", avec "aucune avancée en terme de diagnostic, aucune avancée en terme de traitement".

Plusieurs initiatives sont citées comme des "archétypes de ce qu'il ne faudrait pas faire" :

• Le dispositif Mon Soutien Psy.

• La stratégie TND 2023-2027.

• Le cas des centres experts et de la Fondation FondaMental, critiqués pour leur approche qui dissocie le diagnostic du soin, leur absence de résultats concrets (zéro marqueur biologique trouvé) et les biais scientifiques de leurs études d'efficacité.

3. Prévention et Pistes d'Amélioration

Plutôt que de chercher des solutions simplistes, les experts appellent à revenir aux fondamentaux du soin, de la prévention et à mieux organiser les ressources existantes.

3.1. La Prévention comme Levier Principal

• Lutte contre la maltraitance : La prévention primaire, c'est "éviter les abus sur les enfants".

Cela "explique 50 % de la variance des problèmes psychiatriques des adolescents et des adultes après".

L'Aide Sociale à l'Enfance (ASE), qui devrait être le bras armé de cette prévention, est elle-même "un désastre absolu".

• Facteurs de risque sociaux : La lutte contre la pauvreté, la précarité et l'exclusion est une politique de prévention en santé mentale.

"Lorsque je propose une aide sociale à une famille en difficulté [...] je préviens aussi un risque de santé mentale".

• Milieu scolaire : Réduire le nombre d'élèves par classe (le seuil de 17 élèves est cité comme optimal pour l'apprentissage de la lecture) est un levier puissant pour la santé mentale des enfants.

3.2. Renforcer l'Existant et Former les Acteurs

La priorité n'est pas de créer de nouveaux dispositifs, mais de soutenir les institutions et les pratiques qui ont fait leurs preuves.

• Soutenir les institutions : "S'il y avait qu'une chose à retenir, c'est celle-là".

Il faut "rouvrir des places, des lits à l'hôpital, dans les services spécialisés, les CMP, les CMPP". Il faut cesser de "déshabiller le CMP" pour "abonder les centres experts".

• Repenser la formation :

◦ La question centrale n'est pas "quelle est la bonne thérapie ?" mais "qui est un bon thérapeute ?".

L'effet du clinicien est largement supérieur à l'effet spécifique de la thérapie.    *   ◦ Il n'existe pas de formation universitaire pour les psychothérapies en France.    *  ◦ Il faut recréer des formations intermédiaires pour les infirmiers, sur le modèle d'une spécialisation locale d'un an ("infirmiers plus un"), car le modèle des Infirmières en Pratique Avancée (IPA) est trop lourd et coûteux.

• Valoriser la diversité des approches : La spécificité française réside dans une grande diversité de pratiques (psychanalyse, thérapies familiales, psychothérapie institutionnelle) qui "font leur preuve dans la clinique". Toute tentative de réduire cette diversité "va se payer par du moins de soins".

4. Enjeux Économiques et Budgétaires

Le débat sur les moyens financiers révèle une tension entre la nécessité de prouver l'efficacité économique des investissements et la conviction que le soin aux plus vulnérables relève d'un "pacte démocratique" non quantifiable.

4.1. Le Coût de l'Inaction

M. Tonou propose une méthode pour chiffrer le "coût de l'inaction", qui se calculerait en milliards d'euros.

• Exemple de calcul : Pour un coût moyen estimé de 10 000 € par an et par patient, une meilleure prise en charge permettant de réduire ces coûts de 20% générerait une économie de 3,9 milliards d'euros en population pédiatrique et de 18 milliards d'euros en population générale.

• Finalité : Démontrer que "le coût de l'inaction est beaucoup plus élevé que des politiques volontaires et cohérentes".

4.2. Une Question d'Organisation plus que de Moyens ?

Le professeur Falissard adopte une posture provocatrice : "Ça n'est pas une question de moyen".

• Gains d'efficience : "Nous pourrions faire beaucoup mieux avec la même quantité d'argent". Il pointe l'argent alloué à des dispositifs coûteux et peu efficaces (ex: hospitalisations de semaine pour bilans TDAH) alors que les urgences ne sont pas financées.

• Inefficacité des études médico-économiques : Il affirme que les études prouvant le sous-financement de la psychiatrie "n'ont servi à rien".

• Injustice de l'allocation des ressources : Il dénonce une inégalité fondamentale : "On n'a pas le même argent selon les maladies qu'on a en France".

Des traitements à 2 millions d'euros sont remboursés pour certaines maladies rares, tandis qu'il n'y a "pas 3000 € pour une tentative de suicide chez une adolescente".

La rationalité économique ne s'applique pas à la psychiatrie en France.

La conclusion partagée est que la priorité absolue est de mieux organiser le système, en se basant sur les acteurs de terrain ("pas des gens en costard-cravate") pour redéfinir les priorités et optimiser les dépenses.

Reviewer #2 (Public review):

Summary:

Toxoplasma gondii is an obligate intracellular parasite and the causative agent of Toxoplasmosis. Parasite invasion into host cells, intracellular replication, and then egress, which results in the destruction of the infected cell, is central to pathogenicity. This manuscript focuses on understanding how maternal resources (in this case, cellular organelles) are shared between daughter parasites during cell division. Many organelles are single copy, meaning that division and inheritance by the daughters is crucial for successful replication. The major strength of this study was the use of a Halo-based pulse chase assay to characterize patterns of organelle inheritance. The results show that both microneme and rhoptries (secretory vesicles) previously thought to be synthesized de novo are inherited by daughter parasites. Thus, this paper adds new insight to our understanding of cell division in this important parasite.

Strengths:

This study demonstrated that pulse labeling of proteins can be used to monitor protein synthesis, turnover, and movement. This approach will be of great interest to the field. Using this method, the authors demonstrate three main modes of organelle inheritance.

(1) Organelles, where there are multiple copies (such as secretory vesicles, micronemes, and rhoptries), are divided between the daughter parasites, with additional contribution of newly formed vesicles. New and old material remain as separate entities in the cell.

(2) Single-copy organelles, which are expanded to include newly synthesized material prior to division, such as the Golgi and apicoplast.

(3) Cytoskeletal structures that are synthesized anew during each round of division. These studies provide more refined insight into patterns or organelle inheritance and demonstrate that secretory organelles are not made de novo during each round of division as previously thought. The paper has a logical flow, and overall, the data is presented in a clear and organized fashion.

Weaknesses:

(1) Descriptions of methodology and statistical analysis were incomplete.

(2) There are inconsistencies between the data in Figures 1 and 5. In Figure 1, a small amount of maternal IMC is visible in stage 2 parasites. Although this is a ~90% reduction, these parasites should be quantified as parasites with material IMC. However, the graph in Figure 5C indicates that no material parasites have GAPM1a, given that graph 5C is a binary measure (present vs. absent), one would expect a non-zero percent of parasites to have maternal material.

(3) The conclusion from Figure 6 was not justified based on the data. I agree with the author's conclusion that the accumulation of micronemes and rhoptries in the residual body was time-dependent. In Figure 6A, the signal observed in the residual body at times 6:30, 13, and 14 hours is not observed in subsequent time points. However, the fate of these micronemes and rhoptries is unclear. It cannot be concluded that these vesicles are recycled back to the mother. They could also have been degraded. In fact, the graphs of microneme inheritance in Figure 2B show a decrease in maternal signal from 100% to 80% between stages 1 and 2, indicating that some microneme degradation is taking place.

(4) To convincingly demonstrate that the redistribution of micronemes and rhoptries was due to recovery of MyoF protein levels after auxin washout, a Western blot should be performed to show MyoF protein levels over time. In addition, the decrease in mMIC2 protein levels in the residual body in Figure 8F should be measured and normalized for photobleaching. Both apical and basal signals appear to be reduced over the time course of imaging.

Reviewer #3 (Public review):

Summary:

Knoerzer-Suckow et al. explore the mechanisms of organelle inheritance during endodyogeny in Toxoplasma gondii using an innovative dual-labeling approach to track the distribution of maternal organelles into daughter parasites. They can clearly distinguish between maternal and daughter-derived organelles using their dual-labeling Halo Tag approach. They reveal that different organelles are trafficked to daughter parasites in three broad patterns, which they have binned into groups. Their findings reveal a role for MyoF in the inheritance of micronemes and rhoptries, and notably, they observe that the inner membrane complex (IMC) is not recycled. Instead, the IMC undergoes a pronounced relocalization to the posterior of the maternal cell, where it is likely targeted for degradation.

Strengths:

The data surrounding their MyoF knockdown experiments, IMC degradation, and trafficking of MIC2 after auxin washout are compelling. These data add to the knowledge of how organelle inheritance occurs in T. gondii, increasing the field's understanding of endodyogeny.

Weaknesses:

(1) The evidence provided to support the claim that microneme and rhoptry inheritance specifically traffics through the residual body does not sufficiently substantiate the claim. The temporal resolution of the imaging is inadequate to precisely trace the path of microneme and rhoptry inheritance. From the data shown in the manuscript, it can be concluded that at least some of the micronemes and rhoptries might be recycled through the residual body, but it is unclear whether many or most of these organelles do so.

(2) The absence of specific markers for the residual body brings into question whether microneme inheritance occurs through a discrete residual body or simply via the basal end of the maternal parasite. The authors need a robust way to visualize and define the residual body to claim that micronemes and rhoptries are specifically transported through this structure.

Analyse de la Politique de Santé Mentale et de Psychiatrie en France

Synthèse

Ce document de synthèse analyse l'état actuel et les perspectives d'évolution des politiques publiques de santé mentale et de psychiatrie en France, en se basant sur les auditions de la délégation ministérielle dédiée.

Il en ressort un constat central : après plus de trente ans de négligence, où la santé mentale a été le "parent pauvre des politiques publiques", un tournant majeur a été amorcé en 2018 avec la "Feuille de route santé mentale et psychiatrie".

Cette initiative marque une rupture, symbolisant un engagement politique et financier inédit pour rattraper des décennies de défaillances structurelles.

La crise Covid-19 a agi comme un révélateur, exacerbant les vulnérabilités préexistantes du système de soins (pénurie de soignants, hospitalo-centrisme, manque de prévention) et de la population (dégradation de la santé mentale des jeunes, des femmes et des précaires).

Le système actuel est décrit comme largement "illisible", constitué d'une "multitude de particularismes" et freiné par un modèle de financement "anesthésiant" qui décourage l'innovation.

Face à ces défis, une stratégie de transformation profonde est proposée, articulée autour de plusieurs axes fondamentaux :

1. Une gouvernance refondée et interministérielle : Inspirée du modèle du handicap, elle vise à coordonner l'ensemble des politiques publiques ayant un impact sur la santé mentale, en impliquant tous les ministères concernés.

2. Une programmation pluriannuelle : Pour sortir de la logique budgétaire annuelle (PLFSS) et donner de la visibilité financière et stratégique aux réformes sur le moyen et long terme.

3. Une organisation graduée des soins : Renforcer les premières lignes (médecine générale, psychologues, Maisons des adolescents) pour mieux orienter les patients et réserver les services de psychiatrie hautement spécialisés aux cas les plus complexes.

4. Des réformes structurelles du financement et des autorisations : Introduire des mécanismes incitatifs pour encourager l'innovation, les soins ambulatoires et la coopération entre tous les acteurs d'un territoire (public, privé, associatif).

L'enjeu humain reste crucial, avec une crise d'attractivité des métiers liée non seulement à la pénurie mais aussi à une "blessure morale" des soignants due à la perte de sens.

La dynamique actuelle, portée par une mobilisation politique et sociétale sans précédent, représente un "momentum" unique pour amplifier et accélérer ces réformes.

Analyse Détaillée

Un Héritage de Négligence Structurelle

Pendant plus de 30 ans, la santé mentale a été marginalisée dans les politiques publiques, une situation illustrée par plusieurs facteurs structurels :

• Le "parent pauvre" des politiques de santé : Ce statut s'est traduit par une considération "à part" des patients, des familles et des professionnels, tant dans le système de santé que dans la société.

• Une sous-valorisation financière : L'Objectif national de dépenses d'assurance maladie (Ondam) pour la psychiatrie a systématiquement progressé moins vite que l'Ondam pour la médecine, la chirurgie et l'obstétrique (MCO).

• Un pilotage financier "anesthésiant" : Le modèle de la dotation annuelle de fonctionnement (DAF) a largement contribué à freiner l'innovation et l'adaptation de l'offre de soins face à des besoins populationnels croissants.

• Une offre de soins illisible : L'absence de pilotage stratégique fort a conduit à une "multitude de particularismes" territoriaux, rendant le système complexe et difficile à naviguer pour les usagers, les familles et même les professionnels.

Des familles en sont réduites à déménager pour accéder à un secteur de psychiatrie jugé plus performant.

• Une faible culture des données probantes : Malgré l'existence de nombreuses études validées sur les prises en charge efficaces, le secteur a peu intégré ces "données probantes" dans ses pratiques.

La Feuille de Route de 2018 : Une Rupture et un Nouvel Élan

La "Feuille de route santé mentale et psychiatrie", lancée en 2018, est présentée comme une "rupture par rapport à une aboulie de plus de 30 ans".

Elle constitue le point de départ d'une politique de rattrapage, marquée par un engagement politique et financier inédit.

• Qualité et alignement international : La feuille de route est jugée de qualité et conforme aux standards internationaux.

• Enrichissements successifs : Elle a été constamment renforcée par des jalons importants comme le Ségur de la santé, les Assises de la santé mentale et de la psychiatrie, les Assises de la pédiatrie, et les annonces dans le cadre de la grande cause nationale.

• Continuité politique : Malgré une forte instabilité ministérielle (le délégué ministériel a "survécu à 10 ministres de la santé"), la feuille de route a été systématiquement reconduite et enrichie, assurant une forme de continuité dans l'action publique.

• Premiers effets visibles : Les réformes structurelles engagées commencent à porter leurs fruits, bien que leur plein impact ne soit attendu qu'à moyen terme.

Les Vulnérabilités Révélées par la Crise Sanitaire

La crise du Covid-19 a amplifié des fragilités structurelles anciennes, sans pour autant en être la cause première.

• Vulnérabilités du système de soins :

◦ Manque de soignants et départs de l'hôpital public.    ◦ Débits de formation insuffisants.    ◦ Un "hospitalo-centrisme" persistant.    ◦ Pauvreté de la santé primaire et des politiques de prévention.    ◦ Fortes hétérogénéités territoriales.

• Vulnérabilités de la population :

◦ Une dégradation de la santé mentale des jeunes, des femmes et des personnes en situation de précarité, un phénomène observé à l'échelle européenne et mondiale.

Vers un Changement de Paradigme : Stratégie et Réformes Proposées

Pour répondre à ces défis systémiques, un changement de paradigme est préconisé, s'appuyant sur des réformes profondes de la gouvernance, de la planification et de l'organisation des soins.

Refonder la Gouvernance sur un Modèle Interministériel

L'action sur les déterminants de la santé mentale (logement, emploi, lutte contre les violences, addictions) ne relève pas du seul ministère de la Santé. Une gouvernance interministérielle est donc jugée indispensable.

Structure Proposée

Fréquence

Objectif

Comité Interministériel

Annuelle

Définir, coordonner et évaluer les politiques publiques en faveur de la santé mentale, sur le modèle du Comité Interministériel du Handicap (CIH).

Conférence Nationale

Triennale

Débattre des orientations et des moyens des politiques de santé mentale, en réunissant l'ensemble des parties prenantes.

Comité des Parties Prenantes

À définir

Formaliser un organe consultatif pour assurer la participation active des usagers, familles, professionnels et autres acteurs.

Délégation Ministérielle

Renforcée

Renforcer ses moyens (objectif de 8 agents) pour lui confier la coordination et le pilotage de la feuille de route devenue interministérielle.

Instaurer une Programmation Pluriannuelle

Le cycle budgétaire annuel du Projet de Loi de Financement de la Sécurité Sociale (PLFSS) est un obstacle à la mise en œuvre de réformes structurelles.

La nécessité d'une vision à long terme est soulignée, avec un plaidoyer pour une loi de programmation qui garantirait une visibilité financière et stratégique sur plusieurs années.

Cette approche permettrait d'investir dans des actions de prévention dont les bénéfices, notamment en termes de "coût évité", ne sont mesurables que sur la durée.

Organiser l'Offre de Soins : Gradation et Coordination

Le système actuel est marqué par un héritage où "tout allait à la psychiatrie". La stratégie proposée vise à structurer une offre de soins graduée :

1. Renforcer les premières lignes : La médecine générale, les dispositifs comme "MonSoutienPsy" et les Maisons des adolescents doivent jouer un rôle de filtre pour les troubles légers à modérés et "refroidir" un certain nombre de situations.

2. Réserver la psychiatrie spécialisée : Le secteur de psychiatrie, avec ses équipes hautement spécialisées (psychiatres, psychologues, IPA, psychomotriciens), doit se concentrer sur les cas les plus complexes et graves.

3. Coordonner tous les acteurs : La réforme des autorisations vise à obliger les différents offreurs de soins d'un territoire (public sectorisé, public non sectorisé, privé) à sortir de leurs "couloirs de nage" pour s'articuler fonctionnellement et se répartir la charge des besoins.

4. Inciter à l'innovation : La réforme du mode de financement introduit des compartiments financiers incitatifs pour encourager les pratiques orientées vers le rétablissement, l'ambulatoire et les alternatives à l'hospitalisation, notamment sans consentement.

La Nécessité d'un "Grand Texte" Clarificateur

Un texte de loi est jugé crucial pour clarifier la politique de santé mentale, remettre de l'ordre dans les "particularismes" et définir des standards de prise en charge basés sur les données probantes.

Enjeux Cruciaux : Ressources Humaines et Évaluation

L'Attractivité des Métiers : Au-delà de la Pénurie

La crise de l'attractivité en psychiatrie est multifactorielle :

• Pénurie et burnout : La pénurie de personnel génère une surcharge de travail pour les équipes en place, créant un cercle vicieux.

• "Blessure morale" : Plus profondément, les soignants expriment une perte de sens. Ils sont confrontés à des situations qui violent leur éthique professionnelle (ex: maintenir un patient attaché pendant plusieurs jours sur un brancard faute de lit), ce qui génère une "blessure morale".

• Redonner du sens : Les dispositifs innovants (ex: équipes mobiles de crise financées par le Fonds d'Innovation Organisationnelle en Psychiatrie - FIOP) rencontrent moins de difficultés de recrutement car ils s'inscrivent dans un projet clair et porteur de sens.

• Formation : La réforme du DES de psychiatrie, en instaurant un passage obligatoire en pédopsychiatrie plus tôt dans le cursus, vise à améliorer l'attractivité de cette spécialité. Pour les infirmières, un renforcement des modules de santé mentale dans la formation initiale et un meilleur accompagnement à la prise de poste ("onboarding") sont des pistes explorées.

Développer une Culture de l'Évaluation

La France est jugée en retard sur l'évaluation de ses politiques publiques.

• Le coût de l'inaction : Des études, notamment anglo-saxonnes, démontrent les coûts socio-économiques phénoménaux de la non-prise en charge des troubles mentaux (estimés à 163 milliards d'euros par an en France par la Fondation FondaMental).

• L'argument du "coût évité" : Investir dans la prévention est économiquement vertueux. Par exemple, il est démontré qu'1€ investi dans des soins psychologiques de première ligne permet d'économiser entre 1,4€ et 1,6€. Cet argument peine cependant à être pris en compte dans les arbitrages budgétaires annuels.

• Évaluation des politiques publiques : Un ensemble d'indicateurs a été mis au point pour suivre les effets de la feuille de route, ce qui constitue une exception. Il reste à développer cette culture au niveau local pour évaluer l'efficacité des dispositifs innovants financés par appels à projets.

Synthèse de l'audition de Santé publique France sur la santé mentale et le handicap

Résumé

L'audition de Santé publique France devant la commission d'enquête met en lumière une dégradation persistante de la santé mentale de la population française depuis la pandémie de Covid-19, touchant particulièrement les jeunes de 18 à 24 ans et les femmes.

Les données de surveillance révèlent une prévalence élevée des troubles dépressifs et anxieux, avec un décalage majeur entre les besoins et le recours effectif aux soins.

Près de la moitié des adultes ayant connu un épisode dépressif caractérisé n'ont eu aucun recours thérapeutique.

Les principaux freins identifiés sont le coût des consultations, la difficulté à se confier et le manque d'information.

Concernant les personnes en situation de handicap, l'agence souligne une lacune importante dans les données de surveillance, rendant difficile la caractérisation fiable de leur état de santé et de leur prise en charge.

L'accès aux données des Maisons Départementales des Personnes Handicapées (MDPH) est identifié comme un levier majeur d'amélioration.

Face à ces constats, Santé publique France insiste sur l'importance cruciale de la prévention.

Les stratégies préconisées incluent le renforcement des compétences psychosociales dès l'enfance, la lutte contre la stigmatisation via des campagnes d'information et la promotion de la santé mentale positive. Des dispositifs comme le programme "Vigilance", qui a démontré un retour sur investissement positif (€1 investi pour €2 économisés en coûts de santé), sont mis en avant comme des modèles à généraliser pour une approche économiquement vertueuse de la santé publique.

1. Rôle et Méthodes de Surveillance de Santé publique France

Santé publique France, agence de santé publique créée en 2016, fonde ses missions sur un triple objectif :

1. Anticiper et répondre aux crises sanitaires, notamment par la gestion des stocks stratégiques de produits de santé et la mobilisation de la réserve sanitaire.

2. Surveiller l'état de santé de la population sur l'ensemble du territoire, y compris ultramarin, en couvrant les maladies infectieuses, chroniques et les expositions environnementales.

3. Développer la prévention et promouvoir la santé.

Pour la surveillance de la santé mentale, l'agence s'appuie sur plusieurs sources de données complémentaires :

• Les enquêtes en population générale :

• ◦ Réalisées sur des échantillons aléatoires, elles utilisent des questionnaires et des échelles de santé mentale pour évaluer l'état de la population sans poser de diagnostic individuel.  

• ◦ Exemples notables : le Baromètre de Santé publique France (adultes), l'enquête ENABI (enfants de 3 à 11 ans, réalisée en milieu scolaire en 2022), et l'enquête EnCLASS (collégiens).   

• ◦ Pendant la crise sanitaire, l'enquête Coviprêve a permis un suivi plus rapide, bien que moins détaillé.

• Les bases de données médico-administratives :

◦ Le Système National des Données de Santé (SNDS) est une source majeure d'informations.  

◦ Les données des services d'urgence (motifs de passage) et de SOS Médecins permettent un suivi en temps réel de certains indicateurs comme les troubles anxieux ou les tentatives de suicide.

L'ensemble de ces données permet d'obtenir une "photographie en vie réelle" de la santé mentale des Français, contribuant à l'élaboration de stratégies de prévention et de campagnes d'information.

2. État des Lieux de la Santé Mentale en France

2.1. Une Dégradation Post-Covid Durable

La surveillance épidémiologique confirme une dégradation nette de la santé mentale de la population française par rapport à la période pré-Covid.

• Populations les plus touchées : Les jeunes adultes de 18 à 24 ans, les jeunes filles et les femmes en général présentent les indicateurs les plus dégradés.

• Persistance : Les différents indicateurs de santé mentale se maintiennent à un niveau élevé, sans retour aux niveaux d'avant la crise sanitaire. Les causes sont multifactorielles (éco-anxiété, système économique, mais aussi une plus grande déclaration due à une libération de la parole).

2.2. Données Clés sur la Prévalence des Troubles

Les enquêtes récentes fournissent des chiffres préoccupants :

Population Cible

Indicateur

Donnée Chiffrée

Source (Année)

Adultes (18-79 ans)

Épisode dépressif caractérisé (12 derniers mois)

1 adulte sur 6

Baromètre SPF (2024)

Adultes (18-79 ans)

Trouble anxieux (12 derniers mois)

6 % de la population

Baromètre SPF (2024)

Enfants (6-11 ans)

Trouble probable de la santé mentale

Plus d'1 enfant sur 10

ENABI (2022)

Enfants (tous âges)

Consultation d'un professionnel pour des raisons psychologiques/d'apprentissage

1 enfant sur 5

ENABI (2022)

Collégiens

Consultation d'un psychiatre au cours de leur vie

1 tiers des collégiens

EnCLASS

2.3. Le Non-Recours aux Soins : Un Enjeu Majeur

Un décalage important est observé entre les besoins exprimés ou mesurés et le recours effectif à une prise en charge.

• Épisodes dépressifs : Près de la moitié (50 %) des personnes déclarant un épisode dépressif n'ont eu "aucun recours thérapeutique" (ni professionnel, ni traitement).

• Troubles anxieux : Cette proportion est de 1 personne sur 3.

• Profils concernés : Le non-recours aux soins est plus élevé chez les hommes que chez les femmes.

• Situations critiques : Près de 40 % des personnes déclarant une tentative de suicide ne se sont pas présentées à l'hôpital et n'ont pas consulté de professionnel de santé par la suite.

2.4. Les Freins à la Consultation

L'enquête Coviprêve a permis d'identifier les principaux obstacles au recours aux soins en santé mentale :

• 1. Le prix de la consultation (cité par près de la moitié des répondants).

• 2. La difficulté à se confier ou la peur de ce qu'ils pourraient découvrir sur eux-mêmes.

• 3. Le manque d'information sur les professionnels et leur rôle.

• 4. La difficulté à obtenir un rendez-vous.

• 5. La peur que l'entourage l'apprenne (stigmatisation).

• 3. La Situation Spécifique des Personnes en Situation de Handicap

Santé publique France reconnaît un manque de données structurées concernant l'état de santé des personnes en situation de handicap.

• Limites de la surveillance : La surveillance de cette population n'entre pas "strictement" dans les missions de l'agence, bien qu'elle soit incluse dans les enquêtes générales.

• Difficultés de caractérisation : Il est difficile d'identifier et de caractériser de manière fiable ces personnes dans les bases de données. L'Allocation Adulte Handicapé (AAH) est le principal repère, mais elle ne couvre que les adultes en âge de travailler avec des handicaps reconnus comme sévères.

• Besoin crucial de données : L'agence attend avec impatience la remontée des données des Maisons Départementales des Personnes Handicapées (MDPH) dans le SNDS, ce qui constituerait un "saut qualitatif et quantitatif" pour mieux orienter les politiques publiques.

• Vulnérabilités observées : Les données existantes montrent que les bénéficiaires de l'AAH sont "proportionnellement plus concernés par des événements cardiovasculaires graves".

4. Stratégies de Prévention et Pistes d'Amélioration

Face à ces constats, Santé publique France place la prévention au cœur de sa stratégie.

4.1. Axes de Prévention

• Prévention primaire :

◦ Compétences psychosociales (CPS) : Développer dès le plus jeune âge (école, associations sportives) des capacités à gérer le stress, communiquer, résoudre des problèmes.

Cette approche, inspirée des modèles anglo-saxons, est de plus en plus acceptée et intégrée, notamment par l'Éducation Nationale.  

◦ Promotion de la santé mentale positive : Informer sur les comportements protecteurs (activité physique, sommeil, altruisme, pensée positive) au même titre que la santé physique.

• Lutte contre la stigmatisation :

• ◦ Mener des campagnes d'information pour dédramatiser les troubles psychiques.  

• ◦ Mettre à disposition des ressources grand public comme le site santémentaleinfoservice.fr.

• Prévention tertiaire (prévention de la récidive) :

◦ Le dispositif Vigilance, qui consiste à rappeler les personnes ayant fait une tentative de suicide six mois après leur passage aux urgences, a fait l'objet d'une évaluation médico-économique très positive. Il est en cours de déploiement dans toutes les régions.

4.2. Pistes d'Amélioration

Santé publique France identifie plusieurs axes pour améliorer la connaissance et l'action :

• Mieux caractériser les personnes en situation de handicap dans les bases médico-administratives et médico-sociales.

• Mieux documenter la santé et le rôle des aidants.

• Poursuivre et développer les enquêtes en milieu scolaire pour un dépistage précoce.

• Renforcer l'information sur les signes de souffrance psychique et les parcours de soins gradués.

5. Enjeux Économiques et Décisionnels

L'audition a souligné la dimension économique de la santé mentale et l'importance de convaincre les décideurs publics d'investir dans la prévention.

• Coût des troubles psychiques : Estimé à 109 milliards d'euros pour la société française, dont près de la moitié en perte de productivité.

• Retour sur investissement de la prévention :

• ◦ L'évaluation du dispositif Vigilance montre que 1 € investi permet d'économiser 2 € de coûts de santé, avec un coût moyen évité de 248 € par patient.  
• ◦ Santé publique France s'engage à évaluer de plus en plus le retour sur investissement de ses actions.

• Nécessité d'un plaidoyer : L'agence travaille au développement d'indicateurs sur le "fardeau de la maladie" (Global Burden of Disease) pour objectiver le poids des troubles sur la société et justifier les investissements en prévention.

Le manque de données fiables, notamment à un niveau territorial fin, reste un obstacle pour convaincre les acteurs locaux.

Processo de Responsabilização - Comissão de 2 ou + servidores estáveis conduzem o processo. Se empregados, devem pertencer ao quadro permanente com pelo menos 3 anos de tempo de serviço; - Prazo de 15 dias úteis para contestação; - Prazo de 15 dias úteis para alegações finais; - Se houver atos ilícitos previstos na Lei Anticorrupção, deverá haver apuração conjunta no mesmo processo. - Aplicação de sanção de declaração de inidoneidade para contratar e licitar é de competência exclusiva de Ministro de Estado/Secretário do Estado; - Contra aplicação de declaração de inidoneidade para contratar e licitar somente cabe pedido de reconsideração no prazo de 15 dias úteis; - Prazo recursal é de 3 dias úteis; - Tanto recurso, quanto pedido de reconsideração terão efeito suspensivo.

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Briefing : Prise en Charge de la Santé Mentale et du Handicap en France

Résumé

Ce document de synthèse analyse les enjeux majeurs de la prise en charge de la santé mentale en France, en se basant sur les échanges tenus à l'Assemblée nationale.

Il en ressort un paradoxe central : malgré des efforts budgétaires significatifs et le déploiement de dispositifs structurants, le secteur de la psychiatrie est en proie à une crise profonde, principalement due à une pénurie critique de ressources humaines.

Les points à retenir sont les suivants :

1. Crise d'Attractivité Sévère : La psychiatrie souffre d'un déficit majeur d'attractivité, avec plus de 23 % de postes de praticiens hospitaliers vacants dans le secteur public et 30 % des postes d'internes non pourvus.

Cette pénurie, qualifiée de "cercle vicieux", entrave la capacité du système à répondre à la demande croissante.

2. Dissonance entre Investissements et Réalité de Terrain : Des financements conséquents ont été alloués via des programmes comme le Fonds d'Innovation Organisationnelle en Psychiatrie (FIOP) et des appels à projets pour la pédopsychiatrie.

Le dispositif "Mon Soutien Psy" a également permis de réaliser plus de 2,5 millions de séances.

Cependant, ces efforts se heurtent à une réalité marquée par des délais d'attente, des défauts de prise en charge et un manque de diagnostics.

3. Impératif du Repérage Précoce : Un consensus se dégage sur la nécessité de basculer d'une approche majoritairement curative vers une stratégie axée sur la prévention et le repérage précoce des troubles.

Les médecins généralistes, la santé scolaire et les maisons des adolescents sont identifiés comme des acteurs clés de cette stratégie, qui est perçue comme un levier de "coûts évités" majeur.

4. Angle Mort sur les Données et l'Évaluation :

Il existe un manque critique de données médico-économiques sur l'impact du non-dépistage précoce et des hospitalisations évitées.

Ce déficit de modélisation affaiblit les plaidoyers pour un investissement accru dans la prévention et le suivi post-hospitalisation.

5. Structuration des Parcours et Coordination Territoriale :

Les Projets Territoriaux de Santé Mentale (PTSM) sont considérés comme un outil essentiel pour améliorer la coordination des acteurs.

Leur renforcement et leur évaluation sont des priorités, tout comme le développement de pratiques innovantes pour fluidifier les parcours entre la ville et l'hôpital.

Analyse Détaillée des Thématiques

1. La Crise d'Attractivité des Métiers en Psychiatrie

Le principal frein à l'amélioration de l'offre de soins en santé mentale est la pénurie de personnel qualifié, en particulier de psychiatres.

• Constat d'une Pénurie Sévère :

• ◦ La ressource humaine en psychiatrie est qualifiée de "denrée rare".   
• ◦ Postes vacants : Plus de 23 % des postes de psychiatres dans les hôpitaux publics ne sont pas pourvus.  
• ◦ Déficit de formation : Chaque année, 30 % des postes d'internes en psychiatrie restent vacants.  
• ◦ Recours aux praticiens étrangers (Padu) : Même en doublant les postes offerts aux praticiens à diplôme hors Union européenne, le taux de vacance reste extrêmement élevé, atteignant 30 % à 50 % selon les régions.

• Un Cercle Vicieux : Cette crise d'attractivité crée un "cercle vicieux" : les étudiants en médecine réalisant leurs stages dans des services en sous-effectif sont peu enclins à choisir cette spécialité, ce qui perpétue la pénurie.

• Pistes de Solution Évoquées :

◦ Valoriser les stages : Mettre l'accent sur la qualité de l'encadrement des stagiaires pour améliorer l'image de la profession.  

◦ Flexibiliser l'exercice : Encourager et faciliter l'exercice mixte (ville-hôpital, public-privé) et le temps partagé, qui correspondent aux aspirations des jeunes médecins ne souhaitant plus un exercice unique et à temps plein.

Des verrous réglementaires ont été levés depuis 2020 pour faciliter l'exercice mixte ville-hôpital.  

◦ Formation des paramédicaux : La réforme du métier d'infirmier intègre une obligation de stage en psychiatrie d'une durée minimale.

Par ailleurs, plus de 540 infirmiers en pratique avancée (IPA) en santé mentale ont déjà été formés.

2. Dissonance entre Efforts Budgétaires et Réalité de Terrain

Des investissements financiers importants ont été réalisés, mais leurs effets sont encore insuffisants pour répondre à l'ampleur des besoins.

• Investissements Financiers Conséquents :

• ◦ Fonds d'Innovation Organisationnelle en Psychiatrie (FIOP) : Depuis 2019, 288 millions d'euros ont été mobilisés pour accompagner 268 projets innovants. Le fonds a été reconduit en 2025.  
• ◦ Pédopsychiatrie et Psychiatrie Périnatale : Un appel à projets a permis de financer 435 projets, avec des crédits annuels compris entre 20 et 35 millions d'euros. 
• ◦ Dispositif "Mon Soutien Psy" : Fin 2024, le dispositif comptait plus de 4 100 psychologues conventionnés et avait bénéficié à près de 480 000 patients (dont 26 % de mineurs), pour un total de 2,5 millions de séances réalisées.

• Difficultés Persistantes sur le Terrain :

◦ Malgré ces chiffres, une "dissonance" est constatée entre les efforts budgétaires et la réalité vécue par les usagers et les professionnels : délais d'attente prolongés, défauts de prise en charge et manque de diagnostics.  

◦ Il est souligné que le système reste trop focalisé sur le "curatif" au détriment du "préventif".

3. L'Impératif de la Prévention et du Repérage Précoce

Le repérage précoce est identifié comme un axe stratégique majeur pour éviter l'aggravation des troubles et les conséquences sociales et familiales associées.

• Un Axe Prioritaire : Le dépistage est considéré comme "un des axes forts qu'il nous faut développer". Une mission a été confiée à trois personnalités qualifiées pour formuler des recommandations sur ce sujet.

• Les Acteurs Clés du Repérage :

◦ Médecins généralistes : Ils sont en première ligne, assurant 76 % des premières consultations pour troubles psychiatriques et traitant 73 % des dépressions.

L'enjeu est de mieux les "outiller" et de renforcer le lien avec les spécialistes.  

◦ Santé scolaire : Une circulaire conjointe (Santé/Éducation Nationale) est en cours de rédaction pour formaliser des "circuits courts" entre les établissements scolaires et les Centres Médico-Psychologiques (CMP).  

◦ Maisons des Adolescents : Leur cahier des charges est en cours de rénovation pour y intégrer pleinement la dimension de repérage. Leurs moyens financiers seront renforcés de façon "considérable".

• L'Enjeu des "Coûts Évités" : L'investissement dans la prévention et le diagnostic précoce est présenté non seulement comme une plus-value pour les personnes concernées, mais aussi comme une source d'économies "majeures" pour la collectivité en évitant des prises en charge plus lourdes à long terme.

4. Structuration de l'Offre et Coordination des Parcours

L'organisation des soins sur les territoires et la fluidité des parcours patients sont des défis centraux.

• Projets Territoriaux de Santé Mentale (PTSM) :

◦ Considérés comme un "outil intéressant", ils mobilisent les acteurs du sanitaire, du social et du médico-social.  

◦ Chaque PTSM bénéficie d'un poste de coordinateur financé.  

◦ Une "deuxième génération" de PTSM est en préparation pour aller plus loin dans la structuration des parcours.  

◦ Une carte interactive des PTSM sera mise en ligne sur le site du ministère pour améliorer la lisibilité et le partage de bonnes pratiques.

• Défis de la Coordination :

◦ Post-hospitalisation : L'organisation des sorties d'hospitalisation psychiatrique présente des "vraies difficultés", entraînant des réhospitalisations au coût "relativement conséquent", un point déjà soulevé par la Cour des comptes en 2021. 

◦ Innovation organisationnelle : Le FIOP vise précisément à soutenir des projets qui testent de nouvelles organisations pour améliorer la coordination ville-hôpital et la graduation des soins.

5. Manque de Données et Nécessité d'Évaluation

Un "angle mort" important subsiste concernant les données chiffrées, ce qui freine l'optimisation de l'allocation des ressources.

• Absence de Modélisation Médico-Économique :

◦ Il y a un manque de données sur le "coût médico-économique du non-dépistage précoce" et sur les hospitalisations potentiellement évitées.  

◦ L'approche culturelle française est perçue comme moins avancée que dans les pays anglo-saxons sur l'utilisation d'outils comme les QALY/DALY pour prioriser les investissements.

• Évaluation des Politiques Publiques :

◦ Le FIOP comme modèle : Ce fonds est cité en exemple pour son processus d'évaluation "extrêmement rigoureuse", menée par des experts indépendants après trois ans de financement, pouvant mener à la pérennisation, la généralisation ou l'arrêt du projet.  

◦ L'évaluation des PTSM : Si une évaluation qualitative a été menée (le "Tour de France" de Franck Bélivier), un besoin d'évaluation plus systématique et comparative des performances est exprimé pour mieux identifier et diffuser les bonnes pratiques.

6. Enjeux Spécifiques à Certaines Populations

• Pédopsychiatrie :

◦ Le secteur est "assez dépourvu" en lits, ce qui conduit à des hospitalisations d'enfants dans des services pour adultes.  

◦ Une inquiétude est soulevée quant au risque de "surdiagnostic", en référence à un rapport de la Cour des comptes, appelant à une vision plus globale de l'accompagnement.

• Santé Mentale en Milieu Carcéral :

◦ Prévalence élevée : Environ 30 % des détenus présentent des troubles psychiatriques.

Pour beaucoup, l'incarcération représente le "premier contact avec le soin". 

◦ Crise d'attractivité aggravée : Les difficultés de recrutement sont "probablement pires" dans ce milieu. L'exemple du centre pénitentiaire de Fresnes, passé de 19 à 6 psychiatres, est emblématique. 

◦ Solutions : Le développement de postes à temps partagé est crucial pour attirer des praticiens. Une "feuille de route santé des personnes placées sous main de justice" co-pilotée par les ministères de la Santé et de la Justice vise à travailler sur cet enjeu.

Reviewer #1 (Public review):

Summary:

In this study, the authors employed comprehensive proteomics and transcriptomics analysis to investigate the systemic and organ-specific adaptations to IF in males. They found that shared biological signaling processes were identified across tissues, suggesting unifying mechanisms linking metabolic changes to cellular communication, which revealed both conserved and tissue-specific responses by which IF may optimize energy utilization, enhance metabolic flexibility, and promote cellular resilience.

Strengths:

This study detected multiple organs, including the liver, brain, and muscle, and revealed both conserved and tissue-specific responses to IF.

Weaknesses:

(1) Why did the authors choose the liver, brain, and muscle, but not other organs such as the heart and kidney? The latter are proven to be the largest consumers of ketones, which is also changed in the IF treatment of this study.

(2) The proteomics and transcriptomics analyses were only performed at 4 months. However, a strong correlation between IF and the molecular adaptations should be time point-dependent.

(3) The context lacks a "discussion" section, which would detail the significance and weaknesses of the study.

(4) There is no confirmation for the proteomic and transcriptomic profiling. For example, the important changes in proteomics could be further identified by a Western blot.

Reviewer #2 (Public review):

Summary:

Fan and colleagues measure proteomics and transcriptomics in 3 organs (liver, skeletal muscle, cerebral cortex) from male C57BL/6 mice to investigate whether intermittent fasting (IF; 16h daily fasting over 4 months) produces systemic and organ-specific adaptations.

They find shared signaling pathways, certain metabolic changes, and organ-specific responses that suggest IF might affect energy utilization, metabolic flexibility, while promoting resilience at the cellular level.

Strengths:

The fact that there are 3 organs and 2 -omics approaches is a strength of this study.

Weaknesses:

The analytical approach of the data generated by the present study is not well posed, because it doesn't help to answer key questions implicit in the experimental design. Consequently, the paper, as it is for now, reads as a mere description of results and not a response to specific questions.

The presentation of the figures, the knowledge of the literature, and the inclusion of only one sex (male) are all weaknesses.

Reviewer #3 (Public review):

Summary:

Fan et al utilize large omics data sets to give an overview of proteomic and gene expression changes after 4 months of intermittent fasting (IF) in liver, muscle, and brain tissue. They describe common and distinct pathways altered under IF across tissues using different analysis approaches. The main conclusions presented are the variability in responses across tissues with IF. Some common pathways were observed, but there were notable distinctions between tissues.

Strengths:

(1) The IF study was well conducted and ran out to 4 months, which was a nice long-term design.

(2) The multiomics approach was solid, and additional integrative analysis was complementary to illustrate the differential pathways and interactions across tissues.

(3) The authors did not overstep their conclusions and imply an overreached mechanism.

Weaknesses:

The weaknesses, which are minor, include the use of only male mice and the early start (6 weeks) of the IF treatment. See specifics in the recommendations section.

Author response:

Reviewer #1 (Public review):

Summary: 

In this study, the authors employed comprehensive proteomics and transcriptomics analysis to investigate the systemic and organ-specific adaptations to IF in males. They found that shared biological signaling processes were identified across tissues, suggesting unifying mechanisms linking metabolic changes to cellular communication, which revealed both conserved and tissue-specific responses by which IF may optimize energy utilization, enhance metabolic flexibility, and promote cellular resilience. 

Strengths: 

This study detected multiple organs, including the liver, brain, and muscle, and revealed both conserved and tissue-specific responses to IF.

We appreciate the recognition of the study’s strengths and the opportunity to clarify the points raised.

Weaknesses: 

(1) Why did the authors choose the liver, brain, and muscle, but not other organs such as the heart and kidney? The latter are proven to be the largest consumers of ketones, which is also changed in the IF treatment of this study.

We agree that the heart and kidney are critical organs in ketone metabolism. Our selection of the liver, brain, and muscle was guided by their distinct metabolic functions and relevance to systemic energy balance, neuroplasticity, and locomotor activity, key domains influenced by intermittent fasting (IF). These tissues also offer complementary perspectives on central and peripheral adaptations to IF. Notably, we have previously examined the effects of IF on the heart (eLife 12:RP89214), and we fully acknowledge the importance of the kidney. We intend to include it in future studies to broaden the scope and deepen our understanding of IF-induced systemic responses.

(2) The proteomics and transcriptomics analyses were only performed at 4 months. However, a strong correlation between IF and the molecular adaptations should be time point-dependent.

We appreciate this insightful comment. The 4-month time point was selected to capture long-term adaptations to IF, beyond acute or transitional effects. While we acknowledge that molecular responses to IF are time-dependent, our goal in this study was to establish a foundational understanding of sustained systemic and tissue-specific changes. We fully agree that a longitudinal approach would provide deeper insights into the temporal dynamics of IF-induced adaptations. To address this, we are currently undertaking a comprehensive 2-year study that is specifically designed to explore these time-dependent effects in greater detail.

(3) The context lacks a "discussion" section, which would detail the significance and weaknesses of the study.

We appreciate this observation. The manuscript was originally structured to emphasize results and interpretation within each section, but we recognize that a dedicated discussion section would enhance clarity and contextual depth. In the revised version, we will add a comprehensive discussion section addressing broader implications, limitations, and future directions of the study.

(4) There is no confirmation for the proteomic and transcriptomic profiling. For example, the important changes in proteomics could be further identified by a Western blot. 

We acknowledge the importance of orthogonal validation to support high-throughput findings. While our study primarily focused on uncovering systemic patterns through proteomic and transcriptomic profiling, we agree that targeted confirmation would strengthen the conclusions. To this end, we have included immunohistochemical validation of a key protein common to all three organs—Serpin A1C. Additionally, we are planning a dedicated follow-up study to expand functional validation of several key proteins identified in this manuscript, which will be pursued as a separate project.

Reviewer #2 (Public review): 

Summary: 

Fan and colleagues measure proteomics and transcriptomics in 3 organs (liver, skeletal muscle, cerebral cortex) from male C57BL/6 mice to investigate whether intermittent fasting (IF; 16h daily fasting over 4 months) produces systemic and organ-specific adaptations. 

They find shared signaling pathways, certain metabolic changes, and organ-specific responses that suggest IF might affect energy utilization, metabolic flexibility, while promoting resilience at the cellular level.

Strengths: 

The fact that there are 3 organs and 2 -omics approaches is a strength of this study. 

We appreciate the reviewer’s recognition of the breadth of our study design. By integrating proteomics and transcriptomics across three metabolically distinct organs, we aimed to provide a comprehensive view of systemic and tissue-specific adaptations to IF. This multi-organ, multi-omics approach was central to uncovering both conserved and divergent biological responses.

Weaknesses: 

(1) The analytical approach of the data generated by the present study is not well posed, because it doesn't help to answer key questions implicit in the experimental design. Consequently, the paper, as it is for now, reads as a mere description of results and not a response to specific questions.

We thank the reviewer for this important observation. Our initial aim was to establish a foundational atlas of molecular changes induced by IF across key organs. However, we recognize that clearer framing of the biological questions would enhance interpretability. In the revised manuscript, we will have restructured the introduction, results, and discussion to align more explicitly with specific hypotheses, particularly those related to energy metabolism, cellular resilience, and inter-organ signaling. We have also added targeted analyses and clarified how each dataset contributes to answering these questions.

(2) The presentation of the figures, the knowledge of the literature, and the inclusion of only one sex (male) are all weaknesses.

We appreciate this feedback and agree that these are important considerations. Regarding figure presentation, we will revise several figures for improved clarity, add more descriptive legends, and reorganize supplemental materials to better support the main findings. On the literature front, we will expand the discussion to include recent and relevant studies on IF, metabolic adaptation, and sex-specific responses. As for the use of only male mice, this was a deliberate choice to reduce hormonal variability and focus on establishing baseline molecular responses. We fully acknowledge the importance of sex as a biological variable and will soon be conducting studies in female mice to address this gap.

Reviewer #3 (Public review):

Summary: 

Fan et al utilize large omics data sets to give an overview of proteomic and gene expression changes after 4 months of intermittent fasting (IF) in liver, muscle, and brain tissue. They describe common and distinct pathways altered under IF across tissues using different analysis approaches. The main conclusions presented are the variability in responses across tissues with IF. Some common pathways were observed, but there were notable distinctions between tissues.

Strengths: 

(1) The IF study was well conducted and ran out to 4 months, which was a nice long-term design. 

(2) The multiomics approach was solid, and additional integrative analysis was complementary to illustrate the differential pathways and interactions across tissues. 

(3) The authors did not overstep their conclusions and imply an overreached mechanism. 

We sincerely thank the reviewer for acknowledging the strengths of our study design and analytical approach. We aimed to strike a careful balance between comprehensive data generation and cautious interpretation, and we appreciate the recognition that our conclusions were appropriately framed within the scope of the data.

Weaknesses: 

The weaknesses, which are minor, include the use of only male mice and the early start (6 weeks) of the IF treatment. See specifics in the recommendations section.

We appreciate the reviewer’s thoughtful comments. The decision to use male mice and initiate IF at 6 weeks was based on minimizing hormonal variability and capturing early adult metabolic programming. We acknowledge that sex and developmental timing are important biological variables. To address this, we are conducting parallel studies in female mice and evaluating IF initiated at later life stages. These follow-up investigations will help determine the extent to which sex and timing influence the molecular and physiological outcomes of IF.

جمله‌ی “Jumping from call to call to read along and figure out what goes wrong and what is missing is a vital requirement to quickly solve a problem” به زبان ساده یعنی:

ترجمه ساده:

«پریدن بین فراخوانی‌ها (call) و دنبال کردن جریان اجرای برنامه برای فهمیدن اینکه چه چیزی اشتباه است یا چه چیزی کم است، یک مهارت ضروری برای حل سریع مشکل است.»

توضیح بیشتر:

• وقتی یک باگ یا مشکل در برنامه پیش می‌آید، معمولاً باید کد را دنبال کنیم و چندین تابع یا متد را بررسی کنیم تا بفهمیم مشکل دقیقاً کجاست.
• این توانایی باعث می‌شود زمان حل مسئله کاهش پیدا کند و بتوانیم سریعاً باگ‌ها را پیدا و اصلاح کنیم.

مثال ساده:

فرض کن یک تابع A() فراخوانی می‌کند B() و B() فراخوانی می‌کند C(). اگر خروجی درست نباشد:

1. باید به A() نگاه کنیم → مشکلی پیدا نمی‌کنیم
2. برویم به B() → شاید ورودی اشتباه است
3. سپس به C() → متوجه می‌شویم مشکل از محاسبه‌ای در C() است

✅ این همان jumping from call to call است که جمله به آن اشاره می‌کند.

Note de Synthèse : La Politique de Santé Mentale en France selon la Direction Générale de la Santé

Synthèse

Cette note synthétise les perspectives et les actions de la Direction Générale de la Santé (DGS) concernant la santé mentale en France, telles que présentées lors d'une audition parlementaire.

Le constat principal est une dégradation "nette et durable" de la santé mentale de la population depuis la crise du Covid-19, se manifestant par une hausse significative des troubles anxieux, dépressifs et des idées suicidaires, particulièrement chez les jeunes.

En 2023, 23 % des adultes déclaraient un niveau d'anxiété élevé et 16 % se disaient déprimés, des chiffres en nette augmentation depuis 2019.

Le rôle de la DGS se concentre sur la prévention et la promotion de la santé mentale, en amont de la prise en charge psychiatrique. Son action repose sur quatre leviers stratégiques :

1. Améliorer les connaissances et lutter contre la stigmatisation via des campagnes de communication et des actions locales.

2. Promouvoir les comportements bénéfiques, notamment par le développement des compétences psychosociales, l'amélioration du sommeil et la prévention de l'usage problématique des écrans.

3. Renforcer le repérage précoce à travers des programmes comme les "Premiers secours en santé mentale".

4. Déployer une stratégie nationale de prévention du suicide, s'appuyant sur des dispositifs éprouvés comme le numéro national 3114 et le programme de recontact Vigilance, qui réduit de 38 % le risque de récidive.

Malgré ces efforts, des défis majeurs persistent.

La commission parlementaire souligne le décalage entre un diagnostic largement partagé et la mise en œuvre concrète sur le terrain, due notamment à un manque de professionnels (médecins scolaires, psychologues).

Un débat central porte sur la faible culture de la prévention en France, qui privilégie historiquement le curatif, et sur la difficulté à sécuriser des financements pluriannuels pour des actions dont les bénéfices ne sont visibles qu'à long terme.

La "Grande Cause Nationale 2025" est perçue comme une opportunité importante mais dont le démarrage a été freiné par le contexte politique.

1. Rôle de la DGS et Contexte

La Direction Générale de la Santé (DGS) positionne la santé mentale au cœur de ses priorités, avec un bureau dédié.

Son action se distingue de celle de la Direction Générale de l'Offre de Soins (DGOS), qui gère la prise en charge psychiatrique.

La DGS se concentre exclusivement sur les politiques de prévention et de promotion de la santé mentale.

L'approche de la DGS est double :

• Intersectorielle : La santé mentale étant multifactorielle, elle est prise en compte dans tous les milieux de vie (école, travail, loisirs) en lien avec les ministères concernés.

• Populationnelle : Une attention particulière est portée aux publics les plus vulnérables, incluant les jeunes, les personnes âgées, les personnes en situation de handicap, en situation de précarité ou détenues.

Il est précisé que la prise en charge globale du handicap relève de la Direction Générale de la Cohésion Sociale (DGCS).

2. Diagnostic de la Santé Mentale en France : Un Constat Préoccupant

L'Impact "Net et Durable" de la Crise Sanitaire

La crise du Covid-19 a marqué un "véritable tournant", provoquant une dégradation significative et persistante de la santé mentale de la population française.

• Chez les adultes : Selon l'enquête CoviPrev de Santé publique France, en 2023 :

◦ 23 % des personnes interrogées déclaraient un niveau d'anxiété élevé (+6 points par rapport à 2019).    ◦ 16 % se disaient déprimées (+5 points par rapport à 2019).

• Populations vulnérables : Les femmes, les jeunes adultes, les personnes précaires et celles ayant des antécédents de troubles psychiques présentent des indicateurs de santé mentale durablement dégradés.

Le Suicide : Une Préoccupation Majeure

Le suicide demeure un indicateur alarmant en France.

• En 2022, le taux de suicide était de 13,3 pour 100 000 habitants, l'un des plus élevés d'Europe.

• Ce taux est trois fois plus élevé chez les hommes que chez les femmes.

• Après une baisse depuis les années 80, le taux a atteint un plateau sur lequel il est devenu difficile d'agir.

La Vulnérabilité Particulière des Jeunes et des Personnes en Situation de Handicap

• Les jeunes : Les indicateurs sont "particulièrement préoccupants".

Le nombre de passages aux urgences pour gestes suicidaires chez les 11-17 ans est en hausse.

En 2023, 86 femmes de 15 à 19 ans sur 100 000 ont été hospitalisées pour gestes auto-infligés, une hausse de 46 % par rapport à 2017.

• Personnes en situation de handicap : Elles présentent un risque suicidaire majoré.

Des études montrent un risque 7 à 10 fois plus important pour les personnes présentant des troubles du spectre autistique.

Des Causes Multifactorielles

Ces évolutions sont attribuées à une combinaison de facteurs :

• Environnementaux : L'éco-anxiété est une réalité, notamment chez les jeunes.

• Géopolitiques et économiques : Les conflits, les attentats et l'instabilité économique.

• Sociétaux : La pression scolaire, les usages numériques et l'exposition aux réseaux sociaux sont corrélés à une dégradation de la santé mentale des plus jeunes.

3. Les Levier d'Action de la Direction Générale de la Santé

Face à ces constats, la DGS déploie une stratégie de prévention et de promotion articulée autour de quatre axes principaux.

Axe 1 : Amélioration des Connaissances et Lutte contre la Stigmatisation

L'objectif est de lever les freins à l'accès aux soins, notamment l'auto-stigmatisation.

• Campagnes de communication : Santé publique France déploie des campagnes grand public et ciblées, avec un site internet dédié.

• Actions territorialisées : Les "Semaines d'information en santé mentale" (SISM) et les "Conseils locaux de santé mentale" (CLSM) sont déployés pour réunir localement élus, citoyens, associations et professionnels.

Axe 2 : Promotion des Comportements Bénéfiques à la Santé Mentale

• Développement des compétences psychosociales (CPS) : Une stratégie interministérielle (portée par 7 ministères) vise à développer dès le plus jeune âge des compétences comme l'estime de soi, la relation à l'autre et l'esprit critique pour renforcer la résilience.

• Qualité du sommeil : Une feuille de route interministérielle a été lancée, rappelant qu'un sommeil altéré double le risque de développer une dépression.

• Prévention de l'usage excessif des écrans : Des actions sont menées pour contrer la corrélation observée entre le temps d'écran, l'exposition à des contenus inadaptés et les troubles dépressifs chez les jeunes.

Axe 3 : Repérage Précoce des Troubles

• Premiers secours en santé mentale : Inspiré d'un programme australien, ce dispositif vise à former plus de 200 000 secouristes capables de repérer les situations de détresse dans leur entourage. Le ministre a annoncé un objectif porté à 300 000 formés d'ici 2027.

• Mon bilan prévention : Mis en place en 2023, ce dispositif invite les citoyens à des âges clés de la vie à faire un bilan global de leurs comportements en santé, incluant la santé mentale.

Axe 4 : Stratégie Nationale de Prévention du Suicide

Cette stratégie, pilotée par la DGS, a permis de mettre en place des dispositifs clés qui ont démontré leur efficacité.

Dispositif

Description

Données Clés et Résultats

3114

Numéro national d'appel pour la prévention du suicide, accessible 24/7.

Plus de 1000 appels par jour. Un budget de 23 millions d'euros.

Vigilance

Dispositif de recontact des personnes passées aux urgences pour une tentative de suicide.

Réduit de 38 % le risque de réitération suicidaire. Retour sur investissement de 2 € pour 1 € investi. Aujourd'hui généralisé à 17 régions.

Prévention de la contagion suicidaire

Plans d'action locaux menés avec les Agences Régionales de Santé (ARS) et les élus pour prévenir les phénomènes de contagion après un suicide.

Efficacité démontrée par des retours d'expérience qualitatifs.

4. Enjeux, Débats et Perspectives

La "Grande Cause Nationale 2025" : Une Opportunité Mitigée

Reconnue comme une opportunité indéniable, la mise en œuvre de la "Grande Cause" a subi un "retard à l'embrayage" en raison du contexte politique (changement de gouvernement). Cependant, elle a permis de :

• Relancer la mobilisation interministérielle sur des thématiques transversales.

• Prioriser et concrétiser des projets, comme la campagne grand public de Santé publique France.

• Labelliser plus de 750 projets locaux, démontrant une appropriation territoriale.

Le Défi des Moyens Humains et de la Mise en Œuvre Locale

Un consensus émerge sur le fait que le diagnostic est connu, mais que l'action sur le terrain manque cruellement de moyens.

• La prévention et le repérage précoce se heurtent à une pénurie de professionnels (infirmières scolaires, médecins scolaires, psychologues).

• Les dispositifs comme les Conseils Locaux de Santé Mentale (CLSM) et les Projets Territoriaux de Santé Mentale (PTSM) visent à améliorer la coordination locale, mais la marche reste haute.

Le Modèle Économique de la Prévention

Le débat met en lumière une tension structurelle dans le système de santé français.

• Faiblesse de l'investissement : Les dépenses de prévention en France représentent 2 à 3 % des dépenses de santé, un niveau bas comparé aux standards de l'OCDE. La France a historiquement privilégié une culture du soin curatif.

• Logique de court terme : Les décideurs politiques sont contraints par des arbitrages budgétaires annuels, alors que les retours sur investissement de la prévention s'étalent sur plusieurs années. Le coût sociétal total des suicides et tentatives de suicide a été estimé à 24 milliards d'euros en 2019.

• Débat sur la pluriannualité : La proposition d'une loi de programmation pluriannuelle pour la santé mentale est avancée pour garantir des investissements à long terme. La DGS exprime une réserve, soulignant que la multiplication de telles lois rigidifie la dépense publique.

Le Dispositif "Mon Soutien Psi"

Ce dispositif, qui permet une prise en charge de séances de psychologue, est reconnu comme un progrès pour lever les freins financiers.

Il est cependant noté qu'il a pu contribuer à une "fuite" des psychologues du secteur public (hôpitaux, Centres Médico-Psychologiques) vers le secteur libéral, affaiblissant la prise en charge des troubles plus lourds qui nécessitent une approche pluridisciplinaire.

5. Focus sur des Populations Spécifiques

• Personnes âgées : Le taux de suicide chez les 85-94 ans est de 35 pour 100 000, soit près du triple du taux de la population générale, un chiffre largement attribué à l'isolement.

• Jeunes : Le harcèlement scolaire est identifié comme un facteur de risque majeur. La DGS collabore étroitement avec l'Éducation Nationale pour déployer les programmes de compétences psychosociales afin de mieux armer les élèves.

• Agriculteurs : Cette population connaît des taux de suicide extrêmement élevés. Des dispositifs spécifiques comme les "sentinelles" sont déployés par la MSA dans le cadre du suivi du mal-être agricole.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf106), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 1: Jianbo Jian

The authors provide a high-quality reference genome for the Ural Owl (Strix uralensis), these genomic resources are valuable for conservation and evolution. The manuscript is well-written, and the scientific story with cell culture for conservation is interesting. I have some questions or comments as following: 1、 in abstract， the N50 is contig or scaffold？ 2、For the GenomeScope analysis, the estimated genome size is 1.29 Gb with low heterozygosity (0.2%). The assembled genome size is 1.38 Gb. Could there be duplicated genome sequences in the assembly, or did the genome survey evaluation exclude some k-mers? What were the parameters used in GenomeScope2 (e.g., was the -h parameter set to its default value)? 3、How do you perform the decontamination？ 4、For the Hi-C contact map, due to some chromosomes are considerably larger while others are much smaller, it is suggested that the larger chromosomes could be displayed independently from the smaller ones to enhance clarity and interpretation.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf106), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 2: Luohao Xu

This manuscript provides a high-quality genome of Ural owl which is of evolutionary and ecological importance, as well as cell cultures that is worth exploration for endangered species. But Oral owl does not seem to be an endangered species?

One chromosomal fusion was identified, but it is very important to specific which chromosome. The chromosomes are very conserved in birds. The authors should follow the chromosome nomenclature according to chicken chromosome homology (http://pnas.org/doi/10.1073/pnas.2216641120).

"bird microchromosomes have a higher density of genes" is already known for 20 years, so no need to confirm again.

It is very speculative to link karatin gene expansions to flight adaptions. I suggest to revise this statement throughout the manuscript.

The first paragraph lacks any citations. And the statements are not fully accurate because there are already reference genomes in Strigiformes (owls), some of which were generated by the bioEarch project.

L120, I don't think this is true?

L131, remove million?

L158, again, the authors need to make sure that those chromosomes are homologous to chicken chromosomes. It is known that the 10 smallest microchromosomes are difficult for assembly due to HiFi sequencing dropout (Huang 2023 PNAS). I am curious whether the 10 smallest microchromosomes (or dot chromosomes) have been correctly assembled? The figure 3 does not seem to show this information.

For the 17 lost genes, are they lost in all reference genomes, or just "supported by more than one reference genome" (L260)?

It is not surprising to me that kerain, immune and olfactory receptor genes are independently expanded in different bird lineages.

L284-285, this statement is not true, because females also have a Z chromosome. Maybe the sequence coverage of the Z chromosome can be used to confirm the sex.

L361, cite B10K publications.

L370, "identified" should be "confirmed"?

L378, this is a bit misleading, because it is clear that barn owls have microchromosomes.

L382, "mainly composed of centromeric satellite DNA", and L387-388 are not true. LINEs the LTRs should still be the major repeat contents.

L395-396, "In birds, microchromosomes possibly originate from chromosome fission.", this is not true, again see Huang 2023 PNAS.

The paragraph starting from L394 is already well know. No need to discuss this. Overall, the discussion part needs to be streamlined, including the paragraph at L434 and L455

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf089), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 3:Weihua Li

(1) In the abstract, the statement 'WaveSeekerNet achieves scores of up to the maximum 1.0 across all evaluation metrics, including F1-score (Macro Average)' appears to slightly deviate from the actual experimental results. (2) In data preprocessing, the reasoning behind selecting and keeping the earliest collected sequence when duplicate sequences are encountered should be explained. (3) Compared with Figure 4, Figure 5 demonstrates performance improvements in most cases, but why is this not observed for some results in Figure 4d? (4) Could the oversampling/undersampling methods employed in the study introduce any potential biases to the analysis? (5) Given that VADR can provide viral classification and annotation information—which serves as the benchmark in this study, what specific advantages does WaveSeekerNet offer for subtype classification? (6) The paper employs 10-fold cross-validation to assess generalizability, yet the data processing section describes a temporal split (pre-2020 for training). Could the "Model Training and Testing" section provide further clarification on this?

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf089), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 1:Will Dampier

The manuscript presented by Nguyen et al. is well written, well researched, and well executed. The use of this new "wavelet style" neural network shows both an increased training efficiency and improved accuracy at detecting influenza subtypes for surveillance. However, I think their comparison to a 'plain' Transformer model does not take advantage of the improvements in pre-training and transfer-learning that have become standard practice in deep-learning. I have also included some stylistic suggestions to improve the figures as presented. After addressing these comments, I believe that this will become a very strong manuscript.

Major Comments:

The authors present a comparison between their new wavelet architecture and a standard transformer architecture using a one-hot encoded vector of amino-acids. I believe that this is the correct 'null model' to compare your wavelet architecture to, however, it does not represent the 'state of the art' in utilizing transformers for sequence analysis. As I'm sure the authors are aware, the disadvantage of transformers is that they take an extensive amount of training (they note the transformer only models take 2-4X more training epochs to converge). However, the advantage they bring is that they can be extensively trained for one task and then transfer that learning to another related task. A number of models have been pre-trained on giant collections of proteins Asgari et al, https://doi.org/10.1371/journal.pone.0141287 and Rives et al https://doi.org/10.1073/pnas.2016239118 which then allow one to transfer that knowledge to different domains with fewer examples such as demonstrated in Dampier et al https://doi.org/10.3389/fviro.2022.880618. It would be interesting to see whether your wavelet model defeats these pre-trained models with transfer learning. If you showed that, you could argue that there is no need for the extensive expense of 'foundational models'.

The authors discuss that there is a significant imbalance in the training set and they used up-sampling and limiting to balance out the class representation. Since the classes are not equally represented, the model may not be equally able to predict each class. And the high metrics may only be a representation of its ability to predict the popular classes correctly. The authors should include an additional set of figures (supplemental is fine) that show the metrics broken out by Subtype. It would also be interesting to see a graph of the class-size (before up-sampling) vs F1-score (or another metric) on that class. This could provide lower-bounds for how many samples are needed to train the model.

Minor Comments:

Figures 3, 4, and 5: These would benefit from a linked y-axis. It is hard to compare across A/B/C/D when the axes have different y-limits.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf017), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 2: Ann-Katrin Llarena

Nasr and colleagues present an, at times, well-written manuscript with an interesting and robust pipeline that includes well-known softwares (you must make sure to cite the authors of these). However, the manuscript is, quote "...a collection of Galaxy-based FAIR workflows employing state-of-the-art tools to detect and track pathogens from metagenomic Nanopore sequencing". Its repeated how well it works, they even compare it to other software in table 1 (without proper benchmark). These initial statements are however not supported by the findings. The Salmonelal from the spiked samples are, as expected from food matrix present in low quantity), difficult to do more than state that the genus is present, and only a fraction of the samples can actually "complete" the entire pipeline. Also, the benchmarking is not really benchmarking (compare and measure this software against other competing software). No such comparison is done, and even though the intention of PathoGFAIR as stated throughout the paper, is detection and analysis of metagenomic samples, the benchmarking is done on isolate based wgs. It is also evident that the authors are not microbiologists as the manuscript is riddled with taxonomical misunderstandings about the vast genus Salmonella and when to use capital letters and italics. I am also lacking a proper discussion here on the results found in the spiking experiment in light of current EU legislation on Salmonella. Can this pipeline help in this regard? Sensitivity and specificity metrics are also lacking.

Abstract: "foodborne pathogen data" / "metagenomic Nanopore pathogenic data" - suggest to rewrite, as what I think you are trying to say is " initially developed to detect foodborne pathogens from metagenomic nanopore data, the workflow can be used to detect any pathogen." "Colony-forming unit and Cycle Threshold values." rewrite sentence, I do not completely understand what you are trying to say. what is "sufficient colony forming units?" It will vary as well between pathogens (infection dose varies). You could rather state your sensitivity of the pipeline here - even though i think that sampling prep, library prep and seq influences that more than the bioinformatics. "In any sample": did you test all matrixes? "sample is isolated or incubated before seq" you cannot isolate a sample, but you isolate a bacteria from a sample. unprecise language.

Introduction: In general, its well written, but a bit unprecise here and there. The authors also rely a lot on the following words: "rapid" "accurate". "outbreaks and epidemics" - rewrite, these are the same. "efforts to mitigate their spread and ensure food safety" again, complementary terms - rewrite. "global public health authorities" we do have everything from local to global food safety and public health authorities, I think one should highlight this. There is a difference between for instance EFSA and ECDC. "isolation can be complex"? do you mean complicated or work intensive? "The utilisation of Nanopore sequencing data, as exemplified in studies like [7]," citing practices like this is not really reader friendly. Suggest to write what they actually did in seven (as for instance the detection of blah in blah as shown in 7). "Once (meta)genomics data has been generated, bioinformatics approaches enable the rapid and accurate detection"; repetition of chapter above. You write in the former chapter that "the utilisation of nanopore data" which also includes bioinformatics of course. SURPI and Sunbeam is freely available? https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-019-0658-x https://chiulab.ucsf.edu/surpi/

"PathoGFAIR: pathogen identification and tracking from metagenomics". Im not convinced that it can perform tracing in an outbreak where only a few SNPs are allowed. PathoGFAIR does not really speed up the process of sampling, does it. Actually, it takes more time to extract crude dna from a sample than to place it in a enrichment broth or do a dilution series, so the presteps are not really a part of this. "Tracking pathogens" - again, if species level is the lowest rank it can go to, its not enough to perform tracking.

Overview chapter "input data is seq data generated w nanopore" basecalling is not included in the workflow? How is this performed? It affects the quality of the reads, so its nice to know what you did. The chapter is very wordy, and contains a lot of fill-words with salespitches almost. I would recommend rewriting it, for instance: Chapter that starts with subsequently and describes the different workflows and how they work together can be compressed. And the last three sections are salespitching.

WF1: Preprocessing: How stringent filtering and quality control are implemented in the workflow? How good quality do you need for the wp2-4 to work sufficiently well? Did you test? Food vehicle animal? What is that - do you mean that if you extract dna from bovine meat, you map to bovine genome? "a tool ten times faster etc etc." is discussion and should be removed from what I think is materials and methods even though the title of the section is workflow 1. What is a food host? Kalamari database includes many foodborne pathogens, such as Shigella, E. coli, Campylobacter etc etc. how can you just remove all reads that match to this database? Table 1: Innuendo is based on isolate WGS, and not intended for WGS. Also, it has its own built in wgMLST schema employed using chewbbacca, so it definitely has allele-abased pathogen identification. Its intended for illumina data. Victors are strictly a platform to analyse virulence factors and not intended even for taxonomic profiling, and its webinterface doesn't work. IDseq has step-by-step guides available on their webpage, so I think that qualifies as a tutorial. You can also contact them (user support). I guess the same is true for OneCodex, as you actually pay for that one. So the table is unprecise at best and should be corrected (I didn't go through Submeam, SURPI or PAIPline specs to try to check if you got it correctly). Rewrite this. Further, I think you should only include systems / pipelines that are intended for metagenomics. You have a footnote * that I cannot see in the table as well.

WF2 taxonomy profiling: The first sentence needs rewriting. Two sentences from "Although Kraken2 is a tool design…….." belongs in discussion. WF3: Medaka consensus pipeline : "This task is performed using neural networks applied from a pileup of individual sequencing reads against a draft assembly. " what draft assembly did you use here to create a consensus sequence? Actually, its not polishing contigs, its assemblying them? Again, there is some descriptions of the software which belongs in the discussion, say the perks one gets from using this tool over the other. I do not however get how screening for virulence genes = pathogen identification. The thing is that in a complex food matrix or faecal samples from animals, things like stx phages will also be present. These are not stec pathogens unless the phage is inside an e.coli. How do you make sure of the host for such mobile genetic elements as these virulence and amr genes often are located on? Seeing as this is the basis of your pathogen detection?

WF4: A bit again on choosing software over the other that is discussion food. Wf4/wf5: I am worried about the reliance on snp based technics for nanopore reads. Is the quality good enough to achieve sufficiently robust results? Easily adaptable workflows Last section is repetition (about each wf operating independently) Use cases: Data generation: Please revise how to write Salmonella names correctly. They should be in italics for genus, species and subspecies names, while the serovar/serotype is non italic and capital letter. So the correct term would be: * Salmonella enterica subsp. enterica serovar Houtenae, or in short; Salmonella Houtenae. * The strain DSM554 is of serovar Typhimurium, and this should referenced like this: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium strain DSM 554 First two sentences are contradictory to eachother? Sentence starting "15 samples were incubated"; don't start sentence with number, it looks like 33.15 How much meat did you use? What CFU/g does these ct values translate too? Its important to know the sensitivity relative to legislation. The limit is zero in 100grams, but I don't assume you tested 100g? What does adaptive sampling mean? To exclude chicken DNA? The point v sentence under description of supplementary table t1 is a bit weird punctuation Gene-based pathogen identification: Working with meat to detect low abundance pathogenic bacteria is challenging without enrichment of the expected pathogen with selective methods. Just incubating it a x temperature might work for some bacteria, but others need special atmosphere (campylobacter, clostridia) and nutrients. How do you accommodate this? Figure 2 B: The grey bares samples ? why are they collapsed in the left corner? And shy are sdhA and mucD highlighted? Also, please put genes in italics. the grey bars on the right (y-axis) are not annotated? To which reference genome are the barplot in d referring to? I can see for instance in f that there is a number of snps or variants for the Houtenae and Typhimurium, but not Salamae, was the latter used as reference? "an AIDA autotransporter-like protein, only found in Enterica strain samples but not in samples spiked with Houtenae or Salamae strains." All these strains are of the subspecies enterica Figure 3: punctuations a bit off here and there. Why do you operate with cfu/ml? You added it to meat? It should be cfu/g? It would be nice with a presentation of the resistance panel of the three spiked strains before presenting the amr genes. "Similar but inverse relations are observed for CFU/mL value (Figure 3 C & D), with a threshold for VF and AMR gene detection at 106 ." cfu/ml of what? The rinse? Added ml? I don't even know how much meat were included in the dna extractions. "The further the samples are from these thresholds, the higher the number of VF genes and AMR genes identified. Indeed, the three top scattered dots with identified VF genes between 250 and 300 (Figure 3 A, C, E) are the samples with the highest number of reads, higher CFU/mL value, and a relatively lower Ct value compared to other samples." The tendency is ok, but not all. For instance, you have several exceptions here for both amr genes and vf genes. Maybe mark the dots after say spiked strain/enrichment or not?

Discussion bit here : "enerally, allowing samples to incubate for a short period before se quencing enhances microbial growth, resulting in higher CFU/mL values and lower Ct values. This increase in microbial concentra tion improves the efficiency of direct sequencing by providing more genetic material for analysis, facilitating faster and more accurate pathogen detection. "

Allele-based pathogen identification: "Salmonella enterica subspecies enterica serovar typhimarium (NC_003197.2)": see earlier comment on writing correct taxonomically for Salmonella. "However, given the diversity among Salmonella subspecies in the samples, a high number of complex variants and SNPs were anticipated. " You only operate with ONE subspecies of Salmonella - S. enterica subsp. enterica. That's the relevant subspecies, and contains over 2500 serovariants. I don't understand this process; in an outbreak setting you are dependent on tracing, i.e. showing that you isolates are clonal. Pathogfair relies on mapping to a reference genome, but that again relies on isolation of suspected isolate and building a high quality assembly for the allel-based pathogen identification to work. Its not enough to just show that you have that or that serotype, you will have to show that they are clonal (i.e. separated by a limited number of SNPs, say max 20 snps over the full length of the chromosome). This method cannot do this. Samples with prior pathogen isolation: Do understand you correctly that you now exstract dna from isolates? Not whole samples matrix? If so, how is this benchmarking a pipeline intended for metagenomics sequencing? If you were to extract dna from feces/ food and then use your pipeline, that would be benchmarking. However, this doesn't prove that your pipeline works as you intend it to/or claim that it does. How were the samples prepared? If isolates, extraction method and sequencing techniques? Species name is written non-capitalized first letter, so Campylobacter jejuni. All gene names should be italicized. Suggest rewriting sentence: The wet lab procedures performed to isolate and prepare these samples for sequencing adhered to standard microbiological techniques, including cultivation, enrich ment, and isolation steps" to reflect actual sequel; enrichment, cultivation and isolation and verification." Conclusion: If for use for solely isolates, I think assemblies are a better way to go than this pipeline; its more reliable for clonality analysis needed in outbreaks. "We further supported the scientific community by introducing new 46 benchmark samples, making them publicly available. This demonstrates our significant investment of time and resources, providing valuable assets for future research." There are now 82000 c. jejuni just on ncbi, of which 600 are complete. Salmonella genomes are clocking on 524500 assemblies on enterobase. The contribution of these strains are not because they are new samples, but because your isolates represent data from an underrepresented region of the world, namely Palestine.

Supplmentary figure s4 is cropped so that x-line annotation is not visible. SFigure 5 Midpoint root amr phylogenetic tree? Supplementary table 1: its unclear for me if you added this amount of bacteria or it was the result of after 1h or 24h enrichment. Also, I don't understand how much meat you used for the dna extraction. Same goes for ct values.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf017), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 1: Federico Zambelli

The authors present PathoGFAIR, a set of Galaxy workflows for the metagenomic analysis of shotgun Nanopore sequencing from isolated and non-isolated pathogens in contaminated food samples. They complement their work by analysing and releasing two datasets, one from isolated and the other from non-isolated samples, with the primary objective of illustrating the potentiality of the workflows. These datasets could also be used as benchmarks for future works.

The manuscript is generally well-written, and the authors highlight the advantages of the proposed workflows in Table 1 by comparing them to similar solutions. The workflows are well integrated into the Galaxy network, are available on the three main usegalaxy instances, and provide a thorough tutorial through the Galaxy training platform. A notable advantage of PathoGFAIR over similar workflows is that, thanks to Galaxy, the final user can easily tailor them by replacing any tool in the workflow with others available in the Galaxy ecosystem. This also allows easy updates for the tools in the workflows.

A few minor points that, if addressed, in my opinion, could further strengthen the manuscript:

1 - The rationale behind the tool selection in each of the four workflows is not always clear. While insights are present for workflows 1 and 4, this is not true for workflows 2 and 3. The reader would benefit from understanding why one tool has been preferred over another for the same task, even more so, given the possibility to modify the workflows easily, when this preference could be the other way around in particular use cases or conditions.

2—One of the main factors for a successful metagenomic analysis is the correctness, completeness, and up-to-dateness of the reference data. The authors should briefly describe how PathoGFAIR addresses this in Galaxy.

3—While this workflow is clearly stated to be tailored for shotgun metagenomic sequencing, the authors contrast this approach only with targeted sequencing. Instead, they should also discuss the 16s rRNA metagenomic approach, for which Nanopore kits are available, and why PathoGFAIR has been limited to the analysis of shotgun data.

Synthèse de l'Audition de la Défenseure des droits sur la Santé Mentale et le Handicap

Résumé

L'audition de la Défenseure des droits devant la commission d'enquête de l'Assemblée nationale dresse un tableau alarmant des défaillances systémiques dans la prise en charge de la santé mentale et du handicap en France.

Le handicap constitue le premier motif de saisine pour discrimination (22 % des réclamations en 2024), soulignant un écart persistant entre les droits annoncés et leur effectivité.

Les politiques de santé mentale sont jugées gravement insuffisantes, tant pour les majeurs que pour les mineurs.

La situation est particulièrement critique en milieu carcéral, où la surreprésentation des troubles mentaux, conjuguée à la surpopulation et au manque de soins, conduit à des traitements qualifiés d'inhumains.

Pour les jeunes, les données sont alarmantes (25 % souffrent de dépression), mais les services de pédopsychiatrie sont saturés, avec des délais d'attente dépassant un an, et un manque criant de données fiables pour piloter les politiques publiques.

Le recours abusif à l'isolement et à la contention, notamment sur des mineurs hospitalisés en services pour adultes sans contrôle judiciaire, constitue une atteinte grave aux droits fondamentaux.

Concernant le handicap, la loi de 2005, bien qu'ayant permis des avancées, est loin d'être intégralement appliquée.

L'éducation inclusive reste un défi majeur, marqué par un manque d'AESH, des difficultés d'aménagement des examens et une absence de données précises sur le temps de scolarisation réel.

L'emploi demeure le premier domaine de discrimination, et l'accessibilité (transports, logement, numérique) accuse un retard considérable. Les aides à l'autonomie sont insuffisantes et inégalitaires, notamment en raison du maintien d'une barrière d'âge à 60 ans.

La Défenseure des droits insiste sur le fait que le non-respect des droits fondamentaux représente un coût social et économique élevé à terme, bien supérieur à celui d'un investissement dans la prévention et une prise en charge effective.

L'urgence est de commencer par appliquer les textes existants et de prendre conscience de la détresse de la jeunesse.

Introduction : Rôle et Observations du Défenseur des droits

L'institution du Défenseur des droits est un observateur privilégié des carences des politiques publiques, car la question des droits des personnes handicapées traverse l'intégralité de ses cinq missions :

• 1. Droits des usagers des services publics

• 2. Lutte contre les discriminations

• 3. Protection des droits des enfants

• 4. Déontologie des forces de sécurité

• 5. Protection des lanceurs d'alerte

L'institution est également chargée du suivi de l'application de la Convention internationale relative aux droits des personnes handicapées (CIDPH), ratifiée par la France en 2019.

Le Handicap : Premier Motif de Discrimination

Depuis plusieurs années, le handicap est le premier motif de saisine en matière de discrimination. Cette constance révèle une problématique structurelle profonde.

Année

Nombre total de saisines (Discrimination)

Part relative au handicap

Nombre de réclamations (Handicap)

2024

5 679

22%

1 249

Ces discriminations s'exercent dans de multiples domaines, incluant l'emploi, la scolarisation, la santé, la justice, les loisirs, le sport et la culture. L'institution se positionne comme un "très bon observatoire de ce qui ne va pas", mettant en lumière l'écart entre le droit annoncé et son effectivité sur le terrain.

L'Argument Central : Le Coût du Non-Respect des Droits

La Défenseure des droits conteste fermement l'idée que l'application des droits fondamentaux représenterait un coût financier trop important.

Elle soutient au contraire que "c'est le non-respect des droits fondamentaux qui entraînera à terme un coût élevé pour la société", un argument particulièrement pertinent en période d'incertitude budgétaire.

Les Défaillances dans la Prise en Charge de la Santé Mentale

La Situation des Personnes Majeures

La réponse des pouvoirs publics à la crise de la santé mentale, aggravée par la pandémie de Covid-19, reste insuffisante. Un Français sur trois sera confronté à un trouble psychiatrique au cours de sa vie. Les défaillances sont multiples :

• Quantitatives : Offres de soins trop faibles, capacités d'hospitalisation limitées, déserts médicaux.

• Organisationnelles : Système mal organisé et cloisonné entre le sanitaire et le médico-social.

• Humaines : Le secteur de la psychiatrie peine à recruter alors que les besoins augmentent.

Ces carences entraînent des atteintes graves et répétées aux droits fondamentaux, notamment le droit à la santé, avec des délais d'attente excessifs, des ruptures de soins et des inégalités territoriales criantes qui pénalisent les plus précaires.

Cas Spécifique : La Santé Mentale des Personnes Détenues

La santé mentale des personnes détenues se dégrade faute d'un accompagnement adapté.

• Statistiques : Entre juillet 2024 et juillet 2025, la plateforme d'appel pour les détenus (3141) a reçu 1 065 appels (7,6%) pour des difficultés d'accès aux soins et 106 appels spécifiques pour un risque suicidaire.

• Causes de la surreprésentation des troubles mentaux :

• 1. Une politique de désinstitutionnalisation qui a réduit les lits en psychiatrie sans développer de services de proximité en relais.  
• 2. Une diminution du nombre de personnes déclarées pénalement irresponsables, qui se retrouvent de ce fait en prison.

• Conséquence juridique : Maintenir en détention une personne nécessitant une prise en charge médicale revient à lui infliger des "traitements inhumains", comme l'a souligné la Cour européenne des droits de l'homme (arrêt GC c. France, 2012).

• Facteurs aggravants : La surpopulation carcérale et l'absence de continuité des soins à la sortie, qui augmente le risque de récidive.

La Situation des Mineurs

Les résultats d'une étude de 2025 (Institut Montaigne, Mutualité française, Institut Teram) sont jugés alarmants :

• 25% des jeunes (15-29 ans) souffrent de dépression.

• Ce chiffre atteint 39% dans les outre-mer, avec des pics à plus de 50% en Guyane, 44% en Martinique et 43% à Mayotte.

Problèmes Structurels Identifiés

1. Manque de données fiables : L'absence de données agrégées au niveau national sur le nombre d'enfants en attente de prise en charge fragilise le pilotage des politiques publiques.

Le rapport de la Cour des comptes de 2023 sur la pédopsychiatrie estime que sur 1,6 million d'enfants avec un trouble psychique, seuls 50 à 53% bénéficient de soins.

2. Inégalités territoriales et pénurie de médecins : La politique du "virage ambulatoire" a renforcé le rôle des Centres Médico-Psychologiques (CMP), mais leur répartition est inégale (10 par département en moyenne, avec de fortes disparités).

Les délais pour obtenir un premier rendez-vous dépassent souvent un an, ce qui est incompatible avec la nécessité d'une intervention rapide.

3. Prise en charge inadaptée : Une source d'inquiétude majeure est l'hospitalisation d'enfants et d'adolescents au sein de services psychiatriques pour adultes, souvent par défaut de solutions dans le secteur médico-social ou en protection de l'enfance.

Mesures d'Isolement et de Contention : Des Pratiques Abusives

Le manque d'effectifs conduit trop souvent à des restrictions injustifiées des libertés, telles que des mesures d'isolement et de contention.

• Pour les majeurs : Le contrôle systématique par un juge des libertés et de la détention (JLD) pour les hospitalisations sans consentement est jugé peu efficace.

Il repose principalement sur l'avis médical, et seules 10% des décisions aboutissent à une levée de la mesure. De plus, aucun contrôle judiciaire n'est prévu pour les soins ambulatoires sans consentement.

• Pour les mineurs : La situation est encore plus préoccupante. Un mineur hospitalisé à la demande de ses parents est placé sous le régime de "soins libres" et ne bénéficie d'aucun contrôle du JLD, même en cas d'isolement ou de contention.

Ce vide juridique constitue une atteinte grave à leurs droits fondamentaux.

Cas emblématique

Une adolescente de 15 ans, atteinte d'autisme sévère, a été hospitalisée pendant plus de deux ans dans un service psychiatrique pour adultes, faute de place en structure médico-sociale. Durant cette période, elle a été :

• Confinée dans une chambre d'isolement verrouillée plus de 20 heures par jour.

• Déscolarisée.

• Privée de soins somatiques essentiels (ex: soins dentaires). Cette situation, loin d'être un cas isolé, illustre les conséquences dramatiques du manque de solutions adaptées.

Les Lacunes des Politiques Publiques Relatives au Handicap

Éducation : Un Droit Garanti mais un Accès Difficile

La loi de 2005 a permis une impulsion mais n'est toujours pas intégralement appliquée.

• Statistiques : 30% des saisines relatives aux droits de l'enfant concernent la scolarisation d'enfants en situation de handicap.

• Obstacles persistants : Inadaptation des locaux et du matériel, rigidité des programmes, formation insuffisante des professionnels.

• Accompagnement (AESH) : Malgré la création de postes, le manque persiste. La loi du 27 mai 2024 prévoyant la prise en charge de l'accompagnement sur le temps méridien par l'État est "très loin d'être effective" en raison de blocages entre les collectivités et les académies.

• Aménagements des examens : Une augmentation inquiétante des réclamations a été constatée en 2024 concernant des refus d'aménagement pour des élèves ou étudiants, parfois au prétexte paradoxal que leurs résultats scolaires étaient bons.

Emploi : Premier Domaine de Discrimination

L'emploi est le domaine où s'exercent le plus de discriminations liées au handicap. Sur les 1 249 réclamations de 2024, 21% concernent l'emploi privé et 24% l'emploi public. L'obligation d'emploi de 6% ne suffit pas à garantir l'égalité de traitement.

• Difficultés récurrentes :

◦ Aménagement tardif du poste de travail.    ◦ Non-respect par l'employeur des préconisations du médecin du travail.    ◦ Difficultés de maintien dans l'emploi, menant à des licenciements ou des démissions forcées.

Accessibilité : Un Retard Important et Persistant

L'accessibilité est une condition essentielle à la participation sociale et à la jouissance des droits.

• Transports : La loi a été modifiée pour ne concerner que les "points d'arrêt prioritaires", ce qui est jugé insuffisant.

• Logement : L'assouplissement des règles via la loi ELAN est une source d'inquiétude.

• Accessibilité numérique : La dématérialisation a des effets ambivalents. Selon l'ARCOM, peu de sites publics atteignent 50% d'accessibilité et seulement 5% sont totalement conformes. L'ordonnance de septembre 2023 renforçant les sanctions est saluée, mais elle doit s'accompagner du maintien d'accueils physiques accessibles.

Aides à l'Autonomie : Insuffisantes et Inégales

Vingt ans après la loi de 2005, le droit à la compensation du handicap présente des limites flagrantes.

• Barrière de l'âge : Une différence de traitement persiste selon que le handicap survient avant ou après 60 ans. La fusion des régimes, prévue pour 2010, n'a pas eu lieu.

• Prestation de Compensation du Handicap (PCH) :

◦ L'aide humaine est limitée aux besoins essentiels, excluant la vie sociale.    ◦ Les aides techniques sont sous-financées.    ◦ La PCH parentalité (2021) est critiquée pour ses critères restrictifs et son forfait inadapté.

Conclusion et Recommandations Principales

La Défenseure des droits conclut en réaffirmant l'engagement de son institution et formule plusieurs pistes d'action prioritaires :

1. Application des textes existants : La première urgence, notamment pour le handicap, est "l'application pure et simple des textes votés par le parlement" et la publication des décrets d'application en attente.

2. Priorité à la jeunesse : La santé mentale, grande cause nationale en 2025, doit se traduire par une "véritable prise de conscience collective", en particulier pour les jeunes qui ne peuvent être laissés sans réponse. L'investissement dans les CMP et le dépistage précoce est essentiel.

3. Nécessité de données fiables : Il est impératif de collecter et d'agréger des données précises (ex: nombre d'heures de scolarisation effectives, nombre d'enfants en attente de place en IME) pour permettre un pilotage éclairé des politiques publiques.

4. Formation des acteurs : Une meilleure formation des employeurs sur "l'aménagement raisonnable", des enseignants et des professionnels de santé est indispensable pour faire évoluer les pratiques.

5. Abaisser la barrière d'âge de 60 ans : Il est nécessaire de mettre fin à cette distinction qui crée des inégalités de traitement injustifiées.

6. Décloisonner les systèmes : Améliorer l'articulation entre les secteurs sanitaire, médico-social et éducatif est crucial pour assurer une fluidité des parcours et éviter les ruptures de prise en charge.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf097), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 3: Cristian Canestro

TO THE AUTHORS

In this MS entitled 'First chromosome-level genome assembly of the colonial chordate model Botryllus schlosseri (Tunicata)', Olivier De Thier and colleagues report the first chromosome-scale assembly of this colonial ascidian specie, paying special attention to differences with previous published assemblies and importantly between haplotypes. The MS is very well written, very easy and pleasant to read. This provides data of great quality and very relevant not only for the ascidian/tunicate community, but to the field of genome structural evolution. I firmly recommend it for publication, although I think that the authors could discuss it in deeper detail. Specially, I miss for instance a more elaborate discussion of the results in our understanding of the similarities and differences between clades that have been published in the last years (I have not been able to find some relevant articles in this regard cited in the bibliography). I also feel that a deeper analysis of the differences between haplotypes could be very interesting, unless they are artifactual effects of the assemblies. As mentioned below, unless this is part of a longer story for a different MS beyond the scope of this one, I encourage the authors to validate some of the differences they find between haplotypes, and try to correlate the structural variations, with differences in gene counts between haplotypes, and to explore whether these differences could be correlated with aspects of biological relevance. I miss, for instance, Venn diagrams with gene contents between previous assemblies, and the haplotypes/haploid genome here reported. In any case, I firmly recommend this MS for publications, since most of my suggestions are not intended to interrogate the results of the MS, but to improve it, but I also understand that some may go beyond the scope of this MS.

Minor points: Introduction Page 1: "the basic body plan of adult tunicates is highly conserved across the entire subphylum [3]". This sentence, which could be OK for ascidians, probably provides a highly simplified vision of Tunicate adult morphologies, specially comparing the divergent morphologies of Thaliaceans and Appendicularians. Please, elaborate the sentence.

To understand the comparisons between the data of this MS and previously reported genomes, it seems crucial to understand well the meaning of the "clades and subclades". Please, include in the introduction (or where needed), how are defined those clades, which are their origins and biological/geographical differences, … and all the critical information that will specially help non-tunicate readers to understand the results.

Results: The authors refer to the presence of large-scale genomic palindromes in Bs1 and Bs3. But it is unclear what are these structures. I suggest to please provide some more detailed explanation about the palindromic nature of these regions.

The data of haplotype-resolved assemblies is very interesting. I wonder if it is possible to somehow measure the amount of heterozygosity between haplotype 1 and 2, and those versus the previous versions of the genome, to better understand intra and inter-variation between subclades? The differences of the size of some regions between Colombera and this study, and even between haplotypes 1 and 2, are very interesting. I would find more informative to merge the three graphs of Figure S9 into one single graph, so we can also easily compare the different in sizes of the haplotypes with the haploid. If some of those differences are actually due to deletions, that would deserve further analysis. If this analysis is not part of another ongoing project that will be published somewhere else, I suggest identifying with a dot-plot some of those differences, specially between haplotypes, and validate with long-reads crossing those regions whether some of the deletions are real or artifactual. Please, include the dotplot graph together with the two haplotypes in figure S10. In those cases that could be real, it would be very interesting what genes are gone, and if those are not placed somewhere else in the genome as result of translocations, or those genes are actually gone and could explain some of the differences reported in the gen count between haplotypes.

The authors mentioned the presence of multiple structural variations, although some of which could be artifactual of miss-assemblies. Interestingly, the plot of the synteny blocks between the two haplotypes in figure S11 shows some of those structural variations, including cases of: - deletions: for instance, there are "blank" regions in Bs1A and Bs3A with no lines, which may reflect areas that are not present in the haplotype B. - duplications and translocations within chromosomes or between chromosomes of different haplotypes. Just looking to this plot, I wonder how the distribution of chromosomes between haplotypes is done. For instance, I see that Bs7B shares a duplicated synteny block with chromosomes Bs10B and Bs14B, but not with Bs10A and Bs10B, which means that the duplications are intra-haplotype present in B but not in A. But I wonder if it is possible that Bs10B and Bs14B could be in fact switched to haplotype A, and therefore there would be no duplication nor deletion in one of the haplotypes, just a simple translocation. I may be wrong in the interpretation, but I'm curious to understand the graph. In any case, again, as mentioned above, it would be worthy to validate some of those variations with long reads, which could illuminate the biological relevance between the haplotypes and discard potential artifactual errors of the assemblies.

I notice that in figures 7 and S13, some lines are thicker than others. Is this because many "thin" lines are overlapped, and they look like a "thick" line. Otherwise, the visual effect of different thicknesses could be misleading. Please, clarify.

In the analysis of the Hox cluster the authors say "[…] our new assembly revealed that B. schlosseri's Hox genes are not scattered. Instead, eight of them were clustered on the second largest scaffold (Bs2), whereas two other ones are found on the 15th largest scaffold (Bs15)." Generally, the description of the Hox gene in a cluster refers to the fact they are in the vicinity, with near not many other genes in between Hox genes. Therefore, I would not describe that eight Hox genes are clustered by the simple fact that they are in the same chromosome (maybe even in different arms).

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf097), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 2: Tilman Schell

Review of

First chromosome-level genome assembly of the colonial chordate model Botryllus schlosseri (Tunicata)

from

Olivier De Thier, Marie Lebel, Mohammed M. Tawfeeq, Roland Faure, Philippe Dru, Simon Blanchoud, Alexandre Alié, Federico D. Brown, Jean-François Flot and Stefano Tiozzo

Comments to the authors

De Thier et al. present a high-quality chromosome scale de novo assembly of the tunicate Botryllus schlosseri from mainly PacBio HiFi and Arima Hi-C reads. Further WGS Illumina and ONT data was applied to resolve assembly errors or support the correctness of the assembly structure. Structural and functional annotations are conducted thoroughly. Downstream analyses include a synteny comparison of different Tunicata based on ancestral linkage groups and Hox genes.

The manuscript is well written and methods are mostly described to ensure reproducibility. Despite the good shape of the manuscript, I would like to give some remarks, which should be addressed in a revised manuscript before publication.

General remarks

I like the quote in the beginning of the introduction.

The authors conducted downstream analyses with different related tunicate genome assemblies on chromosome level. For assembly metrics, there is a comparison regarding BUSCO assessment only. I would point out the high quality of the B. schlosseri assembly in Table 2 and 4 by comparison with the other chromosome level and annotated tunicate genome assemblies as well.

I am not an expert regarding tunicates, so please excuse my basic, curiosity driven question: In the results section "The laboratory model Sub-clade A1" you state that a part of COI is used as a barcode to differentiate ascidian species. In the introduction you state that wild colonies are able to fuse resulting in mixed genotypes. Since sample E derived from the wild at some point, it might be theoretically possible to have not only mixed nuclear genotypes but mixed mitotypes too. Depending on how old sample E is and how fast fixation of a mitotype can happen within a colony, this might be reflected in your data. Furthermore, this thought could be expanded to nuclear genotypes, which could hamper scientific findings.

Contamination filtering was based on a sequence similarity search and taxonomic assignment of blobtools only. Despite blobtools/blobtoolkit was applied I was not able to find a blobplot in the supplemental files. I would like to encourage the authors to add blobplots before and after contamination filtering at least to the supplement. In my opinion, blobplots are most powerful when considering GC content and coverage in the first place - especially, when dealing with taxa, which are underrepresented in public databases. Therefore, using taxonomic assignment only for contamination filtering might generate false positives (e.g. conserved sequences across the tree of life with taxonomic assignment different than Chordata but with similar GC and coverage as the target) and false negatives (e.g. short sequences of the assembly, which couldn't be assigned with different GC and coverage as the target).

In the paragraphs "Results and Discussion" (Haplotype-resolved assembly) as well as in "Methods" (Haploid genome assembly) you use the term "haploid assembly" multiple times. I find this term misleading, since the genome is not haploid and the assembly represents both haplotypes at the same time. I assume that primary contigs from hifiasm were used to generate this assembly. Therefore, I would suggest to e.g. call this assembly "based on primary contigs", "non phased", "haplotype mixed" or "haplotype unresolved" (as opposite to "haplotype resolved").

Particular remarks

Results and Discussion

Sequencing and genome size estimation

Table 1 Please specify what "round 1" and "round 2" are referring to. Was one library sequenced twice or were two different libraries created and sequenced?

Haploid genome assembly

"We identified 28 contigs that belong to spore-forming unicellular parasites of the microsporidia group [32]. This represents the first report of this fungal group in a tunicate species." Is this identification based on blobtools taxonomic assignment? This is not described in the methods. Furthermore, can you rule out that identification or taxonomic assignment is false positive? If not you should tune down the second sentence and maybe discuss this.

"We then performed Hi-C scaffolding using YaHS [34], which reduced the number of contigs to 256, before [...]" Technically, scaffolding with yahs can only increase the number of contigs because original (hifiasm) contigs are split because of the Hi-C signal (at least as long the option --no-contig-ec isn't applied). I would substitute "contigs" with "sequences".

"Finally, a manual curation was performed, resulting in an assembly made up of 16 major scaffolds [...]" Is there any previous study on the karyotype of B. schlosseri? If so, citing it here would strengthen your results. Otherwise, I would recommend to state the karyotypes or the number of chromosome scale scaffolds of other tunicates here and discuss, if your findings are in line.

Table 2 Please substitute "No. of scaffolds" with "No. of sequences". Please add the contig N50 values. As pointed out above, I would like to see a comparison to the other chromosome level tunicate genome assemblies here, instead of showing basically the same stats twice.

"[…] highlighted the presence of two large-scale genomic palindromes located within Bs1 and a smaller one in Bs3 (Figure 3)." The figure shows the presence but maybe you can highlight them in the figure and the caption even more?

"To find out whether these palindromes may result from assembly artifacts [40], we checked the localization of the duplicated BUSCO genes along the chromosomes and did another run of CRAQ [...]" You could support your findings by showing an even coverage distribution within the palindromes, which is similar to the coverage distribution of whole assembly. Either as a histogram or a zoomed in version of the read coverage across reference as in the outer layer of the circos plot could show this nicely.

Methods

Sampling, DNA isolation, and sequencing

"HiFi PacBio long reads" Please provide more details on how PacBio libraries (was it actually one library sequenced twice or two different libraries?) were created and sequenced. Were low or ultra-low protocols used? On which machine was sequencing conducted?

RNA-seq data

Is downloading public data a method? In any case you should cite the original papers and provide a list of accession numbers (supplement) but I would remove this paragraph and add the information to the paragraph "Genome annotation", e.g. "Public available RNA-seq reads [23, 25, 8] were aligned to the soft-masked assemblies [...]"

Data preprocessing

Depending on how the PacBio libraries were created and which PacBio machine was utilized for sequencing, you should state how HiFi calling was conducted (e.g. Sequel II) and how PCR adapter and duplicates were filtered out (e.g. ultra-low).

Haploid genome assembly

"To this aim, contigs were aligned to the NCBI nucleotide database (accessed 2023 March 18) using BLAST+ [78]" Please state the version of BLAST+.

"Finally, a BLASTN search for fragments of the mitochondrial genome among the contigs was performed using the published complete mitochondrial genome of B. schlosseri (RefSeq NC_021463.1) [28]." Were the fragments filtered out based on the blast search? Please explain what was done in detail. Which hits were considered (e.g. cutoffs)? The mitochondrial genome of E was assembled with NOVOPlasty, which is by the way not stated in the methods but in the results only. Was the assembled mt genome of E added to the assembly, once the fragments were filtered out?

Haplotype-resolved assembly

If I understand correctly, the rapid curation pipeline was applied but no dual-curation was conducted. When aiming for haplotype-resolved assemblies, I would recommend to apply this method, e.g. concatenating both haplotypes and creating a combined contact map of haplotype 1 and 2, which can be curated as usual, with the advantage of being able to exchange (parts of) sequences between the haplotypes. In some cases phasing from hifiasm is not correct and can be easily corrected with this approach.

Synthèse de l'Audition de Claire Hédon, Défenseure des droits

L'audition de Claire Hédon, Défenseure des droits, a été l'occasion de présenter le rapport annuel d'activité de son institution, soulignant son rôle crucial dans la protection et la promotion des droits et libertés en France.

Elle a exprimé une vive inquiétude face à la fragilisation des droits, exacerbée par un discours qui les présente comme des obstacles, ainsi que par la dématérialisation excessive des services publics et le désengagement de l'État dans les territoires.

Deux alertes majeures ont été mises en lumière : l'ampleur croissante des discriminations et les défaillances de l'administration numérique, notamment pour les étrangers.

1. Mission et Cadre d'Action de l'Institution

La Défenseure des droits a rappelé que son institution, inscrite dans la Constitution, a pour mission de "veiller au respect des droits et des libertés". Ses cinq domaines de compétence sont :

• La défense des droits des usagers dans leurs relations avec les services publics.
• La défense et la promotion des droits de l'enfant et de l'intérêt supérieur de l'enfant.
• La lutte contre les discriminations et la promotion de l'égalité.
• Le respect de la déontologie des forces de sécurité.
• L'information, l'orientation et la protection des lanceurs d'alerte.
• L'institution, forte de 256 agents professionnels du droit et de 620 délégués bénévoles répartis sur tout le territoire, a traité près de 141 000 réclamations en 2024. Hédon a souligné l'efficacité de la médiation, avec 80 % des réclamations traitées par cette voie et les trois quarts aboutissant à un règlement amiable, permettant d'éviter la judiciarisation des conflits. Elle a insisté sur l'indépendance de son rôle, qui lui permet de "dire et d'obtenir des avancées" et de "faire émerger des sujets dans le débat public".

2. Une Inquiétante Fragilisation des Droits

Claire Hédon a exprimé une profonde inquiétude quant à la "fragilisation et l'éloignement des services publics liés à une dématérialisation excessive, un désengagement de l'État dans les territoires", ce qui "conduisent immanquablement à une fragilisation et à un éloignement des droits".

Cette dynamique "mine l'effectivité des droits, génère d'ailleurs du ressentiment contre les institutions, génère aussi des tensions dans la société et abîme le sentiment d'appartenance à la République".

3. L'Ampleur Croissante des Discriminations

Les discriminations sont un "phénomène très préoccupant" dont l'ampleur "inquiète à la mesure d'ailleurs du non recours en la matière".

Elle a fourni des chiffres éloquents :

• 18 % de la population de 18 à 49 ans déclarait avoir été discriminée en 2020, contre 14 % en 2008.
• Un jeune sur trois (18-34 ans) a été victime de discrimination, selon le 14ème baromètre avec l'OIT.

• Hausse de 52 % du nombre de victimes de discrimination entre 2021 et 2022.

• Malgré ces chiffres, les réclamations auprès de l'institution ont baissé de 15 % en 2024, ce qui interpelle la Défenseure. Le "non recours" s'explique par la "peur des représailles, le sentiment d'inutilité, le découragement, les difficultés à établir les faits [et la] méconnaissance des droits".

Les discriminations liées à l'origine (cumulées avec nationalité, apparence physique et conviction religieuse) représentent 25 % des réclamations, avec un pic d'appels (+53%) en mai-juin 2024 pour des propos haineux.

Claire Hédon regrette un "essoufflement des politiques publiques" et que la "non-discrimination comme objectif politique a pratiquement disparu du débat public et des discours des décideurs qui préfèrent parler de diversité de lutte contre les discours de haine".

Elle a insisté sur l'importance de faire appliquer le droit existant plutôt que d'ajouter de nouveaux critères.

Des exemples concrets de médiations réussies ont été cités, comme l'accès à un logement décent ou le non-renouvellement de CDD lié à un état de grossesse.

4. Défaillances de la Dématérialisation et Droits des Étrangers

• Le deuxième point d'alerte concerne les "atteintes aux droits causées par la fragilisation du service public dématérialisé", en particulier le cas de l'Administration Numérique des Étrangers en France (ANEF).

Les réclamations concernant les relations avec les services publics représentent 90 % des saisines, dont 37 % pour les droits des étrangers en 2024 (contre 10 % en 2019 et un quart en 2023).

La "multiplication des dysfonctionnements de l'administration numérique des étrangers en France prive trop souvent les personnes étrangères de la possibilité même de formuler une telle demande".

Ces défaillances touchent majoritairement des personnes déjà intégrées, les plaçant en situation irrégulière et leur faisant perdre emploi et droits.

Les recommandations incluent la reconnaissance du droit à un accès multicanal, la modification du téléservice pour permettre plusieurs démarches simultanées, la facilitation du renouvellement des attestations de prolongation d'instruction (API), et le renforcement des moyens humains dans les préfectures.

Claire Hédon a réaffirmé que, contrairement aux dires du Ministre de l'Intérieur, les dysfonctionnements de l'ANEF n'ont pas diminué.

5. Autres Domaines de Compétence

• Droits de l'Enfant : Le rapport 2024 a porté sur le droit à un environnement sain.

Les 3073 réclamations en 2024 alertent sur les difficultés scolaires des enfants handicapés (manque d'accompagnement), le problème des "lycéens sans lycée" (plus de 23 600 en 2024), et les "violences éducatives au sein d'établissements scolaires".

La Défenseure a plaidé pour un contrôle renforcé des établissements et un suivi rigoureux des professionnels.

• Déontologie des Forces de Sécurité : Sur 2434 saisines en 2024, des "défaillances dans le contrôle hiérarchique" et des "rapports incomplets, erronés ou minimisant les incidents" ont été constatés.

Une décision de décembre 2024 sur la prise en charge d'une femme sous "soumission chimique" a mis en lumière la difficulté à distinguer cet état de l'alcoolisation, appelant à l'amélioration des techniques de détection et à la formation des forces de l'ordre.

• Protection des Lanceurs d'Alerte : Le nombre de saisines a significativement augmenté, passant de 134 en 2022 à 519 en 2024 (soit une hausse de 70 % en 2024). Un pôle spécialisé a été créé. Les lanceurs d'alerte, souvent confrontés à des représailles, sont des "vigies de l'intérêt général".

Les recommandations incluent l'amélioration de la communication autour du dispositif légal, le soutien financier et psychologique, et la réévaluation du périmètre des autorités externes de recueil des signalements (ex: inclure les ARS).

6. Enjeu Prospectif : L'Intelligence Artificielle

• L'IA est une "source de progrès indéniable mais aussi de menaces sur les droits et libertés", notamment par le biais d'algorithmes utilisés dans le recrutement, la gestion des ressources humaines, l'accès aux biens et services, et la lutte contre la fraude.

Le recours au data mining dans la lutte contre la fraude présente des "risques de biais discriminatoires", touchant particulièrement les populations précaires.

Un travail est en cours pour garantir une "action humaine" dans les procédures d'affectation scolaire (Parcoursup, Affelnet).

7. Échanges avec les Parlementaires

Les députés ont posé des questions variées, reflétant les préoccupations locales et nationales :

• Antisémitisme : Bien que l'institution ne soit compétente que sur les discriminations et non les propos, Claire Hédon a noté une augmentation des actes antisémites et des appels au 3928 liés à des propos haineux en général. Elle a insisté sur l'absence de saisines spécifiques pour discrimination antisémite, mais un lien est fait avec le CRIF pour aborder les situations de harcèlement discriminatoire.
• Discrimination liée à la grossesse : Claire Hédon a jugé la loi actuelle "très protectrice" et s'est dite "excessivement inquiète" du nombre de cas, notamment dans la fonction publique et le secteur privé, où des femmes sont poussées à la démission après un congé maternité.
• Services Publics et Dématérialisation : Elle a réaffirmé que le problème n'est pas la dématérialisation en soi, mais le fait d'en faire la "seule porte d'entrée". Elle a appelé à la possibilité de déposer des dossiers papier et à renforcer le contact humain, saluant les initiatives comme la "pirogue France Service" en Guyane.
• Droits des Étrangers : Les parlementaires ont confirmé les difficultés de leurs administrés. Claire Hédon a souligné que les atteintes aux droits des étrangers sont un "marqueur essentiel du niveau de protection plus généralement accordé aux droits et aux libertés dans notre pays". Elle a insisté sur la nécessité du renouvellement automatique des API pour désengorger les préfectures.
• Discrimination des Seniors : Les chiffres du baromètre OIT montrent qu'un quart des seniors a subi une discrimination liée à l'âge, et un sur deux a connu des relations de travail dévalorisantes. Les seniors "non blancs" ou en mauvaise santé sont particulièrement touchés. Des recommandations incluent la sensibilisation, la formation des employeurs et l'anticipation des fins de carrière.
• Refus de Soins Discriminatoires : Un rapport récent a mis en lumière l'ampleur du phénomène, avec des refus de rendez-vous et des minimisations de la douleur. Des "15 500 récits" de patients et soignants ont été reçus. Les recommandations visent à élaborer une stratégie nationale, faciliter les recours et prononcer des sanctions effectives.
• Refus de Dépôt de Plainte : La persistance de refus de dépôt de plainte, particulièrement pour les femmes victimes de violence ou les personnes vulnérables (gens du voyage, handicapés), est une préoccupation.

Bien que les délégués puissent intervenir, il est préférable d'éviter ce refus initial.

• Accès à l'Éducation en Détention : L'institution est "excessivement inquiète" de la situation dans les établissements pour mineurs (EPM), notamment à Marseille, où les enfants sont confrontés à des heures d'éducation insuffisantes et un manque d'activités sportives. Les délégués de la Défenseure sont présents dans les lieux de détention et constatent ces entraves aux droits.
• Statistiques par Sexe : Les statistiques sont disponibles et montrent des différences notables : les femmes saisissent majoritairement sur les droits des enfants, les hommes sur la déontologie des forces de sécurité.
• En conclusion, Claire Hédon a rappelé que la défense des droits et libertés est une "nécessité pour les personnes concernées" et contribue à une "société plus apaisée et plus juste".

Elle a souligné le rôle de son institution comme "pôle de stabilité et de permanence" dans un contexte où les droits sont fragiles, appelant à travailler sur l'effectivité du droit existant plutôt que d'en rajouter.

Elle a enfin mis en garde contre le fait de "monter les populations les unes contre les autres", estimant que cela n'est bénéfique pour personne.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf105), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 3: Xiaoli Liu

(1)It is recommended to add keywords such as "conservation genomics" or "adaptive evolution" to better align with the content. (2)In the background section, after discussing the current status of sea turtles and existing genomic research, the study's content is introduced directly without adequately explaining why it is necessary to sequence the genomes of the remaining five species of sea turtles on top of the existing partial genomic data. The introduction of the research objectives appears somewhat abrupt. (3)Last line of page four"Previous analyses in particular of the……within this ancient clade [34,38]"：When introducing the broad context of genomics and biodiversity conservation, it is important to provide detailed explanations for key concepts such as 'genomic synteny' and 'colinearity'. Although these concepts are covered later in the analysis of the turtle genome, providing initial elaboration can help readers better understand subsequent content. (4)Page 6 Section 2.2:The range of this quality value, 38.7, is incorrect. Please verify carefully. (5)Result 3.1：High conservation at the chromosomal level is supported, but repetitive sequences must be excluded from synteny analysis. (6)Section 3.4, Second Paragraph：The reliability of PSMC in low-diversity species, such as N. depressus, may be limited; it is recommended to validate findings with other methods, such as MSMC2. (7)It is recommended to include a detailed description of sample selection in the methods section, covering aspects such as geographic distribution, population size, and sample collection methods, to demonstrate the representativeness and reliability of the selected samples.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf105), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 2: Brendan Reid

The authors of this work provide a fantastic addition to the genomic resources currently available for marine turtles with five new, apparently high-quality reference genomes. These new resources enable a number of interesting cross-species analyses in this group, including phylogenetic reconstruction, inference of demographic history, and identification of hotspots of diversity and divergence. I though this paper was quite clearly written and easy to read overall, and I have one major and a few more minor comments/suggestions.

Major comment: there is an extensive literature on hybridization among marine turtle lineages (see Vilaca et al. 2021, https://doi.org/10.1111/mec.16113, for a recent genomic example), with lots of evidence for ancient gene flow after initial lineage divergence as well as recent hybridization. The authors do not really mention this phenomenon at all, and since I think it has a lot of bearing on all of the results it would make sense to re-think your findings in light of the fact that some level of gene flow has occurred. Would extensive synteny/lack of genomic rearrangements potentially enable hybridization? Is overall low divergence among lineages potentially a function of gene flow? Are regions of high divergence the result of selection (as you suggest), or could these regions potentially be resistant to gene flow? I believe that IQtree assumes a strictly bifurcating tree, and gene flow can influence PSMC inferences (see Mazet et al. 2016, https://doi.org/10.1038/hdy.2015.104) - how would gene flow among lineages affect your inference of divergence dates and demographic histories?

MInor commentsL [note - line numbers would have been helpful for providing comments on specific items! I will refer to the lower-left page numbers and paragraph instead]:

page 3, paragraph 2: Some of the applications you refer to here don't seem terribly germane to the relevance of "genomic resources" in management and conservation per se, and several are just methods using some kind of genetic data ... e.g., "abundance"/close-kin mark recapture doesn't require full genomes (and the reference you cite used microsat data), and the "community"/eDNA applications don't generally rely on genomes but instead on databases of a few (usually mitochondrial) genes. Either include methods that truly benefit from the development of high-quality reference genomes or broaden this to something like "growth in molecular ecology techniques".

page 4, paragraph 2: last sentence is a bit of a run-on, could break this up a bit.

page 10, paragraph 3: for me, the ROH methods need some additional explanation and interpretation. The more detailed methods indicate that the ROH were identified on the basis of lower-than-average heterozygosity rather than true homozygosity - I can understand why this might have been done (since the baseline level of heterozygosity varies across species) but it still seems a bit arbitrary and could risk mistaking stretches with simply low variation for IBD tracts. I wonder if a ROH-detection method like ROHan that explicitly incorporates baseline genomic heterozygosity into its model would be more appropriate for comparing results across species and could give different results. I also question a bit the interpretation of these low-diversity tracts as evidence of inbreeding per se. The authors do not comment much on the length distributions of these ROH - given that many of them are quite short I would expect that if there was mating between close kin it probably happened far back in the past and the IBD tracts have been broken up by recombination.

page 11, paragraph 2: for PSMC analyses it is important to note the method assumes that differences in coalescence time/Ne across the genome result from demography alone. If portions of the genome are under balancing/diversifying selection (such as the areas of high diversity that you detect in this study), the local Ne for inferred these regions would be expected to be larger than the rest of the genome, which could lead to the spurious detection of population expansion or contraction (more likely a contraction for balancing selection). See Boitard et al. 2022 (https://doi.org/10.1093/genetics/iyac008) for a more detailed treatement. I would try excluding the regions putatively under diversifying selection and re-run PSMC to see if your inferences change.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf105), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 1: Laura Caquelin

1. Summary of the Study The authors aimed to create high-quality reference genomes for five sea turtle species to better understand their genetic diversity, evolutionary adaptations, and ecological traits. They used haplotype-resolved, chromosome-level reference genomes and gene annotations to reveal conserved genome structures, genetic hotspots linked to immune response and sensory evolution, and patterns of demographic expansion. Their findings highlight areas of genetic diversity critical for adaptation and conservation efforts.

2. Scope of reproducibility

According to our assessment the primary objective is: Investigation of multi-copy gene family enrichment in genomic hotspots of sea turtles.

• Outcome: Significant enrichment of "MHC", "Immunology-related", "G-Protein Coupled Receptor" (GPCR), "Olfactory Receptor" or "Zinc-Finger" in genomic hotspots with high genetic divergence, diversity, and gene density.
• Analysis method outcome: Fisher's exact test followed by Benjamini-Hochberg correction

• Main result: "Following functional annotation of the genes found in these hotspots, we found enrichment for multi-copy gene families coding for proteins with functions in immune response, olfactory receptors (ORs), zinc fingers, and G-protein-coupled receptors (GPCRs_ (Fig 4c, Tables S6 & S7). This included enrichment of immunology-related genes, GPCRs, ORs, and Zinc-finger genes in chromosome 13 (adjusted p < 10-42, 10-47, 10-79, 0.01, respectively), MHC genes, Immunology-related genes, GPCRs, ORs, and Zinc-finger genes in chromosome 14 (adjusted p < 10-24, 10-6, 10-2, 10-10, 10-52, respectively) and Immunology-related genes and GPCRs in chromosome 24 (adjusted p < 10-3 and 10-3, respectively)." (page 10).

• Availability of Materials a. Data

• Data availability: Open
• Data completeness: Complete
• Access Method: Repository
• Repository: https://git.imp.fu-berlin.de/begendiv/sea_turtlegenomes
• Data quality: The data files have been shared and appear sufficient for running the analyses. However, no metadata is provided to describe the content, structure, or origin of the files which limits interpretability and reusability. b. Code
• Code availability: Open
• Programming Language(s): R (for the enrichment test)
• Repository link: https://git.imp.fu-berlin.de/begendiv/sea_turtlegenomes
• License: MIT license
• Repository status: Public

• Documentation: Short README, describe only the presentation of the directory.

• Computational environment of reproduction analysis

• Operating system for reproduction: MacOS 14.7.4

• Programming Language(s): R
• Code implementation approach: Using shared code

• Version environment for reproduction: R version 4.4.1/RStudio 2024.09.0

• Results

5.1 Original study results

Results 1: The main results are presented in Figure 4 and the numerical p-values are available on supplementary table 6 and table 7.

5.3 Steps for reproduction -> Run the code "enrichment_test.R" shared on Git - Issue 1: Files needed to run the code are not shared in the Git repository: "GCF_009764565.3_rDerCor1.pri.v4_genomic.longest.aa.tsv", "hotspots_chr13.longest.aa.tsv", "hotspots_chr14.longest.aa.tsv", "hotspots_chr24.longest.aa.tsv". -- Resolved: These analysis data are not shared in the internal Gigascience FTP server or the Git repository. After request, the authors uploaded all the files into the Git repository.

5.4 Statistical comparison Original vs Reproduced results - Results: The table S6 and S7 was reproduced: -- Supplementary table S6: see screenshot from R console -- Supplementary table S7: see screenshot from R console

• Comments: The original R code "enrichment_test.R" simply stored the p-values results in a value object. To simplify the comparison process, directly obtain the final table, and ensure reproducibility while minimizing errors, we implemented the creation of the table.

------------------ Start of R code ------------------ Creating final tables Corresponding to supplementary table S6 table_S6 <- data.frame( enrichment = c("MHC", "Immunology", "GPCR", "Olfactory", "Zinc-finger"), Chr13 = c(p_mhc13, p_immune13, p_gpcr13, p_or13, p_zinc13), Chr14 = c(p_mhc14, p_immune14, p_gpcr14, p_or14, p_zinc14), Chr24 = c(p_mhc24, p_immune24, p_gpcr24, p_or24, p_zinc24))

Corresponding to supplementary table S7 Create a vector of names for rows and columns ( ! warning the pvalues in fdrs are not in the same order as the table S7) enrichment <- c("MHC", "Olfactory", "GPCR", "Immunology", "Zinc-finger") chromosomes <- c("Chr13", "Chr14", "Chr24")

Reorganizing fdrs in a matrix table_S7 <- matrix(fdrs, nrow = length(enrichment), byrow = TRUE) rownames(table_S7) <- enrichment colnames(table_S7) <- chromosomes

Organizing rows as the original table S7 library(dplyr) table_S7 <- as.data.frame(table_S7) # Convert matrix to data frame table_S7 <- table_S7 %>% slice(match(c("MHC", "Immunology", "GPCR", "Olfactory", "Zinc-finger"), enrichment)) ------------------- End of R code -------------------

• Errors detected: The statement "MHC genes, Immunology-related genes, GPCRs, ORs, and Zinc-finger genes in chromosome 14 (adjusted p < 10^-24, 10^-6, 10^-2, 10^-10, 10^-52, respectively)" (page 10) appears to contain an error. Specifically, the p-value for Olfactory Receptors (5.583367e-10) is greater than the threshold of 10^-10, suggesting that this value should instead be below 10^-9. Therefore, the threshold for Olfactory Receptors should be revised to 10^-9.

• Statistical Consistency: The p-values are consistent (see screenshot from R console).

• Conclusion

• Summary of the computational reproducibility review The inferential statistics for the objective "Investigation of multi-copy gene family enrichment in genomic hotspots of sea turtles" were successfully reproduced using the original analysis code provided by the authors. The input data needed to run the code were initially unavailable but were subsequently shared through the Git repository. An inconsistency was noted in the text of the manuscript reporting a threshold for Olfactory Receptors, where the stated 10^-10 should be revised to 10^-9 based on the observed p-value (5.583367e-10).

• Recommendations for authors While the original analysis code was successfully used to reproduce the results, we recommend improving the documentation to enhance clarity and reproducibility. In particular: -- Code annotation: The scripts would benefit from more detailed comments within the code to clarify the logic of each step. This would greatly help users follow the analyses more easily and understand the purpose of specific commands or operations. -- README file: The current README provides only a general overview. We suggest expanding it to include: --- A brief description of each script or analysis pipeline. --- An indication of which figure, table, or result in the manuscript each script corresponds to. --- Clear instructions on how to execute the analyses in the correct order, if applicable. -- Metadata: For the datasets used or generated by the scripts, it would be helpful to include accompanying metadata files that explain: --- The definition of each variable name. --- The origin of each dataset (raw, processed, etc). --- Any preprocessing steps applied before analysis. -- Data availability: At this stage, we have only verified the reproducibility of one part of the study. To facilitate full reproducibility of the entire study, we recommend sharing all necessary data files required to run every script present in the repository.

These improvements would make the repository significantly more user-friendly and would strengthen the reproducibility of the study.

Synthèse de l'Audition de la CNAF sur la Santé Mentale et le Handicap

Résumé

L'audition de la Caisse Nationale des Allocations Familiales (CNAF) devant la commission d'enquête a mis en lumière son rôle substantiel, bien que souvent discret, dans la prise en charge du handicap et de la santé mentale en France.

L'intervention de la CNAF s'articule autour de deux axes majeurs : le versement de prestations financières (légales et pour le compte de tiers) et le financement de services aux familles via sa politique d'action sociale.

Les points critiques à retenir sont les suivants :

1. Gestion de Prestations Financières Clés : La CNAF gère des allocations majeures telles que l'Allocation aux Adultes Handicapés (AAH), représentant 13,8 milliards d'euros pour 1,3 million de bénéficiaires en 2024, et l'Allocation d'Éducation de l'Enfant Handicapé (AEEH), s'élevant à 1,6 milliard d'euros pour 500 000 bénéficiaires.

2. Impact de la Déconjugalisation de l'AAH : La réforme de la déconjugalisation, effective depuis novembre 2023, est un succès opérationnel.

Elle a bénéficié à 66 000 allocataires avec une hausse moyenne de 400 € par mois, incluant 22 300 nouveaux bénéficiaires. Un système parallèle est maintenu pour 31 000 personnes afin d'éviter toute perte de droits.

3. Promotion de l'Inclusion en Milieu Ordinaire : La CNAF promeut activement l'inclusion des enfants en situation de handicap dans les structures de droit commun (crèches, accueils de loisirs) via des "bonus inclusion handicap".

Le succès de ce dispositif pour les accueils de loisirs est notable, avec des dépenses en 2024 ( 53 millions d'euros) dépassant déjà plus du double de l'objectif initial pour 2027.

4. Santé Mentale des Jeunes : La CNAF finance 200 Points Accueil Écoute Jeunes (PAEJ), des structures de première ligne pour les adolescents en difficulté, et travaille à un accord-cadre avec le ministère de la Santé pour mieux articuler ces dispositifs au sein de l'écosystème de santé mentale.

5. Relation avec les MDPH : Bien que des progrès significatifs aient été réalisés grâce à la dématérialisation des flux, les délais de traitement des dossiers par les Maisons Départementales des Personnes Handicapées (MDPH) demeurent un enjeu majeur, obligeant les CAF à mettre en place des procédures de prolongation de droits pour éviter les ruptures de versement.

6. Complexité de l'AAH : Un axe d'amélioration majeur identifié est la simplification de l'AAH. Sa complexité actuelle, notamment pour les bénéficiaires qui travaillent, peut créer des freins à l'emploi et générer des situations d'incompréhension.

La CNAF suggère d'intégrer cette prestation dans le mouvement global de modernisation et de simplification des aides sociales.

Interventions de la CNAF : Un Double Axe d'Action

La CNAF structure son action en faveur des personnes en situation de handicap et de leurs familles autour de deux piliers fondamentaux, inscrits dans sa Convention d'Objectifs et de Gestion (COG) 2023-2027 avec l'État.

1. Versement de Prestations Légales

La CNAF est l'opérateur de versement pour plusieurs prestations essentielles, certaines financées par la branche Famille, d'autres gérées pour le compte de l'État ou de la branche Autonomie. Ce rôle s'effectue en partenariat étroit avec les MDPH, qui sont en charge de l'évaluation médicale et de la détermination des taux d'incapacité.

Prestation

Description

Chiffres Clés (2024)

Allocation aux Adultes Handicapés (AAH)

Assurer un revenu minimal aux personnes en situation de handicap de plus de 20 ans.

13,8 milliards € versés à 1,3 million de bénéficiaires.

Allocation d'Éducation de l'Enfant Handicapé (AEEH)

Compenser les dépenses liées au handicap d'un enfant de moins de 20 ans.

1,6 milliard € versés à 500 000 bénéficiaires.

Allocation Journalière de Présence Parentale (AJPP)

Compenser la perte de revenus pour un parent cessant son activité pour s'occuper d'un enfant malade ou handicapé.

2 848 bénéficiaires (au 30 juin), coût de 261 millions €.

Allocation Journalière du Proche Aidant (AJPA)

Compenser la perte de revenus pour un proche aidant cessant son activité ponctuellement.

1 652 bénéficiaires (au 30 juin), coût de 11 millions €.

2. Financement de Services aux Familles via l'Action Sociale

Le second pilier est financé par le Fonds National d'Action Sociale (FNAS) et vise à rendre les services de droit commun accessibles aux familles concernées par le handicap, promouvant ainsi une politique d'inclusion active.

• Inclusion dans la Petite Enfance (Crèches) :

• ◦ Un bonus "inclusion handicap" majore le financement des crèches qui accueillent des enfants en situation de handicap.   
• ◦ En 2023, 25 millions d'euros ont été dépensés à ce titre.  
• ◦ Près de 50 % des crèches en France bénéficient de ce bonus, témoignant de son adoption massive.

L'objectif est de favoriser une inclusion précoce pour fluidifier le parcours ultérieur, notamment la scolarisation.

• Inclusion dans les Accueils de Loisirs (Périscolaire et Extrascolaire) :

• ◦ Généralisé en 2024, un bonus similaire existe pour les Accueils de Loisirs Sans Hébergement (ALSH).  
• ◦ Le dispositif a rencontré un succès immédiat et supérieur aux prévisions : 53 millions d'euros ont été engagés en 2024, soit plus du double de l'estimation pour toute la durée de la COG (jusqu'en 2027).  
• ◦ Cela indique une forte mobilisation des collectivités pour adapter leurs offres et garantir une continuité de prise en charge après l'école.

• Soutien au Répit Familial et aux Vacances :

◦ Les CAF mènent une politique active de soutien au départ en vacances, avec des dispositifs et financements spécifiques pour les familles concernées par le handicap (enfants ou parents).    ◦ Le dispositif VACAF permet de faire partir environ 500 000 personnes chaque année.    ◦ Des offres spécifiques (séjours passerelles) existent pour les familles nécessitant un accompagnement renforcé.

• Pôles de Ressources Handicap :

◦ La CNAF finance, à l'échelle départementale, des pôles de ressources visant à faciliter la connexion entre les familles et les structures d'accueil de droit commun (crèches, ALSH), levant ainsi les obstacles pratiques et informationnels.

Enjeux et Réformes Clés

La Déconjugalisation de l'Allocation aux Adultes Handicapés (AAH)

Mise en œuvre le 1er novembre 2023, cette réforme très attendue visait à individualiser l'AAH sans tenir compte des revenus du conjoint.

• Un bilan quantitatif significatif :

• ◦ 66 000 allocataires ont bénéficié de la réforme, avec une hausse moyenne de 400 € par mois.   
• ◦ Parmi eux, 44 000 étaient déjà allocataires et ont vu leur AAH augmenter de 327 €/mois en moyenne. 
• ◦ 22 300 nouvelles personnes, auparavant inéligibles à cause des revenus de leur conjoint, sont entrées dans le dispositif avec un gain mensuel moyen de 554 €.

• Une réforme "sans perdant" :

• ◦ Pour les 31 000 personnes pour qui le nouveau mode de calcul aurait été désavantageux, l'ancien système est maintenu.  
• ◦ Cela conduit à la coexistence de deux systèmes de calcul de l'AAH, qui perdurera plusieurs décennies.

Articulation avec les MDPH : Fluidité et Prévention des Ruptures

La qualité des échanges d'information avec les MDPH est cruciale pour le versement des prestations.

• Progrès et défis : La dématérialisation des flux a considérablement amélioré et sécurisé les échanges par rapport à la situation d'il y a cinq ans, où les flux papier étaient encore nombreux.

• Gestion des délais : Les délais d'instruction longs au sein des MDPH restent une difficulté majeure.

Pour éviter les ruptures de droits, notamment lors des renouvellements, les CAF pratiquent la prolongation des droits en attendant la décision de la MDPH.

Cette pratique, bien que créant un risque financier (génération d'indus si le droit n'est pas renouvelé), est jugée préférable pour ne pas précariser les familles.

La Santé Mentale des Jeunes : Le Rôle des Points Accueil Écoute Jeunes (PAEJ)

La CNAF a repris le financement des PAEJ, qui constituent une offre de première ligne pour les jeunes en difficulté psychologique.

• Un maillage territorial : 200 structures ont été financées en 2023 sur tout le territoire.

• Un rôle de pivot : Les PAEJ travaillent en réseau, en amont avec le milieu scolaire pour le repérage, et en aval en orientant vers des structures de soin (CMP, Maisons des Adolescents) lorsque nécessaire.

• Vers un cadre national : Des discussions sont en cours avec le ministère de la Santé pour établir un accord-cadre national afin de clarifier les rôles et d'assurer la complémentarité des dispositifs, notamment face au risque de désengagement de certains co-financeurs comme les Agences Régionales de Santé (ARS).

Lutte contre les Erreurs et Gestion des Indûs

La CNAF utilise un algorithme de "datamining" depuis 2011 pour cibler ses contrôles, non pas sur des populations, mais sur des risques d'erreur pouvant générer des versements indus.

• Logique du ciblage : Le système identifie les situations où le risque d'erreur déclarative est le plus élevé.

Il s'agit principalement des prestations sensibles aux variations de revenus déclarées trimestriellement (RSA, Prime d'activité).

• Cas de l'AAH : Les bénéficiaires de l'AAH ne sont pas plus contrôlés en tant que tels. Le risque est plus élevé pour la population spécifique des bénéficiaires de l'AAH qui travaillent, en raison de la complexité des règles de cumul et de la variabilité des revenus à déclarer.

• Solution à la source : La réforme de la "solidarité à la source" est présentée comme la solution principale.

En instaurant des déclarations pré-remplies pour le RSA et la Prime d'activité, elle vise à réduire drastiquement les erreurs à la base et, par conséquent, les contrôles a posteriori et les indus.

L'extension de ce principe à la partie "activité" de l'AAH est une piste de réflexion.

Perspectives et Axes d'Amélioration

Interrogée sur les pistes d'amélioration du système, la CNAF a souligné plusieurs points :

1. Moderniser et Simplifier l'AAH : L'AAH est décrite comme une prestation d'une "grande complexité", qui s'est "hybridée" avec la déconjugalisation (à la fois minimum social et prestation plus large).

Cette complexité peut être un frein à l'emploi et fragiliser les bénéficiaires.

La CNAF plaide pour que l'AAH soit intégrée au mouvement global de simplification des prestations sociales, afin d'améliorer la lisibilité et de ne pas décourager le travail.

2. Reconnaître les Coûts de l'Inclusion : Une étude financée par la CNAF a mis en évidence les "coûts très importants de l'inclusion" scolaire, largement portés par les mères, avec des conséquences parfois lourdes sur leur vie professionnelle (jusqu'à l'arrêt de l'activité).

Cet enjeu justifie les efforts financiers importants des CAF pour soutenir la prise en charge périscolaire.

3. Renforcer le Soutien sur les Temps Périscolaires : La CNAF a intensifié son soutien financier aux ALSH et a étendu depuis 2024 son financement à la pause méridienne.

L'effort financier est considérable : un enfant en situation de handicap en ALSH est financé par la CAF à hauteur de 4,50 € de l'heure, contre 0,60 € pour un autre enfant.

Ce soutien est essentiel pour permettre le maintien dans l'emploi des parents.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf104), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 3: Sampsa Hautaniemi

Streck and Schwarz present a method, CNSintent, for consistent segmentation of copy-number data. The utility of the tool is demonstrated using three large cancer cohorts and a neural network classifier built upon the consistently segmented data. CNSintent can facilitate solving an important biomedical problem: the advanced analysis of copy-number data. The authors are lauded for their excellent Python code and thorough documentation. While the contribution is timely and likely important, there are several areas for improvement.

The manuscript's readability could be better. There are typos, textual errors, and inconsistencies in figure captions, such as incorrect figure references or mismatched values between the text and figures. The "Consistent Segmentation" section is difficult to follow. It is unclear whether this step involves merging pre-existing breakpoints in the data to produce new, longer segments or if larger segments, such as whole chromosomes, are split into smaller, constant-sized segments. The writing suggests that segments are first merged and then split; however, later in the manuscript, they appear to be used separately. In our testing, combining these approaches did not yield meaningful results. Since consistent segmentation is the method's most critical step, we strongly suggest clarifying this section.

The manuscript is unbalanced in its content, with excessive focus on the tool's application and the discoveries derived from it, rather than on the tool itself. This reduces the clarity of the key message. We recommend compressing the application section (deep learning in cancer classification) while expanding the tool description with additional explanations.

It is also unclear what type of data the authors are using in the cancer classification section. To improve clarity, this information should be explicitly included in the methods section, detailing the sequencing strategy and copy-number tools used for each cohort.

The methods section would benefit from a more detailed explanation of the CNSintent steps. Both Figure 1 and the text leave some parts unclear, particularly in the "Consistent Segmentation" section. Additionally, methods such as random forest and UMAP are only briefly mentioned in a supplementary figure rather than being described in the methods section. Moving these descriptions to the methods section would improve clarity.

Figures are generally clear, but improving color differentiation would be beneficial. For example, in Figure 1, the dark red and dark orange shades are too similar, making them difficult to distinguish. A more optimized color scheme with slightly lighter tones (i.e., increased luminance) would enhance readability.

The introduction promotes copy-number signatures; however, these signatures rely on segment lengths and unique breakpoints, which vary between samples. Since this method enforces consistent segmentation and breakpoints across all samples, its applicability to copy-number signatures is unclear. This should be discussed in the Discussion section or removed from the introduction.

Out of curiosity: Is it possible to prioritize one type of segmentation over another? For instance, if both WGS and WES data are available, can CNSintent be configured to prioritize WGS calls? Similarly, some tools provide highly precise breakpoint calls that are valuable for detecting fusion genes or rearrangements. In such cases, it would be useful to prioritize these calls and harmonize results from other tools accordingly.

Terminology Clarifications:

Blacklist, blacklisted regions, gap regions, mask: These terms should be used consistently, particularly since blacklists can be applied at different processing stages. Notably, PCAWG blacklists samples, not regions. Segmentation: The term is commonly used in CNV analysis to refer to inferring continuous genomic segments from raw read counts or probe intensities. Here, it has a slightly different meaning—computing consistent breakpoints across all samples—so a more explicit definition would be helpful. Breakpoint merging/clustering: If these terms are synonymous, choosing one would improve readability. Coverage: Since "coverage" often refers to sequencing depth, a critical quality metric in DNA sequencing, it might be clearer to use "copy-number coverage" or a similar term. For example, the sentence "Next, samples with low coverage were removed using the…" could be ambiguous if read without context.

At the end of the subsection "Explainability and the Effect of SOX2 Gene," the phrase "which exhibits significant local amplification in LUSC" should be revised to "which exhibits significant focal amplification in LUSC." The correct terminology is "focal" rather than "local," as established in Beroukhim et al. (2010).

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf104), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 2: Ellen Visscher

The paper introduces a python package for imputation, filtering, segmentation, feature extraction and visualisation of CNA profiles. It explains some of the elements of the package, and then demonstrates how data from multiple cohorts can be processed and combined using the package preprocessing pipeline. The authors then use processed data from 3 different cohorts to perform cancer type prediction using a CNN. From this, they get an interesting result to find a biomarker that differentiates two different lung cancers. Throughout, they show visualisations using their package. The package itself seems well documented and designed to be used. There is some clarification required in the methods section specifically around the CNN training and the models therein. There is also one major question of whether all the preprocessing steps are actually required for the downstream CNN analysis. Overall, however, this is a well written manuscript, providing a useful software tool for further analysis of CNA data.

Major comments: - CNN section- how are the segments decided- is it based on all the training data, or just data in a batch? - Throughout the results pertaining to figure 3A-C, you call it test accuracy- to be clear is this is based on your CV hold outs? This should be reworded everywhere to reflect this. As cross validation indicates, this is not a test set and is a validation set- which is also the way you use it. - Regarding the above, you have a comment saying: "the best test accuracy without cross-validation was 92.34%". Could you please clarify what you mean by this. Only in the CNN section do you describe your training approach, which does not mention a test or separate validation set. - It reads slightly unclearly- you have a section called "model transfer", but are you training 3 different models- one per dataset? You only have one figure for training results which suggests one dataset, but then you have this section called model transfer? - Re all the above, please dedicate a small subsection in methods making this clearer. Are there dedicated test sets? If your main results are for aggregated data, then what are you testing on to ensure generalisability? What is the point of training the 3 different models on 3 different datasets? Perhaps it would make more sense to hold one dataset out as your test set. In some ways, that is what the model transfer is showing, but it would be less confusing to clarify that aim instead of suddenly introducing 3 models. - If the CNN architecture is essentially the same as in Attique et. al., the performance is basically the same and they use only CNs a gene locations- how does this demonstrate that the preprocessing from CNSistent is necessary or advantageous for this task? Maybe having a result which combines CN calls naively over gene locations and comparing to this across the aggregate datasets would be a good way of comparing? I.e showing that preproccessing does offer an advantage when combining different datasets together? Also because this is what you argue in your abstract. For this analysis you would have to make sure you also compare across the same samples to differentiate between filtering/other preprocessing steps. - In Figure 3I, you say "notice the similarity of chromosome 3 pattern for the correctly classified LUSC samples (red) and the misclassified ones (orange)". This is confusing because the orange and red are not similar. In fact for this whole section, it seems that figure 3I does not align with what you are saying?

Minor comments/errors: - Clarification on why CNSistent needs a reference genome if it's dealing with segments? How is this information used- is it just for the known gaps? - Your caption of Supplementary Figure 1 has a typo about a breakpoint at 16 instead of 14. - You do not explain how you use the knee pt to filter (i.e is it samples above/below the knee pt.) - Your CNN graphic is difficult to interpret and non-standard. - CNN section should clarify at the beginning what the input is and what the output is (i.e a prediction that a sample belongs to a particular cancer type) before explaining the architectural details. - Even though you control for class imbalance, some cancer types are so poorly represented it is unlikely a CNN could learn that, you do kind of mention this in the discussion, but maybe some sort of minimum threshold for inclusion would make sense. - For Fig2D you refer to it as GND, but the axes/title says hemizygosity-are these things equivalent? E.g could have 3-3, low hemizygosity but not diploid? Or if it's aggregated across the whole genome its assumed equivalent? - There is a grammatical error "Runtimes decreased in a near-linearly with the number of compute cores" - You make a comment that "We therefore suspect some TCGA lung cancers might be cases of co-occurring adeno and squamous carcinomas." This is a possibility but given pleiotropy of many phenotypes- it may also be that the biomarker is not always unique to squamous carcinomas.

Suggestions/Nice to haves: - Maybe make it clearer inside the paper what visualisations come with CNSistent. Looking at the software documentation, there's obviously a lot of useful visualisations that come with that- and some of them you have used in Figure 3 for e.g. - Given there are more total CN callers, maybe good to mention somewhere how CNSistent would work for total CNs only. - You remove profiles that you say are uninformative, could you not include this and then just show how accuracy correlates with no. of break-pts (for e.g). In some ways one might think that there could be useful information in few alteration profiles- because those alterations might be more upstream/causal. - The aggregation step could maybe affect downstream analysis. I.e taking the average could introduce CNs that were never called. Even using min/max- this implies a constant copy number in that region, which may lose information- e.g if it is a functional region having two diff CNs across gene might imply non-functionality. Did you explore the effect of aggregation step? Perhaps taking a small enough resolution of segment types would account for this anyway.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf104), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 1: Stefano Monti

This is a well-written paper that aims to develop a tool that can integrate SCNA from large datasets possibly generated using different platforms to identify alteration patterns that are often undetected in smaller data subsets. Authors have used CNN-based method for integrating the data, extracting features and predicting cancer types from SCNA profiles. The tool has the potential to significantly simplify the integration and analysis of large scale SCNA studies. However, some (hopefully addressable) weaknesses are noted:

1. The choice of a classification task as the (only) way to evaluate the proposed method is questioned. I would argue that the most important use of SCNA detection is in support of mechanistic investigations, by identifying novel candidate loci likely to harbor tumor suppressors (copy losses) and oncogenes (copy gains). This type of analysis is hardly mentioned in the manuscript, and it is not clear how well the proposed tool would support it. I surmise it can, but the authors should discuss (and present results about) it.

2. If we were to focus on the task of recurrent SCNA detection, then meta-analysis approaches (where separate analyses are performed on each of the datasets, and only the results are integrated) would need to be considered as an alternative to the approach here proposed (e.g., application of GISTIC to each of PCAWG, TCGA, TRACERx separately, followed by meta-analysis integration of the results). I am not saying meta-analysis would be superior, but the authors should discuss it, and possibly evaluate it.

3. The reported metrics to quantify the quality of the integration are insufficient to assess the results. There is some lack of clarity about the classification accuracy results reported, since it is not clear whether all the components of the model building were adequately brought into the cross-validation (or train/test) loop. More specifically, when reporting the accuracy of the cancer type classification, it is reported that 1 megabase segmentation yields the best results. It is not clear if this size selection was performed within the train set only (and/or within the CV loop) or across the entire dataset. If the latter, this may significantly affect the accuracy results, which could not be deemed (unbiased) "test set" results. This should be clarified, and if the segment size selection was indeed performed outside the train/test split, accuracy measures should be computed again by performing the segment size selection properly (which of course it would mean a potentially different size would be selected for each of the folds).

4. Comparisons with other methods: The authors only compare their method to random forest (RF). Related to the previous point: I presume the RF model used the segment size that was optimized for the CNN model (i.e., 1Mb). If this is the case, it would be an unfair comparison, since RF might favor a different size. Also, additional classifiers should be evaluated (e.g., Elastic Net, SVM, etc.).

5. There is no sufficient discussion of existing tools/methods. This should be corrected (see also my comment about meta-analysis approaches).

6. Metadata effects: Age influences the copy number alterations. The authors don't consider age or any other metadata and their implication in the classification task.

7. Run time statistics and user requirement: While the authors report runtime curves per command (S Fig 6), it is difficult to translate this to total runtime. It would be useful if runtime for the entire training of a model were reported. Additionally, if available, comparison of run time stats with the established model that they cite would be useful.

8. IG-based explanation. I found this section sort of perfunctory, not sufficiently justified, and adding little to the manuscript. IG is computationally expensive, and it does not provide any way to statistically quantify the found associations. Simpler methods, such as testing for association between SCNA occurrence and cancer type should be evaluated and compared to.

9. Model selection: No adequate justification of why they picked CNN for this task when the referenced paper itself claims the DNN architecture performs better. Not sure but is this because of the varying segment size? Again, this is not clearly stated. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9203194/#tab1

Reviewer #1 (Public review):

Summary:

This manuscript describes the results of phylogenetic and epidemiological modeling of the PopART community cohorts in Zambia. The current manuscript draft is methodologically strong, but needs revision to strengthen the take-home messages. As written, there are many possible take-away conclusions. For example, the agreement between IBM and phylogenetic analysis is noteworthy and provides a methodological focus. The revealed age patterns of transmission could be a focus. The effects of the PopART intervention and the consequences of a 1-year disruption could be a focus. It is important, though, that any main messages summarized by the authors are substantiated by the evidence provided and do not extrapolate beyond the data that have been generated. I recommend that the authors think deeply about what the most important, well-supported messages are and reframe the discussion and abstract accordingly.

Strengths/weaknesses by section:

(1) ABSTRACT

The Abstract summarizes qualitative findings nicely, but the authors should incorporate quantitative results for all of the qualitative findings statements.

The ending claim is not substantiated by the modeling scenarios that have been run: "targeted interventions for demographic groups such as under-35 men may be the key to finally ending HIV." It is straightforward to run this specific scenario in the model to determine whether or not this is true.

The authors should add confidence intervals to the quantitative metrics, such as the 93.8% and 62.1% incidence reduction.

(2) RESULTS

The authors should check the Results section for any qualitative claims not substantiated by the analyses performed, and ensure the corresponding analyses are presented to support the claims.

The Results and Methods describe the model's implementation of the PopART intervention differently. The Methods describes it as including VMMC, TB, and STI services, while the Results only mentions intensified HIV testing and linkage.

A limitation of the model is that HIV disease progression is based on the ATHENA cohort in the Netherlands, which is a different HIV subtype (B) than the one in the research setting (C). The model should be configured using subtype C progression data, which have been published, or at least a sensitivity analysis should be conducted with respect to disease progression assumptions.

In Table 2, the authors should consider adding a p-value to establish whether or not IBM and phylogenetics estimates are different.

(3) DISCUSSION

The literature review and comparison of study results to previously published phylogenetic studies is very nice. The authors could strengthen this by providing quantitative estimates with CIs for a more scientific comparison of the study results vs. prior studies, perhaps as a table or figure.

The authors state that due to "the narrow geographical catchment area... The results should not be automatically extrapolated to apply to other SSA settings." The authors should exercise this caution when comparing the results to studies in South Africa and elsewhere.

There are many other limitations to the analysis, including some mentioned above, that are not acknowledged. The authors should think carefully about what the most important limitations are and acknowledge them honestly at the end of the Discussion section.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf098), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 2: Jesse Daniel Brown

This manuscript addresses a relevant and timely question: benchmarking poly(A) tail-length estimation tools (BoostNano, tailfindr, nanopolish, and Dorado) using synthetic RNA standards (Sequins) with known tail lengths. Poly(A) tail-length estimation is increasingly important for understanding mRNA stability, processing, and regulation at the single-molecule level. As direct RNA sequencing expands in use, reliable methods to measure poly(A) tail lengths are needed. The study's desiign—leveraging Sequins as a "gold standard" to benchmark tools—is strong and fills an area is need in current literature. The analysis is thorough in its basic comparisons, and the results are likely to be useful to researchers who need to choose suitable software for poly(A) tail analysis. However, the manuscript would benefit from deeper contextualization, more rigorous statistical methodology, and clearer reporting of computational details. Ensuring reproducibility and providing clearer guidance on interpreting the results in real biological contexts would strengthen the mannuscript. The suggestions below are aimed at making the study more valuable to the community. For this reason, my recommendation is Revisions ARE Needed

Introduction

Abstract: ★★★★☆ (4/5) Actually in place of the introduction, it has it strengths: The introduction adequately outlines why polyadenylation is biologically important and why direct RNA sequencing provides a unique opportunity for poly(A) tail-length estimation. It justifies the use of Sequins as synthetic standards, which is a robust approach to derive ground-truth tail lengths.

Areas for Improvement:The introduction could better connect poly(A) tail-length estimation to downstream applications. For instance, mention how accurate tail-length estimation could improve understanding of mRNA decay rates, translation efficiency, or isoform-specific regulation.

Adding references that contextualize poly(A) tail dynamics in broader biological phenomena would help readers understand the significance. For example, it is almost a necessity to cite work such as "Roles of mRNA poly(A) tails in regulation of eukaryotic gene expression" by Lori A. Passmore & Jeff Coller (2022, Nature Reviews Molecular Cell Biology) which provides a comprehensive analysis of poly(A) tail dynamics and their impact on mRNA decay, stability, and translation regulation. P & C (2022) also expands on these principles by discussing the mechanistic underpinnings of poly(A)-mediated decay and translation regulation, making it a broader and more recent contribution to polyadenylation biology, which the authors should consider.

Grammar of the abstract: Error: "There are currently several tools available for poly(A) tail-length estimation, including well-established tools such as tailfindr and nanopolish, as well as two more recent deep learning models: Dorado and BoostNano." Suggestion: "Several tools are currently available for poly(A) tail-length estimation, including well-established methods like tailfindr and nanopolish, as well as two more recent deep learning models: Dorado and BoostNano."

Error: "which lie within 12% of the correct value." Suggestion: "that lie within 12% of the correct value."

Clarify the library preparation steps to avoid confusion about the "direct" nature of RNA sequencing. The text currently implies that no reverse transcription is required, but then references an ONT Reverse Transcription Adapter. Distinguish between a full-length cDNA synthesis step (not required) and the use of a poly(T)-containing adapter for sequencing library preparation.

Methods

Methods: ★★★★☆ (4/5) The methods section has its strengths; the data sources and preparation (Sequins spiked into host RNA) are clearly described. Versions of tools are provided, enhancing reproducibility.

Areas for Improvement are statistical analysis, comparisons and tests, hardware and computation details, and understanding of run time differences. Currently, the study models distributions as normal and uses mean and SD, but no normality tests or justification for these choices are presented. Consider performing normality tests or using nonparametric measures. Additionally, providing confidence intervals or other robust statistics (median, interquartile ranges) would clarify variability.

For the comparisons and tests, the authors should explain why you chose root mean square error (RMSE) minimization and other metrics. Could alternative tests, like Wilcoxon signed-rank tests or paired t-tests (Wilcocoxon: this non-parametric test is suitable for paired comparisons when the assumption of normality is not met. -useful to compare the predicted tail lengths from each tool against the expected lengths, especially if the data distribution is skewed.), be used to compare the distribution of tail-length estimates more rigorously? Paired t-Test, because this test could be applied if the normality assumption holds, providing a straightforward way to assess whether the mean difference between predicted and expected values is statistically significant. (If so, justification should be provided for why or why not)

There are some additional metrics to explore: ---Median Absolute Deviation (MAD): Consider adding MAD as it is robust to outliers and could complement RMSE to provide a better understanding of central tendencies and variability. ---Mean Absolute Error (MAE): MAE is another alternative that simplifies the interpretation by focusing solely on the magnitude of errors without squaring them, potentially offering more intuitive insights for readers. The authors should address testing for normality, explicitly stating whether normality tests were conducted on the data (e.g., Shapiro-Wilk or Kolmogorov-Smirnov tests). If normality is confirmed, justify the use of parametric tests like RMSE or t-tests. If not, justify why non-parametric tests (e.g., Wilcoxon) were not employed or discuss plans to include them in future studies.

Explain the choice of statistical methods over time by discussing how the choice of statistical tests aligns with the study's goals. For example, emphasize whether the focus was on understanding overall error distribution, tool consistency, or accuracy in predicting specific tail lengths.

The authors could use visual representations of error complementing the statistical tests with visual aids such as boxplots, violin plots, or Bland-Altman plots to illustrate the error distributions and discrepancies between predicted and actual tail lengths across tools.

The authors should provide hardware and computational details like providing explicit details on the computational environment—CPU/GPU models, RAM, OS—for each tool's run. While the Git-hub read me suggests how to run the system, it lacks any details about system requirements. Readers need this to understand runtime differences and attempt to replicate performance measurements.

The authors should consider tool parameterization and indicate if any specific parameters (beyond defaults) were used in tailfindr, nanopolish, Dorado, or BoostNano runs. If no changes were made from defaults, state this explicitly.

Results

The result's strengths are that they are presented clearly, showing density distributions and discussing short-tail anomalies. The identification of Dorado as a preferred tool due to speed, integration, and conservative filtering is well-supported by the data. The study acknowledges that all tools achieve broadly similar accuracy, differing mainly in runtime and filtering criteria, which is a practical insight for users.

The results have areas for improvement: Regrading the short-tail reads explanation, the authors attribute short (<10 nt) poly(A) tails to truncated transcripts or mis-priming. For this reason, it is suggested that the authors strengthen this discussion with additional evidence or reasoning. For instance, is there a correlation between read quality and short-tail length estimates? Do truncated reads consistently align to internal A-rich stretches? Multiple peaks in distributions: Some density plots (Figure 1) show multiple peaks or shoulder peaks. Discuss potential reasons for these patterns. Are they related to tool-specific biases, read quality, or adapter/poly(T) truncation? Application Context: The results focus on method performance, but it would help readers to understand how these differences might influence downstream tasks. For example, if a method overestimates poly(A) length slightly, how could this affect conclusions about RNA stability or differential tail-length analysis between experimental conditions? Figures and tables: Figure 1: Clear density plots, but consider adding vertical lines at expected tail lengths (30 nt and 60 nt) to guide interpretation. Splitting the figure into separate panels for R1 and R2 or using insets might clarify multiple peaks. Figure 2: The IGV snapshots are informative. Enhance interpretability by adding annotations (arrows or boxes) highlighting truncated vs. full-length reads. Increase font sizes for readability. Figure 3: Useful comparison of reads filtered by Dorado but retained by BoostNano. Add a brief note or labeling to indicate expected tail lengths. Discuss possible reasons for Dorado's conservative filtering here or in the main text. Tables: Provide definitions for abbreviations (nt, CPU, GPU) in captions. For Table 2, adding confidence intervals around the mean tail-length estimates would strengthen statistical rigor. For Table 3, specify hardware details as recommended above.

Grammar Mistakes and errors in the results section: Results Section: Sentence: "The four methods display a similar pattern in the density distribution, with a prominent normal-like peak near the expected poly(A) length, but also with a over-representation of shorter poly(A) tails, ranging at approximately ~0-10 nt (Figure 1)." Issue: "a over-representation" Correction: "an over-representation"

Sentence: "We expected that these shorter peaks were derived from either fragmentation of the transcript, mis-priming of internal poly(A) stretches or degradation of the poly(A) tails." Issue: tense mismatch ("expected" vs. "were derived"). Correction: "We expect" -- "were derived", loses context and tense contformity-- therefore the sentence should be adjusted- "We hypothesize that these shorter peaks are derived from either fragmentation of the transcript, mis-priming of internal poly(A) stretches, or degradation of the poly(A) tails."

Sentence: "Interestingly, upon investigating these earlier peaks, we found that Dorado excludes reads which are retained in the analysis by BoostNano, despite them being classified as passed reads (Figure 3)." Issue: Ambiguous pronoun "them." (them could incorrectly identify three possible targets in the sentence) Correction: "Interestingly, upon investigating these earlier peaks, we found that Dorado excludes reads retained in the analysis by BoostNano, even though these reads are classified as passed reads (Figure 3)."

Sentence: "Therefore, Dorado appears to be a more conservative approach than BoostNano." Issue: No grammar issues, but the statement could be more precise. Suggested improvement: "Thus, Dorado demonstrates a more conservative approach compared to BoostNano."

Sentence: "In order to determine which normal distribution fit the peak best, we found the parameters (mean, SD) which minimize the root mean square error between the candidate normal distribution and the density distribution for an interval of 10 nt to the right of the mode." Issue: Verb tense consistency ("fit"). Correction: "To determine which normal distribution fits the peak best, ..."

Sentence: "The peaks also lose their normal-like behavior for larger values." Issue: Could use a more formal tone. Correction: "The peaks also deviate from their normal-like behavior at larger values."

Sentence: "Next, we compared the computational time required by each method to predict the tail-length of 4000 reads." Issue: Hyphenation of "tail-length." Correction: "Next, we compared the computational time required by each method to predict the tail length of 4,000 reads."

Sentence: "BoostNano also offers the option of using the Application Programming Interface (API) call instead of the direct method, which omits the file copy implemented in the direct approach, reducing the run time to 8 m 8 s." Here, the sentence is extremely overwritten which cuases a lack of clarity. Correction: "BoostNano offers an alternative API-based method, which skips the file copy step of the direct approach, reducing the runtime to 8 minutes and 8 seconds."

Discussion

Discussion: ★★★☆☆ (3/5) The discussion as its strengths as it correctly identifies that Dorado's advantages (speed, integration with basecalling) make it appealing as a default choice. The authors acknowledge that all tools are within a similar accuracy range, suggesting the deciding factor may be speed or integration rather than raw performance differences. HOWEVER- there are areas for improvement: Further dissect the limitations of each tool. For example, BoostNano shows good SD but slightly off mean for R1; what does this mean for its use cases? Address the discrepancy between tailfindr, nanopolish, and Dorado in terms of how they define and detect poly(A) boundaries. Why does Dorado not evaluate start/end positions of poly(A) tails in event space, and how might this influence results? Include a brief discussion about how results might generalize to more complex transcriptomes. Real samples have varying GC content, fragment lengths, and potentially modified bases. A short commentary acknowledging these factors would show awareness that synthetic standards cannot capture the full complexity of natural RNA opulations. For these reasons, it is suggested that the authors suggest future directions. For instance, how could tool developers incorporate these findings to improve their methods? Could future benchmarking sets include a gradient of tail lengths to better understand length-specific biases?

Grammar Mistakes and errors in the discussion section: Sentence: "BoostNano and tailfindr tools provided estimation of the starting and ending positions of the poly(A) tails in event space while this information was absent in Dorado outputs." Issue: "provided estimation" should be "provide estimation" to align with present tense. Correction: "BoostNano and tailfindr tools provide estimation of the starting and ending positions of the poly(A) tails in event space, while this information is absent in Dorado outputs."

Sentence: "On the R1 dataset, BoostNano showed a tighter distribution with the smallest SD, but its peak was the furthest from the correct value." The issue here is that the test results are still speaking about genneral truths leading to verb tense inconsistency; "showed" should match other verbs in the section. Correction: "On the R1 dataset, BoostNano shows a tighter distribution with the smallest SD, but its peak is the furthest from the correct value."

Sentence: "tailfindr had the most accurate estimation but also the largest error interval."

The issue here is the verb tense mismatch; "had" should be consistent with present tense to show truth, not past truth. Correction: "tailfindr has the most accurate estimation but also the largest error interval."

Sentence: "Furthermore, Boostnano is more lenient in keeping reads for poly(A) estimation than Dorado."

Issue: "Boostnano" capitalization error; it should be "BoostNano." Correction: "Furthermore, BoostNano is more lenient in keeping reads for poly(A) estimation than Dorado."

Sentence: "Overall, our results suggest that the four tools investigated in this study - BoostNano, tailfindr, nanopolish and Dorado have similar performance with their accuracy varying from one dataset to the other, with a potential length bias."

Issue: Missing commas for clarity; replace "with their accuracy varying from one dataset to the other" for conciseness. Correction: "Overall, our results suggest that the four tools investigated in this study—BoostNano, tailfindr, nanopolish, and Dorado—have similar performance, with accuracy varying across datasets and showing potential length bias."

Sentence: "Therefore, we expect Dorado to be implemented as the default method of poly(A) tail estimation in the near future, with the rapid estimation timeframe, comparable estimation lengths to other tools, conservative nature and the added benefit of ease of obtaining this information during basecalling."

There are several issues here including verbosity and lack of parallelism. Correction: "Therefore, we expect Dorado to be implemented as the default method for poly(A) tail estimation, given its rapid estimation timeframe, comparable accuracy to other tools, conservative nature, and ease of integration with basecalling."

Sentence: "This work demonstrates the value of having access to synthetic RNA molecules with known poly(A) tail-lengths for validating the accuracy of poly(A) tail estimation algorithms."

Issue: The phrase "validating the accuracy of" could be simplified for readability. Correction: "This work demonstrates the value of synthetic RNA molecules with known poly(A) tail lengths for validating poly(A) tail estimation algorithms."

Sentence: "As methods improve, we anticipate that these datasets will be valuable for assessing improvements in estimation of poly(A) tails."

Issue: "improvements in estimation of" is awkward. Correction: "As methods improve, we anticipate that these datasets will be valuable for assessing advancements in poly(A) tail estimation."

References need to be added to accomodate the suggested material review, but existing references are good-

NEEDS REVISION Jesse Daniel Brown PD AASU

Note:

I previously reviewed this paper previously in Research Hub and you can read these comments via the Research Hub review page here: https://www.researchhub.com/paper/8634403/using-synthetic-rna-to-benchmark-polya-length-inference-from-direct-rna-sequencing/reviews#threadId=55398.

The original preprint linked to the Research Hub review is here: https://doi.org/10.1101/2024.10.25.620206

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf098), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 1: Christoph Dieterich

In this manuscript, the authors present a benchmark to assess the performance of different tools designed for estimation of polyA tail length from Nanopore direct RNA-sequencing data. These tools include tailfindr, nanopolish, Dorado and Boost Nano. Benchmarks on tools and algorithms to analyze Nanopore data, both third party tools and official ONT releases, are of utmost importance for the field. The use of synthetic constructs with known ground truth is recommended as well. Consequently, this study has the potential to provide a significant contribution to the field.

In the current form, I can however not recommend it for publication in GigaScience. My major concerns are: a) Use of only RNA002 data. This chemistry is outdated and thus the Benchmark is only relevant for old, possibly already published data. A comprehensive Benchmark should also include RNA004 and available tools there (at least Dorado). b) The current data set only contains two polyA tail length, which are relatively short and do not cover longer polyA tails that are common e.g. in mammalian cells. A proper Benchmark should show the performance of the analyzed tools over a range of polyA tail lengths.

Minor comments: 1) Abstract: "All four tools generate mean tail-length estimates which lie within 13% of the correct value." The value of 13% is given in the Abstract from the submission system, wherease the abstract in the Main text says 12%. Which value is correct? 2) Background, first paragraph: the role of the polyA tail in RNA circularization, which is required for efficient translation of cellular mRNAs is not mentioned. Reference is missing for "is increasingly recognised as a dynamic process which influences timing and degree of protein production." 3) Background, second paragraph: Chiron seems to be a relatively old basecaller (no models for new chemistries). It should be mentioned here that it is required for BoostNano. 4) Mis-priming of internal polyA sites may an important confounding (and currently overlooked) source of errors in Nanopore sequencing. This should be quantified properly and analyzed in more detail (length of these stretches, influence of other nucleotides within the A-rich stretch, etc.). Should be done as well on whole transcriptome data with more possible mispriming sites. 5) Why do the authors think that the poly(T) stretch of the RTA might be truncated? This is composed of DNA oligos, which should be quite stable 6) What are the parameters for filtering used by Dorado and BoostNano? Can the authors explain, why the filtered reads differ? 7) Dorado seems to systematically underestimate polyA tail length. Is this true also for data generated with RNA004 chemistry and longer polyA tails?

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf100), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 1: Finlay Maguire

In this paper the authors train a ResNet-based model to predict whether individual 10,000 sample chunks of nanopore signal data originate from live or killed bacterial isolate cultures. From live and UV-killed (at exponential phase) E. coli K-12 cultures DNA was extracted and sequenced using separate R10.4.1 flowcells on a MinION. Signal data from each read in the live and dead extractions were then processed by discarding the first 1,500 samples and dividing the remaining signals into 10,000 sample chunks. These were then split into a balanced 60:20:20 train, test, and validation datasets with the constraint that no two chunks from the same read would end up in the same dataset (e.g., chunk 1 and chunk 2 of 1st read in the killed culture would hypothetically be separated into train and test). During this they also explored/compared the impact of chunk size, model architecture, and performance of a sequence based model using the E. coli data. With a nicely performed class-activation map and masking approach they then identified the signal regions most strongly associated with dead-predictions (such as twisting/kinking/pore blockage of DNA around pyrimidine dimers). Finally, they applied their trained model to a live and heat-killed Chlamydia abortus culture and compared their results to stained microscopy and propidium monoazide PCR measures of viability. They found equivalent performance on the C. abortus data to their E. coli data (despite a different killing-method and taxa).

The manuscript is well written and the methods are clearly described (including well documented code and deposited data). The authors explainability methodology is excellent although it would have been nice to see a bit more in-depth interpretation of those results. The authors have also presented a convincing case that nanopore signal data does contain information that can be used to distinguish signal chunks from live and dead bacterial monocultures. This methods has the potential to be useful in clinical and environmental genomics if it can be extended to more heterogeneous metagenomic samples. However, despite the title and framing of this manuscript (i.e., "metagenomics"), their analyses do not involve any metagenomic data and their results so far do not demonstrate if this is fesible. Currently, the overall framing (and title) of the manuscript is not appropriate given the work performed at this point. Similarly, given that both E. coli and C. abortus "dead" cultures resulted in median read length less than half the live cultures, the authors do not fully make the case that the signal and ResNet approach is actually required relative to simpler baseline models. Finally, although they did evaluate performance on a complete separate dataset, the authors should at least explore/quantify the correlation of live/dead prediction across chunks of the same read given the default expectation of non-independence of signal chunks from the same read.

Major - Although the title and framing of the paper suggest that the authors are classifying live and dead bacteria in metagenomic datasets, the actual experiments and method developed are entirely based around sequencing of cultured clonal bacterial isolates. Metagenomic datasets are going to have considerably more heterogeneity in viability, species composition, and DNA signal characteristics. Given this, the paper's title, introduction, and parts of the discussion are a bit of an oversell and inappropriate. This manuscript should be revised to more clearly reflect the work actually performed.

• This paper doesn't establish whether a ResNet + Signal approach actually outperforms a much simpler baseline. For example, given there is a clear extraction and median read-length differences between live and dead samples, it is possible that a much simpler logistic model using basic features such as read length and/or translocation could perform equivalently.

• Although the C. abortus analysis demonstrates limited impact of leakage, I'm still a bit concerned that the potential non-independence of chunks from the same read (i.e., chunk 1 and chunk 3 of the same read are more likely to share similar live/dead signal characteristics than Chunk 1 and 3 of different reads). By not having multiple chunks of the same read in the training, validation, or test datasets the authors may have avoided issues with longer-reads being more represented in their datasets. However, this has the potential to introduce data leakage between train and test set (which may impact generalisability when they attempt to extend this method to metagenomics). I think this paper would be improved by some exploration of the correlation of live/dead prediction across chunks of the same read. How often do different chunks of the same read disagree? How does this impact the overall performance of the model? Does taking the average prediction across chunks of the same read improve or degrade performance? Would this problem be better suited to a multiple instance learning approach (i.e., a live/dead label applied to all chunks from a single read) especially in more heterogeneous datasets? To what degree do longer reads with more chunks contribute disproportionately to the overall performance in the C. abortus dataset?

Minor

• SRA records don't seem to be live yet (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?linkname=bioproject_sra_all&from_uid=1123127)

• Are the actual pod5 files available?

• Read-level performance should be analysed and reported.

• Figure 1B: the test subplot numbers are almost too small to read - they may benefit from being its own panel.

• Plot axes labels are not always clear (e.g., Figure 3) percentage of what? Chunks? or Reads? It would be nice to see consistent capitalisation of labels and legends.

• Predictions on viable E. coli and viable C. abortus seems surprisingly similar (91.44% vs 91.34% viable and 8.56% vs 8.66% dead) despite different taxa, potentially underlying viable cell proportion, and output probability densities. This would benefit from further discussion/analysis - do misclassified chunks have any common characteristics? Would you expect the E. coli to have similar microscopy/PCR measured viability percentage as the C. abortus.

• Would be good to see a bit more discussion/exploration of impact of mixed live/dead cells given ~37.6% viability measure in the C. abortus sample (e.g., how well do models perform with different ratios of live/dead reads) - could potentially be achieved using in-silico spike ins).

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf093), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 2: Jacek Majewski

Shapiro et al. describe the Open Pediatric Cancer Project, a dataset, web portals, and a Github repository to facilitate data access, analysis, and encourage collaborations using pediatric cancer omics data. While the concept is inspired, it does not constitute a significant advance over the previously described OpenPBTA project. The goal of the manuscript may be to provide a pointer to the updated datasets and web resources, but this does not seem like a sufficient reason to publish. As far as I can tell, all of the information in the manuscript is already provided on the OpenPedCan Bioportal (which is really useful, to be fair) and on GitHub. To publish a manuscript just as a pointer to that information does not seem justifiable in my opinion.

Major Concerns:

1. Novelty and Validity of Key Features:

The manuscript highlights several key features of OpenPedCan, including data harmonization, multi-omic integration, reproducibility, scalability, versioned data releases, accessibility, alignment with WHO 2021 classifications, and the open-source framework. However, these features are not novel. Many of them represent standard practices in the field. Moreover, some claims appear questionable: * Reproducibility: While the authors claim reproducibility, using OpenPedCan's dockerized workflows would require significant computational resources (e.g., 98GB of CPU) or expensive cloud services (e.g., AWS). * Accessibility: The platform's interface requires users to have a Gmail account, limiting its accessibility. Alternative login options should be considered. * Open-Source Framework: The manuscript does not adequately address how the framework handles access to controlled data, such as those integrated from external sources like TARGET and TCGA, which may require restricted access permissions.

1. Lack of Novel Methodologies and Findings:

2. While OpenPedCan integrates data from existing workflows and portals (e.g., Gabriella Miller Kids First, TCGA), the manuscript does not clearly outline novel methodologies or scientific contributions. Most prominently, the submission appears to be an incremental extension of the previous manuscript describing OpenPBTA published in Cell Genomics 2023. The only potentially novel components appear to be proteomics and molecular subtyping based on methylation, but no specific examples or case studies demonstrating the novelty or impact of these contributions are provided.

3. Redundancy with Existing Tools:

4. The manuscript states that OpenPedCan serves as a community resource for addressing research questions and providing orthogonal validation datasets. However, there is nothing presented in OpenPedCan that cannot already be achieved with existing tools. This makes the claim somewhat redundant, as the platform largely serves as a data integrator rather than offering unique capabilities.

Minor Concerns:

1. Splicing Analysis Module:

2. The manuscript refers to a splicing analysis module (Figure 2: OpenPedCan Analysis Workflow), but there is no further description or discussion of this module within the text. Further elaboration is needed.

3. Incomplete Module Descriptions:

4. The manuscript describes several analysis modules, but it should provide more comprehensive descriptions of the analysis modules, especially the Splicing Analysis module.
5. Additionally, the Molecular Subtyping component, based on molecular and methylation data, is the only module with a clear methodological explanation.
6. Further clarification on the methods used in other modules would be beneficial.

Synthèse du webinaire : Le programme EVARS, un outil indispensable pour la protection des enfants

Résumé

Ce document de synthèse résume les points clés du webinaire organisé par la FCPE nationale le 23 septembre 2025, consacré au programme d'Éducation à la Vie Affective, Relationnelle et à la Sexualité (EVARS).

Entré en vigueur à la rentrée 2025, ce programme vise à garantir l'application effective de la loi Aubry de 2001, qui rendait obligatoire trois séances annuelles d'éducation à la sexualité, mais qui n'était appliquée que pour 15 % des élèves en 2024.

Les intervenants — Marc Pelletier du Ministère de l'Éducation nationale, Sarah Durocher du Planning familial et l'animateur Didier Valentin — ont unanimement présenté le programme comme un enjeu nécessaire et indispensable pour la protection de l'enfance.

Il répond aux missions fondamentales de l'École : promouvoir l'égalité, lutter contre les discriminations, enseigner le consentement et prévenir toutes les formes de violence.

Le programme est également une réponse directe aux défis contemporains auxquels la jeunesse est confrontée, notamment l'exposition précoce à la pornographie, le harcèlement et les violences sexistes et sexuelles.

Élaboré suite à un vaste processus consultatif et validé par le Conseil d'État, le programme repose sur trois principes directeurs : l'unité thématique, la progressivité stricte des contenus adaptés à l'âge, et la complémentarité avec les autres enseignements. Il est obligatoire et les parents ne peuvent y soustraire leurs enfants.

La mise en œuvre s'appuie sur une formation massive des personnels de l'Éducation nationale et, dans le second degré, sur des interventions complémentaires d'associations agréées, toujours dans le cadre de projets co-construits avec les équipes pédagogiques.

Face aux campagnes de désinformation, les intervenants ont insisté sur la nécessité d'une communication claire auprès des familles pour dissiper les malentendus et réaffirmer que l'objectif n'est pas d'enseigner des pratiques sexuelles, mais de construire une culture du respect, de l'égalité et du bien-être.

Contexte et Justification du Programme EVARS

Un Impératif Légal et une Nécessité Sociale

Le programme EVARS a été conçu pour répondre à un déficit majeur dans l'application de la législation française.

Bien que la loi Aubry de 2001 ait rendu l'éducation à la sexualité obligatoire à raison de trois séances par an, un constat alarmant a été dressé en 2024 : seuls 15 % des élèves en avaient réellement bénéficié.

L'objectif principal du nouveau programme est donc de garantir l'effectivité de cette loi sur tout le territoire.

Marc Pelletier, de la Direction générale de l'enseignement scolaire (DGESCO), a souligné que l'EVARS s'inscrit pleinement dans les missions fondamentales que la Nation confie à l'École, telles que définies dans le Code de l'éducation :

• Promouvoir l'égalité, notamment entre les femmes et les hommes.

• Lutter contre toutes les formes de discrimination, y compris celles fondées sur le sexe, l'identité de genre ou l'orientation sexuelle.

• Éduquer au principe du consentement et au respect du corps humain.

• Prévenir toutes les formes de violence, en particulier les violences sexistes et sexuelles, et contribuer au repérage des situations de violences intrafamiliales, y compris l'inceste.

Répondre aux Enjeux Contemporains de la Jeunesse

Le programme a été jugé indispensable pour outiller les enfants et les adolescents face aux réalités et aux risques de leur époque. Plusieurs statistiques alarmantes ont été citées pour justifier son déploiement :

Enjeu

Donnée Clé

Exposition à la pornographie

23 millions de mineurs y sont exposés chaque mois.

Agressions sexuelles

Un enfant est victime toutes les trois minutes en France.

Violences sexuelles sur mineurs

80 % des victimes sont des filles.

Harcèlement scolaire

Concerne 5 % des écoliers, 6 % des collégiens et 4 % des lycéens qui se trouvent dans une situation de vulnérabilité.

Inceste

160 000 enfants en sont victimes en France.

Pour Sarah Durocher, présidente du Planning familial, l'un des principaux leviers pour contrer la désinformation massive à laquelle les jeunes sont exposés via Internet est une éducation structurée et fiable dispensée à l'école.

Le Soutien des Fédérations de Parents et des Associations

La FCPE, organisatrice du webinaire, a exprimé son soutien "avec force et convictions" au programme.

Pour la fédération, l'EVARS est essentiel pour informer, prévenir, construire une société plus égalitaire, libérer la parole, donner des repères clairs, apprendre à dire non et comprendre la notion de consentement.

La FCPE fait également partie du Collectif pour une véritable éducation à la sexualité, aux côtés du Planning familial et d'autres organisations, afin de parler d'une même voix et de fournir des outils concrets aux familles et aux établissements pour contrer la désinformation.

Élaboration, Contenu et Principes Directeurs

Un Processus de Création Consultatif et Validé

Le programme EVARS n'a pas été créé de manière arbitraire. Son élaboration a suivi un processus rigoureux et consultatif :

1. Groupe de travail (2023) : Mis en place pour analyser les raisons de la faible application de la loi de 2001.

2. Saisine du Conseil Supérieur des Programmes (CSP) : Le ministre Pap Ndiaye a mandaté le CSP pour élaborer un projet de programme, avec une attention particulière à la distinction entre le premier et le second degré.

3. Consultations : La DGESCO a mené de larges consultations sur la base du projet du CSP, incluant des professionnels de l'éducation, des organisations syndicales, des partenaires institutionnels et une consultation publique.

4. Adoption (Janvier 2025) : Le projet a été adopté à l'unanimité des votants au sein des instances consultatives.

5. Validation Juridique (Juin 2025) : Le Conseil d'État a rejeté deux recours administratifs demandant son annulation, confirmant ainsi sa conformité légale et son caractère "neutre et objectif".

Trois Principes Fondamentaux

Le programme est structuré autour de trois principes essentiels pour garantir sa cohérence et son adéquation.

1. Unité : À tous les niveaux, l'enseignement s'articule autour de trois questions structurantes :

• ◦ Comment se connaître, vivre et grandir ?  
• ◦ Comment rencontrer les autres, construire avec eux des relations respectueuses et s'y épanouir ?  
• ◦ Comment trouver sa place dans la société, y être libre et responsable ?

2. Progressivité : Le principe le plus fondamental est l'adaptation stricte des contenus et des modalités à l'âge et à la maturité des élèves. Le nom même du programme change pour marquer cette distinction :

• ◦ Premier degré (école) : Éducation à la Vie Affective et Relationnelle (EVAR).  
• ◦ Second degré (collège/lycée) : Éducation à la Vie Affective, Relationnelle et à la Sexualité (EVARS).

Le mot "sexualité" n'apparaît dans le programme qu'à partir de la classe de quatrième.

3. Complémentarité : Les trois séances annuelles forment un parcours cohérent.

L'EVARS est conçu pour compléter les enseignements disciplinaires (SVT, Enseignement Moral et Civique) et les actions éducatives globales de l'établissement (ex: programme de lutte contre le harcèlement).

Une Approche Progressive et Adaptée à Chaque Âge

Niveau

Dénomination

Thèmes Abordés

Maternelle

EVAR

Émotions, identification des parties du corps, notion d'intimité, reconnaissance des adultes de confiance.

Élémentaire (CP-CM2)

EVAR

Sentiments, stéréotypes de sexe, lutte contre les discriminations, consentement (abordé sans forcément nommer le terme), dangers d'Internet, harcèlement.

Collège

EVARS

Changements liés à la puberté, vie privée, respect de l'intimité, sentiments amoureux, respect des différences, prévention des violences (sexuelles, emprise).

Lycée

EVARS

Engagement dans une relation, droit d'être soi, acceptation et pression sociales, construction de relations saines à soi et aux autres.

Il est crucial de noter que le terme "sexualité" est entendu dans un sens global, incluant les dimensions psychologiques, affectives, juridiques et sociales, et non comme un cours sur les pratiques sexuelles.

Mise en Œuvre Pratique et Pédagogie

Le Rôle Central des Personnels de l'Éducation Nationale

Un effort de formation massif est en cours pour accompagner les équipes. Cela inclut des séminaires nationaux, des formateurs académiques, et des parcours de formation en ligne ("parcours magister") accessibles à tous les professeurs.

N'importe quel professeur volontaire peut animer ces séances, pas uniquement les enseignants de SVT.

Les personnels de santé scolaire (infirmières, psychologues) sont des acteurs clés.

Leur connaissance des élèves permet d'adapter les séances aux problématiques locales.

Des protocoles clairs existent pour l'accueil de la parole des enfants en cas de révélation de violences, garantissant que l'enseignant n'est jamais seul face à ces situations.

L'Intervention des Associations Agréées

Le recours à des partenaires extérieurs est encadré :

• Recommandé dans le second degré : Les interventions d'associations sont encouragées au collège et au lycée pour leur expertise complémentaire.

• Non prioritaire dans le premier degré : Le ministère préconise que les séances soient menées par les professeurs des écoles, intégrées au quotidien de la classe.

• Conditions strictes :

◦ L'association doit être agréée par le Ministère, un label garantissant son respect des valeurs de la République et la pertinence de son approche pédagogique.    ◦ L'intervention doit s'inscrire dans un projet pédagogique co-construit avec l'équipe de l'établissement.    ◦ Un professionnel de l'établissement doit toujours être présent pendant la séance.

Le Planning familial, qui intervient auprès de 3600 établissements, a précisé refuser autant de demandes qu'il en accepte, illustrant la forte demande du terrain.

Déroulement Type d'une Séance : L'Approche de Didier Valentin

Didier Valentin a illustré la pédagogie active et non-jugeante utilisée lors des séances.

• Philosophie : "N'essayons pas de convaincre, tentons de faire réfléchir." L'objectif est la réduction des risques et le développement de l'esprit critique.

• Focus sur le "Relationnel" : Une grande partie du travail porte sur la manière dont les jeunes interagissent, se parlent et vivent ensemble, bien avant d'aborder la sexualité.

• Outils interactifs : Les séances ne sont pas des cours magistraux. Elles s'appuient sur des outils participatifs qui partent du vécu des jeunes :

• ◦ Exemple 1 : Un tableau où les élèves collent des post-it sur les "avantages et inconvénients" d'être une fille, un garçon ou une personne non-binaire, pour lancer un débat sur les stéréotypes et l'empowerment.  
• ◦ Exemple 2 : Diffusion de courtes vidéos vues sur les réseaux sociaux (TikTok) pour lancer un débat contradictoire et analyser les discours (ex: masculinistes).

Questions des Parents et Lutte Contre la Désinformation

Cadre Réglementaire et Communication

• Caractère obligatoire : Il a été rappelé que l'EVARS est un enseignement obligatoire. Un parent ne peut pas demander une dispense pour son enfant.

• Information des familles : Le Ministère recommande fortement que les établissements communiquent de manière transparente sur les objectifs du programme, par exemple lors des réunions de rentrée, afin de "dissiper les malentendus".

• Rôle des parents d'élèves : Les représentants des parents ont un rôle à jouer dans les instances comme le Comité d'Éducation à la Santé, à la Citoyenneté et à l'Environnement (CESCE) pour participer à l'élaboration du projet d'établissement.

Répondre aux Inquiétudes et aux "Infox"

Les intervenants ont reconnu l'existence d'une "panique morale" et de campagnes de désinformation actives. Sarah Durocher a mentionné que certains groupes tentent de se faire élire comme représentants de parents d'élèves dans le but de faire barrage au programme.

Pour rassurer les familles, plusieurs points ont été martelés :

• Formation des intervenants : Les professionnels des associations sont formés (ex: 160 à 400 heures pour le Planning familial) et leur casier judiciaire est vérifié.

• Développement des compétences psycho-sociales : Le programme vise à renforcer les compétences émotionnelles, cognitives et relationnelles des élèves, qui sont des vecteurs de réussite scolaire et de bien-être.

• Une éducation féministe pour tous : Didier Valentin a résumé l'objectif comme une "éducation féministe" visant à déconstruire les stéréotypes de genre pour créer des relations plus égalitaires et, in fine, faire baisser les violences.

Synthèse de l'Audition sur le Service Civique

Résumé

L'audition de la présidente de l'Agence du service civique met en lumière la dualité d'un dispositif de 15 ans, largement salué comme un "vrai succès" par la Cour des Comptes et plébiscité par les jeunes et les structures d'accueil, mais aujourd'hui menacé par des restrictions budgétaires drastiques.

Avec plus de 868 000 participants depuis sa création, le Service Civique s'est imposé comme un outil majeur de cohésion sociale, de mixité et un tremplin d'insertion pour la jeunesse.

Cependant, l'annulation de crédits pour 2025 réduit la cible de 150 000 à 135 000 jeunes, supprimant de fait 15 000 missions et fragilisant un écosystème associatif déjà sous tension.

Les débats ont révélé un large consensus sur la pertinence du dispositif, mais aussi des inquiétudes profondes concernant son financement, les risques de substitution à l'emploi, les allégations de dévoiement idéologique et la tension structurelle entre sa vocation d'engagement citoyen et son rôle de facto dans l'insertion professionnelle.

1. Le Service Civique : Bilan et Impact en Chiffres

Créé par la loi du 10 mars 2010, le Service Civique est un dispositif d'engagement volontaire qui a démontré un impact significatif en 15 ans d'existence.

Fondamentaux du Dispositif

• Public : Jeunes de 16 à 25 ans (jusqu'à 30 ans pour les jeunes en situation de handicap).

• Mission : Mission d'intérêt général auprès d'associations ou d'institutions publiques.

• Durée : Environ 6 mois, avec un maximum de 12 mois.

• Intensité : En 2023, la durée moyenne était de 7 mois avec une intensité hebdomadaire de 27 heures.

• Indemnisation : 620 € par mois.

• Bénéfices : Accompagnement, formation civique et citoyenne (incluant les premiers secours), couverture sociale complète et validation de trimestres de retraite de base.

Bilan Quantitatif

• Total de participants : 868 000 jeunes ont réalisé une mission depuis 2010.

• Missions à l'étranger : 15 000 jeunes ont effectué leur mission à l'international.

• Volume annuel : Près de 90 000 nouvelles missions ont été engagées en 2023.

Pour 2024, le chiffre s'élève à 86 431 entrées en mission, correspondant à l'atteinte de la cible annuelle (avant réduction) de 150 000 jeunes en service civique sur l'année.

• Taux d'occupation : 100 % des places disponibles sont occupées depuis 2023.

Profil des Volontaires et Structures d'Accueil

Le dispositif se caractérise par une forte mixité sociale et de parcours.

Catégorie

Données Clés

Profil à l'entrée

1/3 étudiants, 1/3 demandeurs d'emploi, 1/3 inactifs.

Publics spécifiques

3,3 % de jeunes en situation de handicap.

14 % de jeunes issus des quartiers prioritaires de la ville (QPV).

31 % de jeunes issus de la ruralité.

Structures d'accueil

62 % en associations.

28 % dans l'État et ses opérateurs (ex: Ministère de l'Éducation Nationale).

9 000 organismes d'accueil différents au total.

Taux de Satisfaction et Impact

Le Service Civique est un dispositif très connu et apprécié, tant par les volontaires que par les recruteurs.

• Notoriété : Plus de 9 jeunes sur 10 connaissent le dispositif.

• Satisfaction des volontaires : 85 % des jeunes ayant effectué une mission se déclarent satisfaits.

• Satisfaction des recruteurs : Près de 70 % portent un avis favorable.

• Impact sur le parcours :

◦ Professionnel : 73 % des jeunes déclarent avoir mobilisé leur expérience pour leur parcours professionnel un an après leur sortie.    ◦ Orientation : 63 % l'ont utilisée pour leur orientation ou réorientation.    ◦ Insertion : 80 % des jeunes sont en emploi ou en formation 6 mois après la fin de leur mission.

• Impact sur l'engagement : 56 % des jeunes poursuivent une activité bénévole après leur mission, contre 36 % avant d'y entrer.

2. La Crise Budgétaire : Un Tournant pour le Dispositif

La principale menace pesant sur le Service Civique est d'ordre budgétaire, remettant en cause le consensus politique et la trajectoire de croissance du dispositif.

La Cible Historique de 150 000 Jeunes

Depuis 2017, un consensus national s'est établi autour d'une cible de 150 000 jeunes en service civique sur l'année, ce qui correspond à environ 85 000 nouvelles entrées en mission par an, soit un peu plus de 10 % d'une classe d'âge.

La loi de finances initiale pour 2025 prévoyait les moyens nécessaires pour atteindre cet objectif.

L'Impact des Annulations de Crédits

• Annulation pour 2024 : Plus de 70 millions d'euros ont été annulés.

• Décret d'annulation pour 2025 : Un décret a ramené la cible à 135 000 jeunes sur l'année, supprimant de fait 15 000 missions.

• Conséquences sur la trésorerie : La trésorerie de l'Agence a été réduite d'une norme prudentielle d'un mois à 15 jours, puis à une hypothèse de 6 jours (9 millions d'euros) pour 2025.

• Gel supplémentaire ("surgel") : Un surgel a été appliqué, dont le dégel partiel est espéré par la ministre.

Conséquences sur l'Écosystème

La réduction du nombre de missions a un double effet :

1. Pour les jeunes : 15 000 jeunes seront privés de cette opportunité, alors que la demande est déjà très forte (3 candidatures enregistrées pour 1 mission disponible).

2. Pour les associations : Cette réduction fragilise le tissu associatif, qui accueille la majorité des volontaires et dépend de leur contribution.

Plusieurs intervenants ont souligné que les associations, déjà confrontées à des baisses de subventions, verront leur capacité d'action et d'accueil diminuée.

3. Thèmes Stratégiques et Initiatives Clés

Malgré les difficultés budgétaires, l'Agence du service civique développe des axes stratégiques pour répondre aux priorités nationales et aux aspirations de la jeunesse.

Les Nouvelles Priorités Thématiques

• Service Civique Écologique : Lancé en avril 2024 avec un objectif de 50 000 missions d'ici 2027. La première étape de 1 000 missions supplémentaires a été dépassée, témoignant d'un "réel engouement" de la part des jeunes et de l'écosystème.

• Service Civique Solidarité Senior : Développé dans le cadre du plan "bien vieillir" pour répondre aux enjeux de société liés au vieillissement.

• Lutte contre le harcèlement scolaire : 1 000 missions ont été dédiées à la prévention et à la lutte contre ce fléau en milieu scolaire, un exemple jugé "archétypal" d'une mission réussie où les jeunes complètent l'action des agents publics sans s'y substituer.

Le Lien avec le Service National Universel (SNU)

L'abandon de la généralisation du SNU a eu un impact. Il était anticipé qu'une généralisation aurait massivement augmenté la demande de Service Civique, portant la cible théorique à 25 % d'une classe d'âge.

L'abandon de ce projet évite une amplification de la tension actuelle entre l'offre et la demande, mais la question du décalage reste "posée de manière cruelle".

Le Déploiement dans les Collectivités Territoriales

Le développement du Service Civique s'est historiquement appuyé sur des partenariats avec de grandes associations nationales.

Le déploiement dans les collectivités territoriales reste un axe de progression : seules 192 intercommunalités sur 1254 disposent d'un agrément.

Un travail a été engagé avec Intercommunalité de France pour faciliter l'accueil de volontaires au niveau local, notamment dans les petites communes.

4. Controverses et Préoccupations Soulevées

L'audition a été l'occasion pour les députés d'exprimer plusieurs critiques et inquiétudes majeures concernant le fonctionnement et la finalité du dispositif.

Le Risque de Substitution à l'Emploi

• Préoccupation : Des députés (notamment du groupe Écologiste) craignent que le Service Civique ne soit utilisé pour remplacer de "vrais emplois", notamment dans les services publics (ex: missions d'accueil).

• Réponse de l'Agence : C'est une "préoccupation constante" et essentielle. Le Code du service national l'interdit. L'Agence contrôle en amont (agrément) et en aval (signalements). La présidente note que le risque de substitution est plus élevé dans le secteur sportif associatif que dans les services publics, où la satisfaction des jeunes est par ailleurs plus élevée.

Allégations de Dévoiement et Questions de Neutralité

• Préoccupation : Le Rassemblement National, s'appuyant sur un article du Journal du Dimanche, a soulevé le risque de "dévoiement" du dispositif au profit de "structures exclusivement tournées vers l'aide aux migrants" ou d'"écoles privées musulmanes", questionnant le respect de la neutralité républicaine.

• Réponse de l'Agence : La présidente a fermement réfuté ces allégations, qualifiant l'article de "mal documenté". Elle précise que l'association La SIMAD n'a accueilli que deux volontaires depuis 2020 et que l'association La Plume Bleue n'en a jamais accueilli. Elle a rappelé que l'Agence travaille avec les cellules préfectorales de lutte contre l'islamisme radical (CLIR) pour renforcer les contrôles.

Un Outil d'Insertion Professionnelle plutôt que d'Engagement Citoyen ?

• Préoccupation : Un député (groupe UDR) a avancé que le dispositif s'est transformé en "simple contrat jeune", servant davantage l'insertion professionnelle que l'engagement citoyen.

Il s'appuie sur une étude de l'INJEP montrant une corrélation entre le taux de chômage des jeunes et le recours au Service Civique, ainsi que sur les fortes disparités territoriales (27,4 % de participation dans les DROM contre 9,5 % dans l'Hexagone).

• Réponse de l'Agence : La présidente reconnaît que les motivations professionnelles sont une évidence et que le dispositif est un "tremplin vers l'emploi".

Elle insiste cependant sur le fait qu'il s'agit d'une expérience allant au-delà d'un "simple contrat", car elle offre une "expérience concrète des valeurs de la République" et vise à "humaniser le service public".

Inclusivité et Accessibilité

• Préoccupation : Le faible taux de participation des jeunes en situation de handicap (3,3 %) a été souligné (groupe Liot).

• Réponse de l'Agence : Ce chiffre est jugé "certainement insuffisant" mais en progression (+1,5 point en 4 ans).

La principale réponse pour améliorer l'accessibilité de tous les publics est de développer une offre "d'ultra-proximité" sur tout le territoire, afin de ne pas rendre un déménagement nécessaire.

5. Citations Marquantes

Sur le succès et la menace (Présidente de la commission) : "La Cour des comptes a souligné, je cite, que le service civique est un vrai succès malgré quelques fragilités.

Ce constat est donc favorable aujourd'hui et menacé par certaines interrogations pour ne pas dire inquiétude sur le devenir de ce dispositif."

Sur l'essence du dispositif (Priska Tevenot, Ensemble) : "S'engager et apprendre de soi, c'est ce qui distingue le volontariat en service civique du simple job étudiant. [...] Le service civique, c'est une école de l'engagement, une école de la vie."

Sur la rigueur budgétaire (Florence Joubert, Rassemblement National) : "Ce dispositif mérite d'être soutenu à condition qu'il ne soit pas dévoyé.

Car nous parlons tout de même d'un financement public de près de 600 millions d'euros par an."

Sur la substitution à l'emploi (Sophie Tailler Paulian, Écologiste) : "Comment éviter que le service civique ne vienne finalement remplacer de vrais emplois et ne soit pas finalement aussi une sorte de sas [...] avant d'entrer dans un vrai emploi ?"

Sur le sacrifice du Service Civique (Florence Erouin Léotet, Socialiste) : "C'est pourtant pour tenter de sauver ce dispositif [le SNU] en échec que l'on choisirait de sacrifier le service civique, un outil d'émancipation et de fraternité républicaine."

Sur la confusion des genres (Maxime Michelet, UDR) : "Le service civique semble être parfois davantage un outil d'insertion professionnelle que d'engagement citoyen."

Sur la finalité du dispositif (Présidente de l'Agence) : "La promesse [du Service Civique] n'est autre encore une fois que de faire l'expérience de l'intérêt général et de la cohésion républicaine, de la mixité sociale. Donc c'est une promesse effectivement supérieure à celle d'un simple contrat jeune."

Sur la valeur ajoutée (Présidente de l'Agence) : "Il [le Service Civique] ne se substitue pas à l'emploi, aux agents publics, mais il humanise le service public. [...]

C'est vraiment un des moteurs qui fait la différence entre l'engagement de service civique et une simple expérience professionnelle."

I was not able to find this term in the reading of Chapter 3. I am glad I thought to look in the glossary, as had I used what I found on the internet, I would have been talking about "unintended consequences of a medical treatment..." I will be using the glossary more often, from here on out, in this class.

Synthèse des Auditions de la Cour des Comptes : Enseignement Primaire et CVEC

Résumé

L'audition de la Cour des comptes à l'Assemblée nationale a mis en lumière des diagnostics critiques concernant deux piliers du système éducatif français : * l'enseignement primaire et * la Contribution de Vie Étudiante et de Campus (CVEC).

Concernant l'enseignement primaire, le rapport dresse un "constat d'échec" de la politique publique.

Malgré une dépense croissante (55 milliards d'euros en 2023, soit 2% du PIB), le niveau des élèves français est alarmant, se classant dernier de l'Union européenne en mathématiques en CM1.

Le système aggrave les inégalités sociales et territoriales, avec une organisation du temps scolaire jugée "en décalage avec les besoins de l'enfant", notamment la semaine de 4 jours.

La Cour préconise une refonte du modèle scolaire, incluant la systématisation des regroupements d'écoles, la réforme du statut des directeurs pour leur accorder plus d'autonomie, l'amélioration de l'attractivité du métier d'enseignant et une meilleure association des collectivités territoriales via des conventions triennales.

Pour la CVEC, le bilan est contrasté. Depuis 2018, près de 900 millions d'euros ont été collectés, finançant des actions bénéfiques pour la vie étudiante (santé, culture, social).

Cependant, le dispositif souffre d'un manque de transparence, d'une gestion complexe et d'une sous-utilisation notable des fonds, avec un reliquat de 100 millions d'euros. Le nombre d'étudiants assujettis n'est même pas connu précisément par le ministère.

La Cour recommande de résorber les crédits inutilisés, de renforcer l'information et l'association des étudiants, de clarifier les règles de calcul de la contribution et d'assurer un suivi rigoureux de son utilisation, notamment par un rapport annuel au Parlement.

I. Rapport sur l'Enseignement Primaire : Un Modèle à Réinventer

Le rapport de la Cour des comptes sur les 6,3 millions d'élèves des 48 000 écoles françaises est le fruit d'une analyse nationale et territoriale approfondie.

Il s'articule autour de quatre constats majeurs qui appellent à une refonte structurelle du système.

1. Constat d'Échec : Baisse de Niveau et Aggravation des Inégalités

La Cour qualifie sans équivoque la politique publique d'enseignement primaire d'« échec ». Les indicateurs de performance sont particulièrement préoccupants :

• Niveau Scolaire en Chute Libre : Malgré une dépense par élève en hausse, le niveau suit une tendance inverse.

◦ Mathématiques (CM1) : La France se classe dernière des 21 pays de l'Union européenne participant à l'enquête.    ◦ Français :

Après une baisse continue depuis 2001, le niveau stagne, plaçant la France à l'antépénultième place des 18 pays de l'UE évalués.

• Explosion des Inégalités : L'école primaire non seulement reproduit mais "creuse les inégalités".

◦ Déterminisme Social : Une corrélation "très nette" existe entre les difficultés scolaires et l'origine sociale des parents.

Les enfants de cadres améliorent leurs résultats, tandis que ceux des ouvriers voient les leurs diminuer.    ◦ Disparités Territoriales :

Des inégalités aigües sont observées, notamment dans les académies ultramarines où, malgré un coût par écolier supérieur de 30%, le niveau des élèves est particulièrement bas.

2. Organisation Inadaptée et Crise d'Attractivité du Métier

L'organisation même de l'école est pointée du doigt comme étant déconnectée des besoins fondamentaux des élèves.

• Rythmes Scolaires : S'appuyant sur l'avis de l'Académie nationale de médecine, la Cour souligne que "l'organisation du temps scolaire n'apparaît pas prioritairement conçu en fonction des élèves".

Le rapport met en évidence le "rôle néfaste de la semaine dite de 4 jours", une spécificité française au sein des pays de l'OCDE où le modèle dominant est la semaine de 5 jours.

• Crise du Recrutement des Enseignants : Le manque d'attractivité du métier est devenu structurel.

◦ Postes non pourvus : En 2024, 1 350 postes de professeurs des écoles n'ont pas été pourvus sur 10 270 offerts (près de 13%).

Dans certaines académies comme Créteil et Versailles, il y a moins d'un candidat par poste.  

◦ Facteurs Multiples : Faible reconnaissance sociale, rémunération peu attractive en début de carrière, conditions de travail dégradées et carrières peu évolutives.

3. Le Paradoxe d'une Dépense Croissante pour des Résultats Décevants

Alors que les effectifs sont en forte baisse (prévision de 350 000 élèves en moins entre 2023 et 2028), la dépense publique pour l'école primaire ne cesse d'augmenter.

Indicateur

Données Clés

Dépense Totale (2023)

55 milliards d'euros (2% du PIB)

Part de la Dépense Nationale d'Éducation

29 %

Croissance (2013-2022)

+12 % (+6 milliards d'euros hors inflation)

Répartition du Financement (hors pensions)

État : ~20 milliards d'euros (2022)

Collectivités territoriales : 19 milliards d'euros (2022)

Cette augmentation continue, couplée à la dégradation des résultats, impose selon la Cour de s'interroger sur "l'efficience de la politique éducative".

4. Recommandations pour une Refondation

Face à ce diagnostic, la Cour formule plusieurs recommandations structurelles pour "repenser le modèle actuel de l'école" :

• Gouvernance :

◦ Statut du Directeur d'École : Engager une réforme pour généraliser progressivement la fonction de directeur à temps complet, en commençant par les écoles regroupées, afin de leur donner les leviers pour piloter le projet pédagogique.     ◦ Regroupement d'Écoles : Systématiser les regroupements pédagogiques dans les territoires en déclin démographique (18% des écoles comptent déjà une ou deux classes).     ◦ Partenariat avec les Collectivités : Établir des conventions triennales entre les services de l'Éducation nationale et les collectivités pour objectiver la politique éducative locale (carte scolaire, bâti, périscolaire).

• Attractivité et Formation des Enseignants :

• ◦ Recrutement : Diversifier les viviers en ouvrant plus de postes au 3ème concours et permettre des recrutements sur contrats de moyen terme dans les académies en tension. 

• ◦ Formation Continue : Assurer le remplacement systématique des enseignants en formation, favoriser les formations en équipe de proximité et mieux utiliser les crédits budgétaires alloués (60% non consommés en 2022).

• Pédagogie et Bien-être :

• ◦ Centrer sur l'Élève : Faire du bien-être une priorité, en améliorant la cohérence entre les temps scolaire, périscolaire et extrascolaire.  
• ◦ Numérique : Mieux intégrer le numérique comme outil pédagogique, en renforçant la formation des enseignants.  
• ◦ Transition Écologique : Adapter le bâti scolaire, dont 52% présente des risques climatiques de grande ampleur (canicules, inondations).

II. Rapport sur la Contribution de Vie Étudiante et de Campus (CVEC) : Entre Utilité et Opacité

Issu d'une saisine citoyenne, le rapport sur la CVEC analyse l'utilisation d'une contribution qui a généré près de 900 millions d'euros depuis sa création en 2018.

1. Un Dispositif Utile mais Perfectible

La CVEC a permis de financer des actions diversifiées qui ont contribué à améliorer la vie étudiante : services d'écoute psychologique, épiceries solidaires, ateliers sportifs et culturels, aide à l'équipement numérique. Paradoxalement, sa création s'est accompagnée d'un gain de pouvoir d'achat pour la majorité des étudiants, car elle a remplacé la cotisation à la sécurité sociale étudiante, bien plus élevée (217 € en 2017-2018).

2. Principaux Enseignements et Dysfonctionnements

L'enquête de la Cour met en évidence six points critiques :

1. Sous-utilisation des Fonds : Environ 100 millions d'euros sur les 900 millions collectés entre 2018 et 2024 n'avaient pas été dépensés à la date de l'enquête.

2. Gestion Complexe : Le dispositif est jugé complexe, avec une redistribution par péréquation.

De plus, une sous-évaluation des plafonds a conduit à des reversements de 14 millions d'euros au budget général de l'État.

3. Augmentation du Montant : Le montant est passé de 90 € en 2018 à 105 € pour la rentrée 2024, soit une hausse de plus de 16%, sans que les modalités de calcul soient clairement définies pour en maîtriser la progression.

4. Recouvrement Imprécis : Ni le ministère, ni le réseau des œuvres universitaires ne connaissent le nombre précis d'étudiants assujettis, empêchant de vérifier que tous ceux qui le doivent paient la contribution.

5. Manque de Cadrage : Il n'existe pas de définition claire de la "vie étudiante", ce qui nuit à la cohérence des dépenses.

Les seuils d'affectation (30% pour les projets étudiants et le social, 15% pour la médecine préventive) ne sont pas uniformément appliqués.

6. Manque de Transparence : Les étudiants ont une connaissance "extrêmement limitée" de l'utilisation de la CVEC.

L'information du Parlement est également jugée insuffisante.

3. Recommandations de la Cour des Comptes

Pour remédier à ces faiblesses, la Cour émet cinq recommandations principales :

1. Résorber les reliquats de crédits inutilisés d'ici 2026.

2. Préciser la méthode d'indexation de la CVEC sur l'inflation, en prévoyant un mécanisme de plafonnement de la hausse.

3. Mettre en place des outils pour s'assurer du complet recouvrement de la taxe.

4. Accroître le financement des projets pour les étudiants inscrits dans des établissements non bénéficiaires.

5. Renforcer l'information des étudiants et transmettre au Parlement un rapport annuel détaillé sur l'utilisation de la CVEC.

La Cour souligne enfin que la CVEC "ne pouvait à elle seule répondre à tous les besoins des étudiants", qui relèvent de politiques publiques de plus grande ampleur (logement, santé, précarité).

III. Perspectives et Débats Parlementaires

Les interventions des députés ont reflété une large adhésion aux constats de la Cour, tout en soulignant des points de divergence sur les solutions et des préoccupations politiques spécifiques.

• Sur l'enseignement primaire, un consensus s'est dégagé sur la gravité de la situation.

Les députés ont interrogé la Cour sur les leviers prioritaires à actionner, le bien-fondé du retour à la semaine de 4,5 jours, la nécessité de se concentrer sur les savoirs fondamentaux, et le besoin d'une plus grande autonomie pour les établissements.

• Sur la CVEC, les critiques ont été vives concernant le manque de transparence, les fonds non utilisés et l'augmentation de son montant.

Plusieurs groupes (Écologiste, LFI-NFP, GDR) ont qualifié la CVEC de "taxe injuste" et appelé à sa suppression au profit d'un financement direct par l'État.

Le groupe RN a également dénoncé le financement présumé "d'événements à caractère politique et communautaire".

En réponse, la Cour a insisté sur quatre pistes pour améliorer la transparence de la CVEC : une meilleure association des étudiants aux commissions de décision (en visant un quota de 50%), une communication plus large sur les projets financés (via des portails en ligne, des "ambassadeurs CVEC"), une harmonisation des bilans financiers des établissements, et une clarification des dispositifs pour éviter les doublons.

Results showing a gradual process of how gua sha therapy affected DPN. 12 weeks: reduced severity of neuropathy symptoms, improved performance of sensory function, reduced peripheral artery disease, and better controlled plasma glucose by comparing with the control group.

Synthèse de la Mission Flash sur l'Accompagnement à l'Orientation des Élèves

Synthèse

Ce document de synthèse présente les conclusions de la mission flash sur l'évaluation de l'accompagnement des élèves à la découverte des métiers et à l'orientation, menée par les rapporteurs Arnaud Bonet et Laurent Croisier.

Après quatre mois de travaux et plus de 24 auditions, le rapport dresse le constat d'un système d'orientation perçu comme un "chantier perpétuel" et un "chemin escarpé", source d'angoisse pour les élèves, les familles et les équipes éducatives, en raison de l'absence d'une stratégie nationale claire et de la succession de réformes.

Les conclusions s'articulent autour de cinq axes majeurs :

1. Un parcours d'orientation continu : L'orientation doit être un processus de long terme, débutant dès l'école primaire pour déconstruire les stéréotypes et s'étendant tout au long de la scolarité, en impliquant étroitement les familles.

2. Un accompagnement individualisé : La mise en place d'un référent orientation issu du corps enseignant dans chaque établissement est jugée indispensable, tout comme la création d'un droit effectif à la réorientation et la valorisation des compétences non académiques.

3. La lutte contre les inégalités : Le rapport souligne que l'orientation reste fortement déterminée socialement et propose des mesures pour combattre l'autocensure, revaloriser la voie professionnelle et mieux accompagner les élèves en situation de handicap et ultramarins.

4. La mobilisation des moyens : Des investissements significatifs sont nécessaires, notamment pour la formation certifiante des enseignants, le financement d'heures dédiées à l'orientation et la révision de la carte des Centres d'Information et d'Orientation (CIO).

5. Une coordination renforcée des acteurs : Face aux tensions et à la confusion nées du partage de compétences entre l'État et les Régions depuis 2018, le rapport préconise une clarification des rôles et une meilleure articulation des actions pour offrir un parcours plus cohérent aux élèves.

Au total, 45 pistes d'amélioration sont proposées pour transformer l'orientation d'un parcours subi en un levier d'égalité des chances et d'émancipation, permettant à chaque jeune de construire un avenir choisi.

Analyse Détaillée des Conclusions du Rapport

1. Constat Général : Un Parcours d'Orientation Fragmenté et Anxiogène

Les rapporteurs ouvrent leur analyse en qualifiant l'orientation de "chantier perpétuel" et de "chemin escarpé et redouté".

Ce système est marqué par une succession de réformes qui, faute d'une véritable stratégie nationale, ont abouti à une fragmentation des actions.

L'orientation est trop souvent vécue comme une série de décisions ponctuelles et anxiogènes plutôt que comme un processus continu et réfléchi.

2. Axe 1 : Pour un Continuum d'Orientation de l'École Primaire au Lycée

Pour remédier à cette fragmentation, le rapport insiste sur la nécessité de concevoir l'orientation comme un processus s'inscrivant dans la durée.

• Découverte des métiers dès le primaire : Il est proposé d'anticiper la démarche de découverte des métiers dès l'école primaire.

L'objectif n'est pas d'orienter précocement les élèves, mais d'élargir leurs horizons et de "déconstruire les représentations conduisant à l'autocensure", car "la construction des stéréotypes n'attend pas la classe de 5e".

• Implication des familles : Considérant que les parents sont les "premiers prescripteurs de l'orientation", le rapport préconise d'instaurer un dialogue régulier entre les familles et les équipes éducatives, avec un premier temps d'échange formel dès la classe de 5e.

• Transparence de l'information :

◦ Face à une information abondante mais parfois "paralysante", le rôle de l'ONISEP comme acteur de référence est salué.

La nouvelle plateforme "Avenir(s)", déployée depuis décembre 2023, a vocation à devenir l'outil central pour l'accompagnement de la 5e à la terminale.

Son adoption reste cependant un défi, avec 86 000 élèves connectés au 30 mai 2024, pour un objectif initial de 200 000.    *  ◦ Une alerte est lancée sur les intitulés des diplômes et des formations, jugés souvent sources de confusion.

• Parcoursup : La plateforme est décrite comme "complexe, opaque et anxiogène". Les rapporteurs recommandent :

• ◦ D'inscrire dans la loi l'obligation de transparence des algorithmes (déjà publics).  

• ◦ De rendre publics et clairement formulés les critères de sélection des commissions de vœux.  

• ◦ L'un des rapporteurs recommande de "rechercher une alternative crédible à Parcoursup" pour garantir un accueil inconditionnel dans les filières universitaires non sélectives.

• Réforme des stages :

• ◦ Pour le stage de 3e, il est proposé de permettre de le scinder en plusieurs expériences courtes pour découvrir un panel de métiers plus varié et lutter contre la reproduction des inégalités sociales.  

• ◦ Pour le stage de 2de, il est proposé de supprimer son caractère obligatoire pour en faire un "espace de découverte et d'approfondissement d'un projet personnel".  

• ◦ La diffusion du "job shadowing" (suivi d'un professionnel pendant une journée) est également recommandée.

3. Axe 2 : La Nécessité d'un Accompagnement Personnalisé

L'aide individualisée à l'orientation, bien que prévue dans les textes, n'est pas toujours effective.

Trois pistes sont avancées :

• Un référent orientation dans chaque établissement : La nomination d'un "référent pour l'orientation et la découverte des métiers" est préconisée dans chaque établissement, y compris dans les lycées généraux et technologiques.

Ce rôle devrait être confié à un personnel enseignant, et non à un psychologue de l'Éducation nationale (Psy-EN), pour plusieurs raisons :

• ◦ Les enseignants sont au contact quotidien de l'ensemble des élèves.  

• ◦ Les Psy-EN sont en nombre insuffisant (ratio estimé à 1 pour 1200 à 1300 élèves).    ◦

Les Psy-EN partagent leur temps entre plusieurs établissements et leurs missions sont désormais majoritairement centrées sur le suivi psychologique.

• Un droit effectif à la réorientation : Les parcours scolaires sont jugés "trop rigides".

Le rapport appelle à un "véritable droit à la réorientation", perçu non comme un échec mais comme une opportunité, en créant des passerelles effectives entre les différentes voies.

• Valorisation des compétences non académiques : Le rapport insiste sur la nécessité de repérer et de mettre en valeur les compétences et ressources des élèves, y compris ceux en difficulté scolaire.

4. Axe 3 : Lutter Contre les Déterminismes et les Inégalités

L'orientation scolaire reste "très largement socialement déterminée". Le rapport cible cinq champs d'action :

• Combattre l'autocensure : Encourager les mécanismes d'inspiration par les pairs ("rôles modèles") en mobilisant d'anciens élèves, des étudiants ou de jeunes professionnels.

• Impliquer toutes les familles : Organiser des événements sur l'orientation dans des tiers-lieux (maisons de quartier, mairies) pour toucher les familles les plus éloignées de l'école.

• Revaloriser la voie professionnelle : Pour lutter contre la perception de la voie professionnelle comme un "choix par défaut" et une "orientation subie", il est proposé d'inciter à la création de lycées polyvalents et d'expérimenter des classes mixtes en seconde (générale, technologique et professionnelle) autour d'un tronc commun.

• Élèves en situation de handicap :

• ◦ Garantir un accès prioritaire à l'internat. 
• ◦ Automatiser la transmission des informations sur les aménagements de scolarité entre établissements (avec accord de la famille).

• Néobacheliers ultramarins :

• ◦ Augmenter le montant de l'aide "Parcours" (actuellement 500 €).  
• ◦ Rehausser le plafond fiscal (actuellement environ 27 000 €) du "Passeport pour la mobilité des études".

5. Axe 4 : Moyens Humains et Budgétaires à Mobiliser

L'atteinte des objectifs nécessite des moyens concrets.

• Formation des personnels : Mettre en place une formation obligatoire et certifiante à l'orientation pour les enseignants, tant en formation initiale (INSPÉ) que continue.

• Financement des heures dédiées : Les volumes horaires prévus (12h en 4e, 36h en 3e, 54h au lycée) sont souvent indicatifs et non financés.

Le rapport demande que ces heures soient intégrées à l'emploi du temps et que le référent orientation bénéficie d'une décharge horaire sur ses obligations de service, plutôt qu'une simple indemnité via le "Pacte enseignant".

• Rôle des Psy-EN et carte des CIO :

• ◦ Mettre à jour le Code de l'éducation qui mentionne encore les "conseillers d'orientation-psychologues", un corps abrogé en 2017.  
• ◦ Formaliser par convention la mission d'appui des Psy-EN aux enseignants.   
• ◦ Revoir la carte des 411 CIO, dont le nombre a été réduit d'un quart en dix ans, afin de garantir qu'aucun élève ne soit à plus de 45 minutes en transport en commun d'un centre.

6. Axe 5 : Améliorer la Coordination entre les Acteurs

La loi de 2018 confiant l'information sur les métiers aux Régions a créé une source de "confusion" et de "tension" avec l'État, responsable du conseil.

• Un partage de compétences flou : Un consensus se dégage sur la nécessité de clarifier les missions de chacun, sans pour autant opérer un nouveau transfert de compétences vers les Régions.

• Une offre régionale méconnue : L'action des Régions est mal connue des établissements.

Selon la Cour des comptes (2022), seuls 22 % des établissements déclarent avoir recours aux ressources régionales documentaires et 12 % aux dispositifs régionaux.

• Des outils de coordination inopérants : Le programme annuel d'orientation, qui doit articuler les actions de la Région et le projet de l'établissement, n'est que très rarement mis en place.

• Recommandations de coordination :

• ◦ Améliorer la communication sur l'offre de services des Régions.  
• ◦ S'assurer de la mise en place du programme annuel d'orientation dans chaque établissement.  
• ◦ Cartographier les actions régionales pour identifier les zones non couvertes.  
• ◦ Garantir que la plateforme "Avenir(s)" de l'ONISEP valorise les informations régionales pour éviter la concurrence.

Synthèse du Rapport sur les Impacts des Réformes du Baccalauréat Professionnel

Résumé

Ce document de synthèse analyse les conclusions d'un rapport parlementaire sur les réformes successives du baccalauréat professionnel.

Le diagnostic central est sans appel : malgré un discours politique constant valorisant la voie professionnelle comme une filière d'excellence, celle-ci demeure une "voie de garage" perçue négativement, marquée par une forte ségrégation sociale et scolaire.

Les réformes successives depuis 2009, notamment le passage du bac en trois ans, sont identifiées comme la source d'une baisse continue du niveau des élèves. Cette érosion est principalement due à une réduction drastique du volume horaire des enseignements, en particulier généraux, ce qui affaiblit les savoirs fondamentaux des bacheliers.

En conséquence, leur insertion professionnelle se dégrade (taux d'emploi à 6 mois passé de 50% en 2011 à 45% en 2022) et leur poursuite d'études, bien que croissante, se solde par un taux d'échec élevé (41% en BTS), qualifié de "gâchis humain" et de "trahison".

Les dispositifs récents, tels que le "parcours différencié" en terminale, sont jugés contre-productifs, générant un absentéisme massif et des difficultés d'organisation insolubles.

Le rapport préconise des mesures correctrices, dont la possibilité d'une quatrième année de formation pour les élèves en difficulté, et critique le manque de vision stratégique et de concertation qui caractérise les politiques menées.

1. Diagnostic d'une Voie Dévalorisée et Ségrégative

Le rapport dresse un portrait sombre de la perception et de la composition sociologique du baccalauréat professionnel, soulignant une hypocrisie politique persistante.

1.1. Une Perception Négative et une Hypocrisie Institutionnelle

Bien qu'un bachelier sur trois soit titulaire d'un baccalauréat professionnel (173 000 lauréats en 2024), le diplôme souffre d'un déficit d'image majeur.

• Absence de Célébration : Le rapport note que "l'on ne fête que rarement la réussite au baccalauréat professionnel", un détail révélateur du regard porté sur ce diplôme par les élèves eux-mêmes et la société.

• Discours Politique Contredit par les Faits : Les responsables politiques de tous bords promeuvent la voie professionnelle comme une "voie d'excellence", mais cette rhétorique masque une réalité de relégation et de promesses non tenues.

Le rapport dénonce une "forme d'hypocrisie consistant à porter au Pinacle cette voie de formation tout en tolérant la relégation".

• Double Discours Interne : L'institution scolaire elle-même entretient une ambiguïté, certaines autorités académiques reprochant aux collèges d'orienter "en trop grand nombre" des élèves vers le bac pro, leur "manquant d'ambition".

1.2. Un Concentré de Difficultés et une Ségrégation Sociale Massive

Les lycées professionnels concentrent les difficultés du système éducatif et fonctionnent comme une zone de ségrégation sociale.

• Surreprésentation des Milieux Populaires : 70 % des élèves ont des parents employés, ouvriers ou inactifs, contre moins de 40 % dans les voies générale et technologique.

• Poids de l'Éducation Prioritaire : 29 % des élèves de REP+ et 26 % des élèves de REP s'orientent en seconde professionnelle, contre 18 % hors éducation prioritaire et seulement 10 % issus du privé.

• Concentration des Élèves à Besoins Éducatifs Particuliers :

◦ Les jeunes en situation de handicap sont cinq fois plus nombreux en lycée professionnel qu'en filière générale.    ◦ 42 % des élèves allophones scolarisés en lycée le sont en formation professionnelle.

• Orientation Subie : La voie professionnelle est majoritairement une orientation par défaut pour les élèves au niveau scolaire jugé insuffisant. Près de 80 % des élèves du décile le plus faible en 6ème rejoignent un CAP ou une seconde professionnelle, contre seulement 1,8 % des élèves du décile le plus élevé.

2. L'Érosion du Niveau : Causes et Conséquences

Le rapport conteste fermement la thèse ministérielle d'une élévation du niveau et identifie la réduction du temps de formation comme la cause principale de la baisse des compétences des bacheliers.

2.1. Le Passage au Bac en 3 ans : "La Mère de Toutes les Contre-réformes"

La réforme de 2009, passant le cursus de 4 à 3 ans, est considérée comme la décision fondatrice de la dégradation de la filière.

• Logique Erronée d'Égalité : La réforme visait "l'égale dignité" avec les filières générales en alignant la durée des études.

Le rapport critique cette approche, arguant que "le principe d'égalité impose de traiter de façon identique des situations identiques mais n'impose nullement de traiter de façon identique des situations différentes".

Les élèves de la voie professionnelle, ayant des acquis scolaires plus faibles, nécessitaient au contraire un soutien renforcé.

• Avertissements Ignorés : Dès 2005, un rapport de l'Inspection Générale prévenait qu'une "grande majorité d'élèves ne peut pas suivre un parcours vers un baccalauréat professionnel en 3 ans".

2.2. Une Diminution Continue du Volume d'Enseignement

Les réformes successives ont entraîné une baisse constante du temps de formation, affectant particulièrement les savoirs fondamentaux.

Année de Réforme

Volume Horaire Total (sur 3 ans)

Volume des Enseignements Généraux (sur 3 ans)

2009

2900 heures

1218 heures

2018

2520 heures

-

2023

2350 heures

1070 heures

Cette réduction a eu pour conséquence une "perte de connaissance générale et de compétences professionnelles", un "déficit de maturité et de savoir-être" unanimement dénoncés par les syndicats, organisations patronales et experts entendus.

3. Insertion Professionnelle et Poursuite d'Études : Un Double Échec

La dévalorisation du diplôme se traduit par une insertion sur le marché du travail plus difficile et un parcours du combattant pour ceux qui poursuivent des études supérieures.

3.1. Une Insertion Professionnelle en Déclin

• Taux d'emploi à 6 mois : Pour les bacheliers professionnels ne poursuivant pas leurs études, ce taux est passé de plus de 50 % en 2011 à 45 % en 2022.

L'insertion des titulaires de CAP a diminué dans des proportions similaires.

• Comparaison avec le BTS : Le taux d'emploi à 6 mois pour les titulaires d'un BTS atteint 64 %, ce qui explique l'attrait pour la poursuite d'études.

3.2. Une Poursuite d'Études Risquée et Coûteuse

Face à une insertion dégradée, de plus en plus d'élèves se tournent vers l'enseignement supérieur, souvent sans y être préparés.

• Augmentation de la Poursuite d'Études : 47 % des bacheliers professionnels poursuivent leurs études, contre 34 % en 2010, majoritairement en BTS.

• Un Taux d'Échec Massif : 41 % des bacheliers professionnels engagés en BTS échouent à obtenir leur diplôme. Leur taux de réussite est inférieur de 15 à 25 points à celui des bacheliers généraux ou technologiques.

• Un "Gâchis Humain" : Le rapport dénonce "les illusions perdues, un incroyable gâchi humain et osons le mot une forme de trahison" envers des élèves encouragés à continuer sans avoir les bases nécessaires ("fossé parfois infranchissable").

4. Analyse Critique des Dispositifs des Réformes de 2018 et 2023

Les réformes les plus récentes sont décrites comme une accumulation de dispositifs "cosmétiques" ou "contre-productifs", mis en œuvre sans vision cohérente.

4.1. Dispositifs Jugés Inefficaces

• Familles de Métiers : Censées permettre une orientation progressive, elles ont en réalité "contribué à complexifier les parcours" et entraînent une "confiscation du choix de la spécialité" en fin de seconde.

• Co-intervention et Chef-d'œuvre : Qualifiés de "simples gadgets" par Daniel Bloc, le créateur du bac pro, ces dispositifs sont jugés inefficaces. Leur mise en œuvre a demandé une énergie considérable aux équipes pour des résultats décevants. Le rapport propose leur suppression.

4.2. Le "Parcours Différencié" en Terminale : Une Aberration

La réorganisation de l'année de terminale (réforme de 2023), avec un parcours en "Y" (stage de 6 semaines pour l'insertion ou cours de 6 semaines pour la poursuite d'études), est un échec retentissant.

• Calendrier Intenable : L'avancement des épreuves en mai pour libérer le mois de juin est qualifié d'"aberration" par tous les acteurs auditionnés, contraignant les élèves à un rythme d'apprentissage trop soutenu.

• Surcharge pour les Entreprises : L'augmentation des semaines de stage (PFMP) s'est faite sans concertation avec les organisations patronales, qui n'étaient pas demandeuses. Une "lassitude des structures hôtes" est constatée face à la multiplication des demandes de stage.

• Absentéisme Massif : Le parcours "poursuite d'études" est marqué par un absentéisme dépassant 60 %, voire 95 % dans certains établissements, et une "démobilisation complète".

• Dérives et Difficultés d'Organisation : La mise en place est un casse-tête pour les établissements, et de nombreux stages se déroulent dans des secteurs sans rapport avec la spécialité de l'élève.

5. Recommandations Principales

Face à ce constat, le rapport formule plusieurs propositions structurantes.

1. Instaurer une 4ème Année Optionnelle : Permettre aux élèves les plus en difficulté de suivre une année de formation supplémentaire, en effectif réduit, centrée sur les savoirs fondamentaux.

2. Supprimer les Dispositifs Inefficaces : Mettre fin à la co-intervention et au chef-d'œuvre.

3. Réformer l'Organisation de la Terminale : Revenir sur le "parcours différencié".

4. Développer les Certificats de Spécialisation : En l'absence de retour au bac en 4 ans, développer massivement ces formations de niveau 4 pour faciliter l'insertion, bien que cela soit une "manière détournée de réintroduire une 4e année".

5. Lancer une Campagne Nationale de Promotion : Travailler sur le long terme pour changer les mentalités et valoriser réellement la voie professionnelle.

6. Réactions et Perspectives des Groupes Politiques

• Rassemblement National (Roger Chudo) : Partage le diagnostic du "lycée des pauvres" et des "formations parking". Critique une réforme sans "vision prospective". Propose de confier la formation professionnelle aux régions et de rétablir les 4ème et 3ème technologiques.

• Ensemble (Céline Calvez) : Défend l'engagement présidentiel et les dispositifs comme la co-intervention et le chef-d'œuvre, arguant que "ce n'est pas tant le niveau des savoirs fondamentaux qui est en cause que le sens donné à ses savoirs". S'interroge sur les raisons de leur échec (principe ou manque de moyens).

• LFI-NUPES (Rodrigo Arenas) : Dénonce une vision qui considère les élèves comme une "main d'œuvre en devenir... si possible à bas prix", par opposition aux lycéens de la voie générale "éduqués pour devenir des citoyens".

Plaide pour un lycée unifié où apprentissages manuels et intellectuels sont accessibles à tous.

• Socialistes et apparentés (Aida Adizadet) : Souligne que le premier métier des enseignants en LP est de "redonner confiance".

Critique la "logique faussement élitiste" qui divise la jeunesse et rappelle le taux d'absentéisme de 95 % dans le parcours "poursuite d'études".

• Les Républicains (Alexandre Portier) : Affirme que le lycée pro devrait être la "voie royale" et la "clé de voûte de notre souveraineté nationale".

Note que le LP est le seul segment à avoir gagné des élèves. Prône la stabilité : "le plus urgent c'est surtout d'arrêter de changer tout le temps".

• Écologiste - NUPES (Arnaud Bonet) : Déplore l'instabilité créée par les réformes qui s'enchaînent. Voit les difficultés du lycée pro comme "le reflet" des échecs en amont, au primaire et au collège.

• Démocrate (MoDem et indépendants) (Delphine Lingeman) : Pointe l'hypocrisie générale ("y compris parmi nous") et les problèmes cruciaux de mobilité dans les zones rurales qui entravent le libre choix de l'orientation.

• LIOT (Salvator Castiglioni) : Partage les recommandations et le constat d'un "décalage entre les propos ministériels décrivant une voix d'excellence mais vue par les élèves comme une filière par défaut".

• GDR - NUPES (Jean-Hugues Maillot) : Regrette le traitement marginal de l'Outre-mer, où le décrochage et le chômage des jeunes sont très élevés.

Utilise la métaphore du poisson et du singe pour critiquer un système qui ne reconnaît qu'un type d'intelligence.

• Interventions additionnelles : D'autres interventions ont souligné le "manque criant d'enseignants qualifiés" (RN), la situation aggravée en Seine-Saint-Denis (LFI), et la nécessité de former des "citoyens dotés d'un véritable esprit critique, pas des simples exécutants" (GDR).

Es un ciclo natural de la vida, no significa que nuestro nacimiento particular y nuestra muerte esté predeterminada.

Reviewer #3 (Public review):

Summary:

This manuscript provides a comprehensive characterization of the Plasmodium falciparum protein LSA3, combining biochemical, genetic, and in vivo approaches. The authors convincingly demonstrate that LSA3 is expressed during liver stage infection and that disruption of the gene leads to a modest but reproducible reduction in liver stage parasite load in humanized mice.

Strengths:

Their biochemical and cell biological analysis of blood stages provides strong evidence that LSA3 is exported to the infected erythrocyte, and the detailed analysis of its PEXEL motif processing is well executed.

Weaknesses:

The study suggests LSA3 as one of only two known P. falciparum PEXEL proteins contributing to this stage, although there is no evidence for the export beyond the vacuolar membrane. Several key conclusions, particularly regarding antibody specificity, localization in liver stage parasites, and the interpretation of the phenotypic data, are not fully supported by the current experiments.

everything they measured during the study to see the effect of fasting periods

Refer to this when writing the literature review.

Biased citations were included in past gua sha journal articles.

Synthèse du Rapport sur la Loi Handicap de 2005

Résumé Exécutif

Vingt ans après sa promulgation, la loi fondatrice du 11 février 2005 pour l'égalité des droits et des chances, la participation et la citoyenneté des personnes handicapées reste une promesse largement non tenue.

Le rapport d'évaluation de l'Assemblée nationale, fruit de six mois de travaux intensifs, dresse un bilan lucide et sévère de son application.

Malgré des avancées quantitatives, notamment dans la scolarisation, la réalité sur le terrain révèle des échecs qualitatifs profonds et une distance critique entre les droits théoriques et leur effectivité.

Le rapport identifie une divergence fondamentale entre l'approche "biomédicale" de la loi française, qui centre le handicap sur une déficience individuelle à compenser, et le "modèle social" fondé sur les droits humains de la Convention de l'ONU, qui stipule que c'est à la société de s'adapter.

Cette divergence est au cœur des critiques "particulièrement sévères" formulées par les Nations Unies à l'encontre de la France.

Les piliers de la loi de 2005 sont aujourd'hui en crise. La Prestation de Compensation du Handicap (PCH), initialement une avancée majeure, est devenue un dispositif d'une "complexité inouïe" qui ne tient pas sa promesse de compensation intégrale.

Les Maisons Départementales des Personnes Handicapées (MDPH), conçues comme des guichets uniques, sont "à bout de souffle", marquées par des délais interminables et des disparités territoriales inacceptables.

Enfin, le chantier de la désinstitutionnalisation, exigé par l'ONU, n'a jamais été véritablement engagé, perpétuant une forme de "ségrégation" pour de nombreuses personnes.

Sur les fronts de l'école, de l'emploi et de l'accessibilité, le constat est similaire : les retards sont criants.

L'école inclusive se résume trop souvent à un accompagnement précaire, l'accès à l'emploi reste deux fois plus difficile, et l'accessibilité du cadre de vie (logements, bâtiments publics, transports, numérique) est un échec patent, aggravé par des reculs législatifs comme la loi Élan de 2018.

Le rapport, à travers ses 86 recommandations, n'appelle pas à une nouvelle grande loi, mais à un "mouvement de transformation profonde" pour rendre les droits existants enfin effectifs.

Il insiste sur la nécessité d'une refonte philosophique, d'une planification de la désinstitutionnalisation et de la mise en œuvre du principe "Rien sans nous", afin de placer la parole et l'autodétermination des personnes handicapées au centre de toutes les politiques publiques.

Introduction

À l'occasion du vingtième anniversaire de la loi du 11 février 2005, une mission d'évaluation parlementaire a été menée pour mesurer l'impact de ce texte fondateur.

Dirigée par les rapporteurs Christine Lenabour et Sébastien Petavi, la mission a conduit pendant six mois un travail approfondi, incluant près de 80 auditions d'acteurs variés et une consultation en ligne intitulée "Rien sans nous", qui a recueilli des centaines de témoignages de personnes handicapées et de leurs proches.

Ce rapport, qui formule 86 recommandations, dresse un bilan sans complaisance des politiques du handicap en France depuis 2005, structuré autour de quatre axes :

• les droits et prestations,
• l'accès à l'école et à l'emploi,
• l'accessibilité du cadre de vie, et
• la gouvernance.

I. Une Révolution Philosophique Inachevée

A. Le Décalage avec les Normes Internationales

Le rapport souligne une dissonance fondamentale entre la législation française et le contexte international.

La loi de 2005, bien que novatrice, reste ancrée dans une approche biomédicale du handicap, le considérant principalement comme une déficience individuelle à compenser.

À l'inverse, la Convention internationale des droits des personnes handicapées (CIDPH) de l'ONU, ratifiée par la France en 2010, promeut un modèle social fondé sur les droits humains.

Selon ce modèle, "c'est avant tout à la société de s'adapter pour inclure les personnes handicapées, car c'est l'environnement qui génère des handicaps."

En 2021, l'ONU a rendu un constat "particulièrement sévère", pointant que la France "porte atteinte à de nombreux droits fondamentaux des personnes handicapées".

B. La Nécessité d'une Nouvelle Définition

La définition actuelle du handicap en droit français est jugée inadaptée.

Les rapporteurs insistent sur le fait qu'une modification n'est pas une "question sémantique ou théorique", car toute la législation en découle.

Une nouvelle définition, alignée sur les principes de la CIDPH, est la première étape pour initier un véritable "effort collectif" visant à garantir la pleine participation des personnes handicapées à la société.

II. La Crise du Droit à la Compensation et de l'Accompagnement

A. La PCH : Une Promesse de Compensation Trahie

La Prestation de Compensation du Handicap (PCH), conçue comme une avancée majeure de 2005, est aujourd'hui une "promesse non tenue".

• Complexité extrême : Le dispositif est devenu d'une "complexité inouïe", avec une portée fortement restreinte par la voie réglementaire.

• Logique bureaucratique : La vie quotidienne est "découpée en actes minutés", chacun avec un tarif et un plafond, loin du soutien à l'autodétermination promis.

• Recommandation phare : Une "refonte globale de la PCH en une prestation unique" visant à soutenir les aspirations et projets de vie des bénéficiaires. La suppression de la barrière d'âge de 60 ans est également préconisée.

B. Les MDPH : Un Guichet Unique à Bout de Souffle

Les Maisons Départementales des Personnes Handicapées (MDPH) sont confrontées à des dysfonctionnements systémiques :

• Délais de traitement des dossiers "interminables".

• "Disparités territoriales majeures" dans l'attribution des droits.

• Complexité des démarches administratives, constituant un "parcours du combattant".

• Évaluations jugées "trop médicalisées".

Les rapporteurs appellent à une réforme de la gouvernance territoriale, en recentrant les missions des MDPH sur l'accueil, l'accompagnement et l'évaluation des situations les plus complexes.

C. La Désinstitutionnalisation : Le Chantier Ignoré

La France fait l'objet d'une critique majeure de l'ONU pour ne pas avoir engagé de processus de désinstitutionnalisation.

• Ségrégation de fait : Faute d'alternatives (logements adaptés, services d'aide à domicile de qualité), de nombreuses personnes sont "contraintes de résider dans des établissements d'hébergement qui les coupent du monde extérieur".

• Violation des droits : Cette situation viole leur "droit à l'autonomie de vie et à l'inclusion dans la société".

• Recommandation : Planifier sur le long terme la désinstitutionnalisation, en développant des solutions alternatives comme l'accès au logement et le bénéfice d'assistants personnels choisis par les personnes elles-mêmes.

III. Une Inclusion Sectorielle en Trompe-l'œil

A. L'École Inclusive : Un Droit Loin d'être Effectif

Malgré un triplement du nombre d'élèves handicapés scolarisés en 20 ans (près de 470 000 en 2023), ce "succès quantitatif ne doit pas masquer un tableau plus contrasté".

Indicateur

Constat

Orientation

Le nombre d'enfants orientés par défaut vers le secteur médico-social n'a pas diminué en 20 ans.

Scolarisation

8 % des enfants en médico-social ne sont "pas du tout scolarisés". La scolarisation partielle est une réalité massive mais non mesurée.

Accompagnement

Le système repose sur les AESH, des professionnelles "trop précaires et insuffisamment formées".

Formation

Les enseignants sont "très insuffisamment formés", générant parfois un "rejet préoccupant de l'école inclusive".

La conviction forte du rapport est que "ce n'est pas aux élèves de s'adapter à l'école, c'est à l'école de s'adapter à eux". Il préconise de dépasser l'approche compensatoire pour promouvoir une conception universelle de l'école, du bâti scolaire aux contenus pédagogiques.

B. Emploi : Une Insertion Toujours Difficile

Bien que le taux de chômage des personnes handicapées ait diminué, il reste deux fois plus élevé que celui de la population générale (12 % contre 7,3 %).

• Les travailleurs handicapés représentent moins de 6 % de la population active occupée.

• Le fait d'être handicapé multiplie par trois le risque de discrimination au travail.

• Les passerelles entre le secteur protégé (ESAT) et le milieu ordinaire sont quasi inexistantes (seulement 1 % des travailleurs par an).

Les recommandations visent à développer l'emploi accompagné, autoriser le cumul entre l'AAH et un emploi au-delà du mi-temps, et poursuivre la transformation des ESAT pour garantir de meilleurs droits aux travailleurs.

IV. L'Accessibilité Universelle : Le Pilier Oublié

L'accessibilité, second pilier de la loi de 2005 avec la compensation, fait l'objet d'un "constat sévère".

Domaine

État des Lieux

Logement

Les retards sont "criants". La loi Élan de 2018 a porté un "coût d'arrêt" en réduisant l'obligation d'accessibilité dans le neuf.

Bâtiments Publics (ERP)

À minima, un tiers des ERP demeurent inaccessibles. La situation est critique pour les petits commerces, dont 90 % ne seraient pas aux normes.

Transports Publics

L'obligation d'accessibilité a été restreinte en 2014 aux seuls "arrêts prioritaires" (moins de 40 % du réseau).

Numérique

En 2024, seuls 3 % des démarches essentielles de l'État sont pleinement accessibles.

Le rapport appelle à revenir sur les reculs de la loi Élan, à refonder la stratégie d'accessibilité des ERP en renforçant les contrôles et les sanctions, et à mettre fin aux "trop nombreuses dérogations injustifiées".

V. Gouvernance et Citoyenneté : Le Principe "Rien Sans Nous"

Un thème central du rapport est l'impératif de cesser d'élaborer des politiques du handicap "sans les personnes handicapées".

• Manque de représentation : Le rapport constate qu'il faut écouter la voix des personnes concernées elles-mêmes, et non uniquement celle "des proches, parents, aidants, professionnels" qui parlent en leur nom.

La représentation politique est quasi nulle (0,002 % d'élus en situation de handicap pour 16 % de la population).

• Autodétermination : Le rapport insiste sur la nécessité de présumer que les personnes handicapées "peuvent s'exprimer" et "décider pour elles-mêmes".

Il propose de remplacer la notion de "projet de vie" par celle de "projet d'autodétermination".

• Action en justice : Pour redonner du pouvoir aux personnes concernées, le rapport suggère de permettre les actions de groupe en matière de non-respect des obligations d'accessibilité.

En conclusion, le rapport parlementaire n'est ni un point final ni un appel à tout effacer.

C'est une feuille de route exigeante pour que, vingt ans après, la France honore enfin ses promesses et construise une société véritablement inclusive où "l'heure n'est plus aux promesses mais aux actes".

He was born in Jamaica and he became a well-known political activist during the 20th century

about 1/3 of weight loss came from muscle

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf099), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 4: Wai Yee Low

Review of "A comprehensive water buffalo pangenome reveals extensive structural variation linked to population specific signatures of selection". This is an impressive work at the frontier of buffalo genomics. I truly enjoy reading the work and my questions/comments are aimed at improving it further. My detailed comments are below: Line 30: I think it is better you include the actual number of publicly available assemblies used to create the pangenome graph. Line 71: There is now a swamp buffalo reference genome with annotation too (NCBI accession: PCC_UOA_SB_1v2). Perhaps consider to cite the swamp buffalo ref https://academic.oup.com/gigascience/article/doi/10.1093/gigascience/giae053/7753516 and rewrite the sentence to say a pangenome can be used for both swamp and river, but a single linear ref from either subspecies for read mapping is not good enough. Line 79: "highlighted" Line 82: What do you mean by "higher quality"? The assemblies have been discussed in this review: https://www.frontiersin.org/journals/genetics/articles/10.3389/fgene.2021.629861/full Line 105: Technically, the graph method for bovine species, which includes water buffalo, is being investigated by the Bovine Pangenome Consortium (BPC). However, nothing useful has been published on the buffalo graph but perhaps consider citing the BPC since your paper overlaps with it (https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-023-02975-0). Line 165: It will be good if you add a bit more context of the PanGenie method here as the researchers in buffalo community are not used to this. Additionally, it will be great if all code is made available on GitHub or as Supplementary Info. Line 170: To produce phase pangenome graph, don't you need all input assemblies to be phased? All are input assemblies phased? The UOA_WB_1 is locally phased, not phased throughout the genome. Line 235: "a list of 403 unrelated individuals." What does this translate to in terms that geneticists can understand? Do you mean siblings have been removed? Or individuals sharing the same grandparents were removed? Line 246: Can you please explain how did you get the coordinates to match between the GATK and PanGenie method? You'll need matching coordinates for concordance analysis. As I understand it, the GATK was based on UOA_WB_1? Line 254: Why these 3 chromosomes? Line 257: If you had not filtered for relatedness, how will it impact the selective sweep work? I think including some context will help the readers. Line 259: do you mean at least six samples per group? If yes, is 6 samples enough? Line 261: genotype quality less than 25 according to bcftools? Since you only used biallelic variants, please provide the breakdown between biallelic and multiallelic. Line 281: "… we first PacBio HiFi sequenced one female" Please rewrite this. Line 282: How common are these two breeds in percentage? Line 291: Is this already known? Perhaps cite the literature to show the agreement with previous studies? Fig 1D: This is a bit too small to see especially the SV distribution at the bottom. I can hardly see the median? Line 310: Why did you choose UOA_WB_1 as the reference? Line 311: the ~32.8 mil variants are comprised of SNPs as well? Fig 2: This is probably a panel of a figure but should not be the entire figure. The size of the circle indicates sample size but there should be a legend on the plot for this to say the sizes, right? Darker colour should be used to highlight the countries with samples instead of white? Maybe this could be a Supp figure too. Line 356: S Figure 4 and 5 should be main figures? You will need to annotate the abbreviation of sample-country in the legend of S Figure 5. Line 360: "To enable reuse we have made this dataset available …" The dataset should be made available to reviewers? Line 368: "76% of SNVs were called by both callers" 76% seem low. Also, called does not mean concordant. What is the concordance among called SNVs in both? Did the pangenome approach called most of the variants found in GATK? If not, what might be the reasons? Fig 3B: It is not immediately clear what the difference is, between non repetitive and repetitive regions. The overlapping text in the x-axes makes it hard to read. Line 390: "Analyses such as the study of selective sweeps or genome-wide association studies where low frequency variants are often filtered out will benefit less from the advantages of GATK, particularly given its longer run time." From here on, in this paragraph, it's Discussion, not Results. Line 418: Why human? Could you use cattle? Line 427: I tried the browser and not sure what I can learn from it. It will be helpful if there is a README with some examples on what can be explored. Line 450: How large before you considered it as larger variant? Is this ability to study larger variants still hold despite using only ~10 assemblies in the graph? The use of short reads for selective sweep study will still benefit from being able to incorporate these larger variants? As I understand it, the larger variants were found only from graph, not from the short reads. As such, the selective sweep may not be associated with any larger variants? Line 470: Fig S8 should be a main figure? Line 513: Instead of uniprot link, perhaps consider including this as Supplementary info or text. The info in the link may change in the future. Line 551: However, without scaffolding, the assemblies of Pakistani river buffalo may not be good enough to function as reference genomes for river buffalo? Line 552: When considering new bases, did you do this for each assembly independently or the new bases were discovered cumulatively? Line 581: Some of my questions at Line 450 can be discussed here. Line 586: Perhaps consider discussing the limitations of the small number of assemblies used to create the graph. As such, many SVs are likely still missing and we are still unable to properly assess allele frequency of these larger SVs. Additionally, while some SVs may not be considered as large in this work, it does not mean they have no impact.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf099), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 3: Laura Caquelin

1. SummaryoftheStudy This study used graph genomics to better characterize water buffalo genomes. By building a pangenome from new and existing assemblies, the authors analyzed 711 samples. These samples revealed structural variation. These results highlight the value of graph genomics. This method

2. Scopeofreproducibility According to our assessment the primary objective is: to identify genomic variants within selective sweep regions in the water buffalo genome.

3. Outcome: Enrichment of high-impact structural variants (SVs), insertions/deletions (indels) and single nucleotide variants (SNVs) in selective sweep regions.
4. Analysis method outcome: Variants were compared between selective sweep regions and genome-wide. Fisher's exact test was used to assess enrichment of functional variants.

5. Main result: "Prior to annotation, multiallelic variants were normalized by splitting them into separate biallelic entries, resulting in 6,159,686 indels, 28,669,966 SNVs, and 160,921 SVs entries. Within putative selective sweep regions we identified 208,862 indels, 997,500 SNVs and 6,748 SVs. Notably an enrichment of HIGH impact SVs, indels and SNVs were observed within selective sweep regions (Figure 5A, Supplementary Table S6), with 50-80% more variants in these areas having a HIGH impact compared to genome-wide. Among the high impact variants in selective sweep regions only 20% were SNVs, with the remainder being SVs and indels, suggesting high impact larger variants may underlie putative selective sweeps." (Lines 453 to 461)

6. AvailabilityofMaterials a. Data

7. Data availability: Open
8. Data completeness: Complete, all data necessary to reproduce main results are available
9. Access Method: Supplementary files - Repository: -
10. Data quality: Structured b. Code
11. Code availability: Shared for the review after request - Programming Language(s): R
12. Repository link: -
13. License: -
14. Repository status: -

15. Documentation: No documentation

16. Computational environment of reproduction analysis

17. Operating system for reproduction: MacOS 14.7.4
18. Programming Language(s): R
19. Code implementation approach: Creating script according to the methodology description/Using shared code

20. Version environment for reproduction: R version 4.4.1/RStudio 2024.09.0

21. Results 5.1 Original study results

22. Results 1: Results are presented in Figure 5A. 5.2 Steps for reproduction -> Reproduce the results The code was not shared initially, but as the data were provided and the test was a Fisher's exact test, I wrote code to reproduce the p-values.

23. Issue 1: P-values for the SNVs variant as well as the « Modifier » impact class were not provided. -- Resolved: Authors provided an updated Supplementary table S6 with exact numerical p-values for each variant and each impact class. The code "variantEnrichAtPeaks.R" to generate the Figure 5A and the Supplementary table S6 was also shared. New version of the supplementary Table S6: (see screenshot)

The comparison between the reproduced results and the original results was then performed using the shared code. (Notably, the results from the R script written allowed for the generation of the same p-value as the one presented in Figure 5A).

• Issue 2: In the script "variantEnrichAtPeaks.R", only the figures were generated, not the new supplementary Table S6 with the numerical p-values. -- Resolved: Some code lines was added in the function "makePlot" to generate this table in addition to the figure.

Line 159 to 178 of the script "variantEnrichAtPeaks_RCC."

1. Supplementary table S6 (add)

summary_table <- df %>% mutate( Type = variantType, Genome_Wide_Prop = Genome_wide / sum(Genome_wide), Selective_Sweep_peaks_Prop = Sweep / sum(Sweep), Ratio_of_proportions = Selective_Sweep_peaks_Prop / Genome_Wide_Prop) %>% left_join(pval_df, by = "Impact") %>% select( Impact, Type, Genome_Wide = Genome_wide, Selective_Sweep peaks = Sweep, Genome_Wide Prop = Genome_Wide_Prop, Selective_Sweep peaks Prop= Selective_Sweep_peaks_Prop, Ratio of proportions= Ratio_of_proportions, Fishers exact P = p_value)

return(list(plot = p, summary_table = summary_table))

5.3 Statistical comparison Original vs Reproduced results - Results: Figure and table S6 were reproduced for each variant type and impact: -- SVs type: (see screenshot) -- Indels type: (see screenshot) -- And SNVs type: (see screenshot)

• Comments: The shared code was used to compute the p-values and generated the Figures. Minor numerical error discrepancy was observed for some p-values, likely due to rounding differences. The p-values in the original Excel file appear to be stored with less decimal precision than those computed in R. This difference is negligible and does not indicate a reproducibility issue.
• Errors detected: No error detected.

• Statistical Consistency: The results were successfully reproduced with the share code.

• Conclusion

• Summary of the computational reproducibility review The Fisher's exact tests for enrichment across variant and impact categories, presented in Figure 5A of the manuscript, were successfully reproduced using the data in supplementary table S6 and the shared code. Results were consistent with the original, with only negligible rounding differences in p-values.
• Recommendations for authors We were able to reproduce study with the data and information provided in the Figure 5A description. To further improve transparency and ensure full reproducibility of your manuscript, the following recommendations are suggested: -- Make the codes to reproduce all analyses in the paper openly available to allow anyone to reproduce the results. Ideally, provide a README or requirements.txt file describing how to run the analysis, including software versions, packages, and dependencies. -- Include statistical outputs, such as exact p-values, in supplementary materials when possible. This ensures clarity and eases verification. Ideally, provide metadata: For the datasets used or generated by the scripts, it would be helpful to include accompanying metadata files that explain: --- The definition of each variable name. --- The origin of each dataset (raw, processed, etc). --- Any preprocessing steps applied before analysis.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf099), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 2: Yi Zhang

This manuscript presents the first high-quality, haplotype-resolved genome assemblies for two representative Pakistani river buffalo breeds (Nili Ravi and Azikheli), integrating them with existing assemblies to construct a water buffalo pangenome. The study leverages graph genomics to characterize structural variation (SV), identifying >140 Mb of non-reference sequence and 111,352 SVs. By genotyping of 711 global samples against this pangenome, the authors uncover population-specific selective sweeps linked to productivity, immunity, and adaptation traits, revealing potentially functional SVs, though these findings are limited by the absence of validation evidence and cross-study comparisons. The work highlights graph genomics as a transformative tool for integrative analyses of evolutionarily related species in an unbiased way and provides resources to accelerate buffalo breeding.

General Comments 1.The study's methodology is rigorous, combining long-read assembly, graph-based genotyping (PanGenie), and population-level sweep scans. Nevertheless, the manuscript would benefit from discussion of graph limitations, such as bias against rare variants (Fig. 3B) and challenges in graph construction for species with karyotypic divergence. 2. The selection signature analyses were done across a number of population groups but the paper only showcases a limited selection of results. To strengthen the manuscript, the authors could concentrate on a consistent set of populations. This would enable a more in-depth examination of selective signals common across buffalo population groups or unique selective signals specific to certain groups. 3. It could be informative to conduct comparative analyses of selection signatures using variant datasets from PanGenie and GATK. This could reveal whether the pangenome approach might uncover important structural variants within selection signals that GATK fails to identify.

Specific Comments 1. In Figure 1D and the main text, the rationale behind dividing the SVs into 40 sets is not clearly presented. If the interpretation is correct, the y-axis label of the bar graph should denote the number of SVs rather than size. Moreover, the main title "SVs Size Distribution" at the top seems more relevant to the box plots at the bottom. 2. Lines 325 - 326 state that the newly assembled pangenome graph exhibits a substantial increase in genome size compared to the existing reference genome. It is recommended that the authors describe the distribution of the 147,865,364 bp across the entire genome. Are they found more prevalent in specific regions of certain chromosomes? 3. In lines 410 - 412, there may be an issue with the citation of Table S2. The table contains 402 individuals, whereas the text mentions 282. 4. Figure 3 shows that, when using 30x samples in the variant calling comparison between Pangenie and GATK, there are still a large number of SNV variants detectable only by GATK. A more in-depth technical discussion of these differences would greatly enhance the reader's comprehension of these findings and the relative performance of the two methods. 5. To provide a more intuitive understanding of how SV can influence gene function and contribute to the traits, the authors could include a figure that displays an example gene structure along with the SV of interest within a selection signal peak.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf099), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 1:Paul Stothard

This well-written manuscript describes the generation of new genome assemblies for water buffalo and the construction of a pangenome graph that is used for variant calling and downstream analyses. The work is clearly described and the methods are appropriate given the goals of the study. The results are interesting and timely, and realistic limitations are stated. The manuscript should be of high interest to the water buffalo research community and to those interested in applying pangenome graphs to variant calling.

I have minor comments that I believe should be addressed prior to publication.

Minor comments:

In the NCBI genomes database, the water buffalo assembly NDDB_SH_1 is listed as the current reference genome, not UOA_WB_1 as suggested in the manuscript. Perhaps the reference genome was recently reassigned?

Lines 64-69: Lack of clarity regarding relationships among water buffalo populations: - Wording suggests single domestication event accounts for all domestic water buffalo. But, the river and swamp buffalo diverged prior to the domestication date. This is a contradiction. Clarify by mentioning that there were at least two independent domestication events (one for river buffalo and one for swamp buffalo). - Taxonomic terminology is inherently ambiguous for a few reasons, including: 1) The Bubalus arnee species comprises both wild river buffalo and wild swamp buffalo, which have not been assigned subspecies names. 2) Domestic water buffalo (including river and swamp buffalo) are assigned their own species name: Bubalus bubalis, despite being biologically the same species as Bubalus arnee. 3) Unlike their wild source populations, domesticated river buffalo and domesticated swamp buffalo are assigned their own species names, Bubalus bubalis bubalis and Bubalus bubalis carabanensis, respectively. - To address ambiguity regarding taxonomy and phylogeny of the buffalo populations, mention the full subspecies names (Bubalus bubalis bubalis, and Bubalus bubalis carabanensis).

Line 82: "Although eight higher quality": higher quality than what?

Line 177: Undefined acronym: "PAF".

Line 216: "each unique biosamples": should be "each unique biosample".

Line 272: Which SnpEff database was used for variant annotation?

Line 286-287: Based on Table 1, the difference between the largest and the smallest water buffalo genome is 360 mega base pairs. That exceeds the length of the largest chromosome by almost 2 fold, and is 14% of the total length of the UOA_WB_1 reference assembly. This is a very large difference to observe between members of the same species. Considering that segmental duplications are often not accurately represented in genome assemblies, there is a strong possibility that some of the variants identified between these new high-quality assemblies and the other assemblies are simply assembly artefacts (failure of recently duplicated segments to be distinguished, etc.). At the very least, this should be addressed in the Discussion.

Line 360-361: Elaborate slightly on what is in the dataset being shared.

Line 420-421: Clarify which of these are human vs animal traits.

Figure 1 A legend: The dots seem to all be the same size, which suggests that this is a scatter plot, not a bubble plot.

Figure 1 C: "across the graph genome" sounds spatial; perhaps "proportion of variant types in the graph genome" would be clearer.

Figure 1 D: It would be helpful to have the rows sorted to match the order in B.

Figure 1 D: The low bars (i.e. small number of shared sites) are not easy to interpret. Perhaps the y-axis could be transformed to log scale or the number of variants could be added to the bars.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf094), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 2: Karan Devane

The study uses an open-source dataset collected in a population representative of those who would benefit from opportunistic screening and included physiological variation (i.e. contrast enhanced images and pre-existing fracture), alongside validation of density and FE assessment calibration methods. The methods are described in detail, including software versioning schemes, and links to the software sources as relevant for use in replicating methods. Additionally, the enhanced dataset is being included alongside the publication. The primary purpose of this study was to prepare and make available a public dataset for use in continued testing and development of opportunistic screening methods. The data appears to be conservatively analyzed as such, and the authors make notes of existing limitations of the population and sample characteristics where applicable. Additionally, the phantomless calibration technique is validated within this dataset prior to use in support of the "generalizability of the approach" (178), though the applied sample for this is relatively small (n=17 with in-scan phantoms). The manuscript is well-written and easy to understand but I have a few suggestions and comments that need to be addressed.

The data are well-controlled for the study cohort, however as mentioned by the authors (228-232), this cohort is biased towards individuals with pre-existing skeletal fragility, as indicated by the average lumbar T-score as assessed by DXA falling in the osteopenic range (-1.5, Table 1). Beyond this, the authors made use of multiple validated calibration techniques to support the use of their internal calibration scheme, as well as analysis of potential confounding variables such as contrast enhanced CT scans. Relative vertebral strength analysis (Figure 6, Table 2), however does not appear to be analyzed with respect to the fractures mentioned as present throughout the cohort (193). While differences in strength may be primarily explained by density or size, it is possible that the incidence of pre-existing fracture occurring in the thoracolumbar segment may influence adaptation of the other vertebrae in the region [1][2][3], and as such analysis for fracture inclusion may be warranted.

The use of standardized FE modeling techniques supports the goal for reproducibility of assessment in clinical FE modeling. While the authors made efforts to enhance the reproducibility and generalizability of the dataset, they themselves note that the source population is not necessarily descriptive of a general population (lines 227-232). Though this population is representative of those indicated for opportunistic screening, the development of risk curves necessitates the inclusion of healthy individuals, and follow-up analysis to fully flesh out the use of opportunistic FE in clinical settings, however this analysis would require a much larger cohort, and are outside the scope of the current manuscript. Further, while 'voxel-models' are typically regarded as standard, tetrahedral element models may generally provide better representation of complex biological geometries [4]. All approaches to FE have drawbacks, and tetrahedral models may be less-optimal solutions compared to hexahedral elements for convergence and the possibility of artificial stiffening, the high prevalence of osteophytes and degradation [5], particularly in older populations where screening is indicated, may warrant the use of tetrahedral elements which capture the intricacies of vertebral geometry that impact FE derived strength [6]. While again potentially outside the scope of this study, it might be noted as an additional formulative variable for FE approaches to estimating fracture risk.

Line 269 -> "… applications such as radiomics-driven [approach?] for opportunistic …" As fracture prevalence is included in the dataset, it may be worthwhile to include analysis of fracture-adjacent vertebra in the selection of surrogate vertebra for L1 in opportunistic screening. Does pre-existing fracture influence which vertebrae selected, and should this decision be made on a person-to-person basis, taking into consideration the particular condition of the vertebrae available in the scan?

[1] https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8752702/ [2]https://academic.oup.com/jbmr/article/39/12/1744/7825427 [3] https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7697376/ [4]https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0021929005003568 [5] https://link.springer.com/article/10.1007/s12565-010-0080-8 [6]https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1529943018306466

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf090), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 3: Hongyoon Choi

The manuscript introduces SPEX, a web-based platform designed for spatial omics data analysis. The authors highlight its user-friendly UI, modular analysis pipelines, and integration with open-source image data management systems. The platform supports image processing such as cell/nucleus segmentation, clustering, and spatial analysis. GUI-based approaches as well as python script-based modules increase usability for the broader research community. While the goals of the platform are commendable, and the integration of multiple analysis modules is a valuable contribution, there are critical shortcomings in the manuscript that must be addressed before publication. Several key weaknesses significantly limit the scientific rigor and impact of this work.

• One of the critical omissions in this manuscript is the lack of rigorous benchmarking against established tools. Though it demonstrated the comparison with other tools such as Squidpy, Giotto, and MC Micro, but there is no quantitative comparison to demonstrate its advantages over existing methodologies. In particular, spatial analysis such as CLQ is introduced as a different approach within the spatial biology analytics framework, but how does it compare to existing co-occurrence analysis methods? Additionally, similar analyses have been conducted using other tools (e.g., Mah, C.K., et al., Genome Biol 25, 82 (2024)), including in 'subcellular' colocalization. In this regard, concerns about its novelty arise. Moreover, as mentioned in relation to Bento, CLQ could also be applied to subcellular analysis?

• In this regard, for spatial co-occurence or other algorithms in SPEX, the authors should run identical datasets through both SPEX and existing tools to compare performance and biological insights. it is impossible to assess whether SPEX provides any meaningful improvement over existing platforms.

• The cell typing process is one of the most fundamental steps in spatial omics analysis. However, SPEX does not integrate a dedicated cell typing module, forcing users to use another tool or define cell types manually. The accuracy of all downstream analyses (clustering, spatial interaction, pathway analysis) depends on robust and reliable cell typing. It would be better to integrate with automated cell typing solutions to increase usability.

• The manuscript focuses almost exclusively on single-cell resolution data and high-dimensional imaging-based methods (e.g., IMC, MIBI, MERFISH). However, spot-based transcriptomics platforms such as Visium are widely used in the field. In this regard, SPEX does not provide modules tailored methodology for spot-based spatial analysis (such as deconvolution) or super-resolution or transforming cell-based analysis from spots (e.g. bin2cell in VisiumHD). Neighborhood analyses or spatially variable gene detection, etc. are specialized in whole-gene covered, spot-based methods, as well, for example.

• The manuscript does not clarify whether users can modify or extend the pipeline with custom Python scripts. Describing further this point, customization in this ecosystem with python script, for 'power-users' of this system could be helpful.

• The biological relevance of the SPEX platform remains unclear, as the case studies presented are not sufficiently rigorous. As mentioned above, comparisons with other tools based on quantification can clarify why SPEX is better than other published tools/ecosystems in certain aspect. Or meaningful biological findings and explanations based on this tool as a case study could be helpful. While the results demonstrate technical capabilities, the manuscript does not show how SPEX enables novel biological discoveries compared to existing tools.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf090), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 2: Qianqian Song

The manuscript presents an advancement in spatial omics analysis but needs improvements in Quantitative benchmarking, Computational scalability assessment, etc. With these revisions, SPEX has the potential to become a widely adopted platform in the spatial omics community. I have specific comments as below:

1) While the manuscript provides a qualitative comparison of SPEX with other spatial omics tools (e.g., Squidpy, Giotto, Aquilla), quantitative benchmarking is missing. It is needed to include a performance benchmark comparing runtime efficiency, segmentation accuracy, and clustering resolution against existing tools. Also, it is necessary to show computational efficiency metrics (e.g., memory usage, execution time, scalability across datasets of varying sizes).

2) The study presents compelling results, but there is no independent validation or interpretation of computational outputs using experimental methods.

3) The manuscript does not discuss hardware requirements, processing speed, or computational limitations. It is needed to provide an assessment of SPEX's performance on different computing environments (e.g., local workstations vs. cloud computing vs. high-performance clusters).

4) The Colocation Quotient (CLQ) method is well described, but the manuscript does not provide statistical validation (e.g., p-values, confidence intervals) for detected spatial relationships.

This work has been peer reviewed in GigaScience (see https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf090), which carries out open, named peer-review. These reviews are published under a CC-BY 4.0 license and were as follows:

Reviewer 1: Ka Yee Yeung

Li et al. presented SPEX (Spatial Expression Explorer), a web-based open-source end-to-end analysis platform offering modular design and a user accessible interface. The users demonstrated use cases in spatial transcriptomics (MERFISH lung cancer) and spatial proteomics datasets (tonsil, public multiplex ion beam imaging data). SPEX includes the following analytical modules 1. image processing modules includes a 4-step sequence (image pre-processing, single-cell segmentation, post-processing, feature selection). Image loading supports OMERO integration. Output is a cell by expression matrix in Anndata format. 2. clustering modules for both spatial transcriptomic and proteomic data. 3. spatial analysis module implements the CLQ (Colocation Quotient) method. 4. spatial expression analysis module includes differential expression and pathway analysis. SPEX supports visualization via Vitessce.

The paper is well written, addresses a rising interest and critical need in the biomedical community. The reviewer would like to request clarifications on how extensible the modules are. The author mentioned a SPEX pipeline builder in which "modules are selected from a library and dragged into a visual pipeline map", and also mentioend the support for "flexible plug-in analysis modules". What are the packages available from the library? Can users import their own code or script or package? How to create new plug-in's?

The reviewer is also wondering how do the users interact with the results? Can the user click on the resulting image and select regions of interest to zoom in?